More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_1268 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_1268  rRNA methylase (SpoU class)  100 
 
 
169 aa  355  1.9999999999999998e-97  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000665769  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0313  rRNA methyltransferase, TrmH family  69.05 
 
 
169 aa  239  1e-62  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000102446  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1588  RNA methyltransferase  66.07 
 
 
182 aa  234  3e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000775856  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0580  RNA methyltransferase  64.29 
 
 
169 aa  229  2e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0658  rRNA methylase (SpoU class)  60.71 
 
 
170 aa  226  1e-58  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000212975  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1155  rRNA methylase (SpoU class)  55.62 
 
 
168 aa  205  2e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0200534  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1346  rRNA methylase (SpoU class)  55.36 
 
 
209 aa  203  8e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0505  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  56.77 
 
 
157 aa  192  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1909  RNA methyltransferase  57.05 
 
 
156 aa  192  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0507641  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1943  RNA methyltransferase  57.05 
 
 
156 aa  192  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.158878  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1370  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  55.77 
 
 
157 aa  185  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0602  RNA methyltransferase  54.14 
 
 
162 aa  179  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.863015  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4754  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  54.14 
 
 
162 aa  179  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0101258  hitchhiker  0.00000000000898658 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0516  RNA methyltransferase  54.14 
 
 
162 aa  179  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0459  RNA methyltransferase  54.14 
 
 
162 aa  179  2e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.172229  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0455  RNA methyltransferase  54.14 
 
 
162 aa  179  2e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0547  RNA methyltransferase  54.14 
 
 
162 aa  179  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0694927  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0548  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  54.14 
 
 
162 aa  179  2e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.67047e-31 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0584  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  54.14 
 
 
162 aa  179  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0623  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  54.14 
 
 
162 aa  179  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1391  RNA methyltransferase  52.23 
 
 
156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444743  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0462  RNA methyltransferase  52.87 
 
 
162 aa  177  9e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0470  RNA methyltransferase  52.56 
 
 
162 aa  174  5e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0127  RNA methyltransferase  51.61 
 
 
164 aa  163  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00636988  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11010  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  49.36 
 
 
162 aa  157  9e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0271045  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0152  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.29 
 
 
166 aa  156  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.143728  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0805  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  48.72 
 
 
168 aa  155  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.309509 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0990  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.68 
 
 
172 aa  155  2e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2278  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.77 
 
 
164 aa  155  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.117934  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2107  rRNA methylase (SpoU class)  48.08 
 
 
152 aa  152  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0432  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  48.08 
 
 
152 aa  150  8e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.112018  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.16 
 
 
152 aa  149  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.854981 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  46.45 
 
 
155 aa  148  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1049  RNA methyltransferase  44.94 
 
 
153 aa  147  7e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.432365  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09600  predicted rRNA methylase SpoU family  44.87 
 
 
159 aa  147  8e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000307354  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.75 
 
 
153 aa  144  6e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0194  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.95 
 
 
156 aa  144  6e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1308  rRNA methylase-like protein cspR  46.15 
 
 
153 aa  144  7.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2405  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.45 
 
 
155 aa  144  8.000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000095272  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1518  RNA methyltransferase  46.15 
 
 
153 aa  143  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2088  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.31 
 
 
154 aa  140  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.227987  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0763  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.58 
 
 
152 aa  140  7e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.635512  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2332  RNA methyltransferase  45.39 
 
 
152 aa  139  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.31 
 
 
157 aa  138  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000455125  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1452  putative rRNA methylase  43.62 
 
 
156 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000390375  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0453  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.59 
 
 
154 aa  137  4.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2133  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.52 
 
 
154 aa  137  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1197  RNA methyltransferase  44.97 
 
 
164 aa  135  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188758  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  45.86 
 
 
156 aa  134  5e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1323  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.79 
 
 
156 aa  134  7.000000000000001e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.431138  normal  0.429518 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3293  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.64 
 
 
160 aa  134  7.000000000000001e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.212145  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0138  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.95 
 
 
153 aa  133  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0147773  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2417  hypothetical protein  46.75 
 
 
149 aa  131  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0450  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.23 
 
 
152 aa  131  5e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.64 
 
 
158 aa  130  6.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00313017  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0924  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.67 
 
 
158 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  5.73808e-35 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  46.1 
 
 
149 aa  129  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1574  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.27 
 
 
154 aa  129  2.0000000000000002e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3194  RNA methyltransferase TrmH, group 2  45.39 
 
 
153 aa  129  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00355106  hitchhiker  0.0000259155 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.06 
 
 
160 aa  127  5.0000000000000004e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.62 
 
 
154 aa  127  7.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3322  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.7 
 
 
158 aa  127  8.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000129205  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0272  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.33 
 
 
148 aa  127  9.000000000000001e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2205  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  45.39 
 
 
152 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0238  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.74 
 
 
153 aa  126  1.0000000000000001e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.460006  normal  0.0379576 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2268  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  45.39 
 
 
152 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00048141  hitchhiker  0.0001006 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1687  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.95 
 
 
164 aa  124  6e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0132  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.59 
 
 
154 aa  124  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  43.31 
 
 
154 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0211  RNA methyltransferase  42.04 
 
 
154 aa  123  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000450191  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0834  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.24 
 
 
152 aa  123  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0618819 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3736  RNA methyltransferase  42.68 
 
 
154 aa  123  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3934  RNA methyltransferase  42.68 
 
 
154 aa  123  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000097835  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0823  tRNA/rRNA methyltransferase  40.52 
 
 
162 aa  123  1e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2141  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.42 
 
 
160 aa  123  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  43.12 
 
 
154 aa  122  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2823  RNA methyltransferase TrmH, group 2  42.04 
 
 
161 aa  122  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00419688  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1528  RNA methyltransferase  42 
 
 
152 aa  122  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130723  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3946  RNA methyltransferase  41.77 
 
 
153 aa  122  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0213  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  42.04 
 
 
154 aa  122  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.653568  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4126  RNA methyltransferase  42.04 
 
 
154 aa  122  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00837599  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1836  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44 
 
 
152 aa  122  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.646648  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  42.04 
 
 
158 aa  122  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1004  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.05 
 
 
188 aa  121  4e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4609  TrmA family RNA methyltransferase  42.76 
 
 
153 aa  121  4e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00112922  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2182  RNA methyltransferase TrmH, group 2  43.31 
 
 
154 aa  121  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014694  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3807  RNA methyltransferase  42.04 
 
 
154 aa  121  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.509614  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0265  RNA methyltransferase  42.68 
 
 
154 aa  121  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.13438  normal  0.0255655 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4247  RNA methyltransferase  42.04 
 
 
154 aa  121  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0108586  hitchhiker  0.00213899 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0124  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.95 
 
 
154 aa  120  7e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1170  putative RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38.22 
 
 
229 aa  120  9e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0394507 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2885  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.3 
 
 
158 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.938343  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10001  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  44.1 
 
 
160 aa  120  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.437921  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3301  RNA methyltransferase  42.04 
 
 
154 aa  120  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0858286 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09021  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  44.87 
 
 
162 aa  119  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.149348  decreased coverage  0.000000259965 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.74 
 
 
153 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000512947 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0616  RNA methyltransferase TrmH, group 2  42.04 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3498  RNA methyltransferase  41.4 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1700  RNA methyltransferase  42.58 
 
 
152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.295449  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  40.88 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>