More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0990 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0990  RNA methyltransferase  100 
 
 		 154 aa  322  8.000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411714  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00538  putative tRNA/rRNA methyltransferase  82.35 
 
 		 154 aa  273  7e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0099  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  70.13 
 
 		 157 aa  238  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3943  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  70.13 
 
 		 157 aa  238  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03464  predicted rRNA methylase  69.48 
 
 		 157 aa  237  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03415  hypothetical protein  69.48 
 
 		 157 aa  237  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3818  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  69.48 
 
 		 157 aa  237  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4019  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  70.13 
 
 		 157 aa  238  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.921331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0102  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  69.48 
 
 		 157 aa  237  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4081  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  70.13 
 
 		 157 aa  238  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4034  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  69.48 
 
 		 157 aa  237  4e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4979  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  69.48 
 
 		 157 aa  237  4e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4110  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  69.48 
 
 		 157 aa  237  4e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  68.83 
 
 		 157 aa  236  5.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0129  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  69.48 
 
 		 157 aa  236  6.999999999999999e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.253397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3974  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  69.48 
 
 		 157 aa  235  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.818121 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3896  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  69.48 
 
 		 157 aa  235  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.282741 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3912  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  68.83 
 
 		 157 aa  234  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3202  RNA methyltransferase TrmH, group 2  67.97 
 
 		 164 aa  228  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1629  tRNA/rRNA methyltransferase  63.64 
 
 		 161 aa  225  2e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3301  RNA methyltransferase  66.88 
 
 		 154 aa  225  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0858286 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0075  RNA methyltransferase  66.04 
 
 		 162 aa  222  1e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4135  RNA methyltransferase  66.04 
 
 		 162 aa  222  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438164  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0081  RNA methyltransferase  66.04 
 
 		 162 aa  222  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4386  RNA methyltransferase  64.29 
 
 		 154 aa  219  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00152  RNA methyltransferase  63.52 
 
 		 159 aa  218  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0052  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  68.83 
 
 		 154 aa  219  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002216  tRNA (cytosine34-2'-O-)-methyltransferase  62.26 
 
 		 159 aa  217  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2267  rRNA methylase  62.42 
 
 		 158 aa  211  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00105703  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04710  RNA methyltransferase TrmH, group 2  65.56 
 
 		 153 aa  211  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  65.36 
 
 		 154 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  64.05 
 
 		 153 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  64.05 
 
 		 153 aa  209  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  63.4 
 
 		 157 aa  207  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  63.4 
 
 		 153 aa  207  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67710  putative rRNA methylase  63.58 
 
 		 153 aa  207  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281538  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4126  RNA methyltransferase  61.04 
 
 		 154 aa  206  9e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00837599  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  58.44 
 
 		 154 aa  205  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5861  putative rRNA methylase  63.4 
 
 		 153 aa  206  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0279492  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  59.74 
 
 		 154 aa  205  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0213  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  61.04 
 
 		 154 aa  205  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.653568  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0211  RNA methyltransferase  61.04 
 
 		 154 aa  205  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000450191  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3946  RNA methyltransferase  60.53 
 
 		 153 aa  204  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1130  putative tRNA/rRNA methyltransferase  62.09 
 
 		 177 aa  204  3e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0552  RNA methyltransferase  60.93 
 
 		 157 aa  204  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.242542  normal  0.84663 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  60.78 
 
 		 158 aa  204  4e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03960  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase YibK  58.17 
 
 		 158 aa  203  5e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  59.74 
 
 		 154 aa  203  6e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0241  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  61.04 
 
 		 171 aa  203  6e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3807  RNA methyltransferase  60.39 
 
 		 154 aa  203  6e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.509614  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0417  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  61.04 
 
 		 171 aa  203  6e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.897811  hitchhiker  0.000103614 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3736  RNA methyltransferase  60.39 
 
 		 154 aa  203  7e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3934  RNA methyltransferase  60.39 
 
 		 154 aa  203  7e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000097835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4247  RNA methyltransferase  60.39 
 
 		 154 aa  203  8e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0108586  hitchhiker  0.00213899 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2823  RNA methyltransferase TrmH, group 2  60.93 
 
 		 161 aa  202  9e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00419688  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2343  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  60.39 
 
 		 159 aa  202  9e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3498  RNA methyltransferase  60.39 
 
 		 154 aa  202  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0337  RNA methyltransferase TrmH, group 2  62.91 
 
 		 151 aa  201  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  59.48 
 
 		 154 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4881  RNA methyltransferase TrmH, group 2  60.93 
 
 		 151 aa  197  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0265  RNA methyltransferase  57.14 
 
 		 154 aa  197  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.13438  normal  0.0255655 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2539  RNA methyltransferase  59.09 
 
 		 159 aa  196  7.999999999999999e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.438382  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5323  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  60.93 
 
 		 151 aa  196  9e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1000  tRNA/rRNA methylase  57.33 
 
 		 155 aa  195  1.0000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2182  RNA methyltransferase TrmH, group 2  56.49 
 
 		 154 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0879  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.33 
 
 		 155 aa  195  1.0000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2407  RNA methyltransferase CspR  60.13 
 
 		 154 aa  195  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1951  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.33 
 
 		 154 aa  194  3e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000939499  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2799  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase  60.38 
 
 		 159 aa  194  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.100203  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.89 
 
 		 154 aa  194  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0358  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  58.33 
 
 		 156 aa  191  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0648772 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1700  RNA methyltransferase  55.26 
 
 		 152 aa  191  2e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.295449  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4175  RNA methyltransferase TrmH, group 2  58.97 
 
 		 156 aa  190  7e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0132  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.49 
 
 		 154 aa  189  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0874  RNA methyltransferase  58.97 
 
 		 159 aa  189  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.33 
 
 		 159 aa  189  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0467  23S rRNA methyltransferase  54.61 
 
 		 152 aa  189  1e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0540  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  57.05 
 
 		 156 aa  188  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0310  RNA methyltransferase TrmH, group 2  57.05 
 
 		 156 aa  187  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1127  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.52 
 
 		 153 aa  188  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1241  RNA methyltransferase TrmH, group 2  59.35 
 
 		 183 aa  187  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  56.41 
 
 		 156 aa  187  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.163476 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0233  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  57.05 
 
 		 156 aa  187  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0188294 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0124  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.49 
 
 		 154 aa  186  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1538  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.49 
 
 		 170 aa  186  8e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0452  RNA methyltransferase  57.69 
 
 		 156 aa  186  9e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2862  RNA methyltransferase  57.05 
 
 		 156 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.427649 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3854  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.58 
 
 		 157 aa  185  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6180  RNA methyltransferase TrmH, group 2  57.05 
 
 		 156 aa  185  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  55.26 
 
 		 157 aa  185  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2851  RNA methyltransferase  57.05 
 
 		 172 aa  185  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0272  RNA methyltransferase  57.42 
 
 		 156 aa  184  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1670  RNA methyltransferase  58.55 
 
 		 165 aa  184  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.71 
 
 		 161 aa  183  6e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.451539  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2768  RNA methyltransferase  56.41 
 
 		 156 aa  183  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2417  hypothetical protein  52.32 
 
 		 149 aa  183  8e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2906  RNA methyltransferase  56.41 
 
 		 170 aa  183  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  52.32 
 
 		 149 aa  181  3e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0616  RNA methyltransferase TrmH, group 2  55.19 
 
 		 154 aa  181  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3484  RNA methyltransferase TrmH, group 2  59.48 
 
 		 153 aa  180  7e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>