More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_09600 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_09600  predicted rRNA methylase SpoU family  100 
 
 
159 aa  330  4e-90  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000307354  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1323  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.99 
 
 
156 aa  192  2e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.431138  normal  0.429518 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11010  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  46.62 
 
 
162 aa  162  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0271045  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2405  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.02 
 
 
155 aa  162  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000095272  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0127  RNA methyltransferase  50 
 
 
164 aa  161  4.0000000000000004e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00636988  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  47.3 
 
 
155 aa  156  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1049  RNA methyltransferase  50.67 
 
 
153 aa  155  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.432365  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0462  RNA methyltransferase  45.16 
 
 
162 aa  155  3e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0505  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  45.27 
 
 
157 aa  154  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0152  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.95 
 
 
166 aa  154  4e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.143728  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0548  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.52 
 
 
162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.67047e-31 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0602  RNA methyltransferase  44.52 
 
 
162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.863015  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4754  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.52 
 
 
162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0101258  hitchhiker  0.00000000000898658 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0516  RNA methyltransferase  44.52 
 
 
162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0459  RNA methyltransferase  44.52 
 
 
162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.172229  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0455  RNA methyltransferase  44.52 
 
 
162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0584  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.52 
 
 
162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0547  RNA methyltransferase  44.52 
 
 
162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0694927  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0623  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.52 
 
 
162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0432  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  50.67 
 
 
152 aa  154  7e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.112018  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2332  RNA methyltransferase  49.32 
 
 
152 aa  152  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1518  RNA methyltransferase  46.05 
 
 
153 aa  152  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1346  rRNA methylase (SpoU class)  46 
 
 
209 aa  153  1e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0470  RNA methyltransferase  43.87 
 
 
162 aa  151  2.9999999999999998e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1308  rRNA methylase-like protein cspR  45.39 
 
 
153 aa  151  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0313  rRNA methyltransferase, TrmH family  45.16 
 
 
169 aa  150  7e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000102446  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0453  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.32 
 
 
154 aa  149  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1909  RNA methyltransferase  44.9 
 
 
156 aa  149  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0507641  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1943  RNA methyltransferase  44.9 
 
 
156 aa  149  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.158878  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0805  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  46.45 
 
 
168 aa  147  4e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.309509 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1370  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  42.57 
 
 
157 aa  147  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0194  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.08 
 
 
156 aa  147  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1268  rRNA methylase (SpoU class)  44.87 
 
 
169 aa  147  6e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000665769  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.59 
 
 
153 aa  145  3e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2107  rRNA methylase (SpoU class)  47.97 
 
 
152 aa  144  7.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2278  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.89 
 
 
164 aa  143  8.000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.117934  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2088  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.75 
 
 
154 aa  143  9e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.227987  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1391  RNA methyltransferase  44.3 
 
 
156 aa  143  1e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444743  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1588  RNA methyltransferase  45.16 
 
 
182 aa  142  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000775856  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.36 
 
 
152 aa  141  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.854981 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0658  rRNA methylase (SpoU class)  44.97 
 
 
170 aa  141  3e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000212975  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0990  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.54 
 
 
172 aa  141  4e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2133  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  43.33 
 
 
154 aa  141  4e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.37 
 
 
160 aa  139  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1155  rRNA methylase (SpoU class)  41.29 
 
 
168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0200534  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67710  putative rRNA methylase  47.68 
 
 
153 aa  137  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281538  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1130  putative tRNA/rRNA methyltransferase  46.36 
 
 
177 aa  135  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5323  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  47.02 
 
 
151 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1197  RNA methyltransferase  44.65 
 
 
164 aa  134  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188758  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0364  RNA methyltransferase  38.22 
 
 
181 aa  134  5e-31  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0637729  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0580  RNA methyltransferase  40.94 
 
 
169 aa  134  6.0000000000000005e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.5 
 
 
159 aa  134  7.000000000000001e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5861  putative rRNA methylase  46.36 
 
 
153 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0279492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4881  RNA methyltransferase TrmH, group 2  46.36 
 
 
151 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.3 
 
 
157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  46.1 
 
 
154 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1687  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.42 
 
 
164 aa  132  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2539  RNA methyltransferase  47.02 
 
 
159 aa  130  9e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.438382  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0138  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.95 
 
 
153 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0147773  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  42.67 
 
 
149 aa  129  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2417  hypothetical protein  42.57 
 
 
149 aa  129  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2823  RNA methyltransferase TrmH, group 2  46.36 
 
 
161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00419688  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0763  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.4 
 
 
152 aa  129  2.0000000000000002e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.635512  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1629  tRNA/rRNA methyltransferase  44.3 
 
 
161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4386  RNA methyltransferase  43.71 
 
 
154 aa  128  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.88 
 
 
158 aa  128  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00313017  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04710  RNA methyltransferase TrmH, group 2  44.97 
 
 
153 aa  128  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0129  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.05 
 
 
157 aa  128  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.253397  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  45.7 
 
 
153 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00152  RNA methyltransferase  45.45 
 
 
159 aa  127  6e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03464  predicted rRNA methylase  43.05 
 
 
157 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03415  hypothetical protein  43.05 
 
 
157 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3818  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.05 
 
 
157 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0102  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.05 
 
 
157 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4979  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.05 
 
 
157 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4110  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.05 
 
 
157 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0417  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  48.03 
 
 
171 aa  127  8.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.897811  hitchhiker  0.000103614 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0241  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  48.03 
 
 
171 aa  127  8.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0099  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  43.05 
 
 
157 aa  126  9.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3943  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.05 
 
 
157 aa  126  9.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4034  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.05 
 
 
157 aa  126  9.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  45.03 
 
 
157 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  45.03 
 
 
153 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  43.71 
 
 
154 aa  126  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3896  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.05 
 
 
157 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.282741 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.39 
 
 
153 aa  126  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.121067  normal  0.063625 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0337  RNA methyltransferase TrmH, group 2  44.3 
 
 
151 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296895  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3974  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.05 
 
 
157 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.818121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  45.03 
 
 
153 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4019  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.05 
 
 
157 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.921331  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4081  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.05 
 
 
157 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3322  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.74 
 
 
158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000129205  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0924  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.74 
 
 
158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  5.73808e-35 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0264  RNA methyltransferase, TrmH family  39.35 
 
 
172 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.194384  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3912  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  42.38 
 
 
157 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2343  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  46.31 
 
 
159 aa  125  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0990  RNA methyltransferase  41.61 
 
 
154 aa  125  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411714  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.36 
 
 
157 aa  125  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000455125  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  46.67 
 
 
156 aa  124  4.0000000000000003e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3185  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  47.68 
 
 
161 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.251629 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>