More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0834 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0834  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
152 aa  311  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0618819 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1004  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  78.67 
 
 
188 aa  239  7.999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1528  RNA methyltransferase  73.03 
 
 
152 aa  233  7e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130723  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0450  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.16 
 
 
152 aa  206  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2885  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.99 
 
 
158 aa  197  5e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.938343  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2141  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.69 
 
 
160 aa  189  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3322  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.26 
 
 
158 aa  172  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000129205  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0924  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.62 
 
 
158 aa  170  5.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  5.73808e-35 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.55 
 
 
158 aa  167  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00313017  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3293  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.62 
 
 
160 aa  164  4e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.212145  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1197  RNA methyltransferase  56.69 
 
 
164 aa  161  3e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188758  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1452  putative rRNA methylase  56.58 
 
 
156 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000390375  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.19 
 
 
157 aa  150  7e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000455125  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1836  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.67 
 
 
152 aa  148  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.646648  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  53.85 
 
 
156 aa  145  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2332  RNA methyltransferase  53.47 
 
 
152 aa  145  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2088  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.99 
 
 
154 aa  144  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.227987  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.7 
 
 
159 aa  144  6e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  47.62 
 
 
149 aa  142  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2107  rRNA methylase (SpoU class)  51.03 
 
 
152 aa  142  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0584  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  47.97 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0602  RNA methyltransferase  47.97 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.863015  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0548  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  47.97 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.67047e-31 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0516  RNA methyltransferase  47.97 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0459  RNA methyltransferase  47.97 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.172229  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0455  RNA methyltransferase  47.97 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0547  RNA methyltransferase  47.97 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0694927  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0505  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  50 
 
 
157 aa  142  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0623  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  47.97 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4754  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  47.97 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0101258  hitchhiker  0.00000000000898658 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0552  RNA methyltransferase  48.67 
 
 
157 aa  142  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.242542  normal  0.84663 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  46.98 
 
 
154 aa  142  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2417  hypothetical protein  48.59 
 
 
149 aa  141  3e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2205  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  51.7 
 
 
152 aa  141  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2268  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  51.7 
 
 
152 aa  141  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00048141  hitchhiker  0.0001006 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3202  RNA methyltransferase TrmH, group 2  52.08 
 
 
164 aa  141  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1370  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  50.68 
 
 
157 aa  141  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1687  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.48 
 
 
164 aa  141  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0462  RNA methyltransferase  47.3 
 
 
162 aa  140  6e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0990  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.47 
 
 
172 aa  139  9.999999999999999e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  45.75 
 
 
154 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0081  RNA methyltransferase  46.84 
 
 
162 aa  138  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4135  RNA methyltransferase  46.84 
 
 
162 aa  138  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438164  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0075  RNA methyltransferase  46.84 
 
 
162 aa  138  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1327  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  50.33 
 
 
163 aa  137  3.9999999999999997e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0858796 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67710  putative rRNA methylase  44.3 
 
 
153 aa  137  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281538  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10001  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  41.25 
 
 
160 aa  136  8.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.437921  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11010  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  46.53 
 
 
162 aa  136  8.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0271045  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  46 
 
 
154 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5861  putative rRNA methylase  44.97 
 
 
153 aa  136  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0279492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4979  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.1 
 
 
157 aa  135  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4110  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.1 
 
 
157 aa  135  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.1 
 
 
157 aa  136  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14671  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  47.74 
 
 
166 aa  136  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.120716 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03464  predicted rRNA methylase  46.1 
 
 
157 aa  135  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4034  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.1 
 
 
157 aa  135  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0939  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  40.99 
 
 
160 aa  135  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3818  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.1 
 
 
157 aa  135  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0102  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.1 
 
 
157 aa  135  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03415  hypothetical protein  46.1 
 
 
157 aa  135  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0138  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.67 
 
 
153 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0147773  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2133  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.59 
 
 
154 aa  134  3.0000000000000003e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0211  RNA methyltransferase  45.81 
 
 
154 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000450191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0099  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  45.64 
 
 
157 aa  134  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5323  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  45.83 
 
 
151 aa  134  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3943  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  45.64 
 
 
157 aa  134  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0213  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  45.81 
 
 
154 aa  134  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.653568  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4881  RNA methyltransferase TrmH, group 2  45.83 
 
 
151 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4126  RNA methyltransferase  45.16 
 
 
154 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00837599  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3498  RNA methyltransferase  45.33 
 
 
154 aa  133  8e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0152  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.45 
 
 
166 aa  133  9e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.143728  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1127  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.92 
 
 
153 aa  133  9e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4247  RNA methyltransferase  44.67 
 
 
154 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0108586  hitchhiker  0.00213899 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1147  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  46.67 
 
 
166 aa  132  9.999999999999999e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.303231  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4396  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  49.01 
 
 
153 aa  132  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.13 
 
 
153 aa  133  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000512947 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4081  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.16 
 
 
157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3946  RNA methyltransferase  45.52 
 
 
153 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0337  RNA methyltransferase TrmH, group 2  46.53 
 
 
151 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296895  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  48.61 
 
 
155 aa  132  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09981  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  41.72 
 
 
160 aa  132  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.582415  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1909  RNA methyltransferase  46.58 
 
 
156 aa  132  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0507641  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0238  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.41 
 
 
153 aa  132  1.9999999999999998e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.460006  normal  0.0379576 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4019  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.16 
 
 
157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.921331  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1943  RNA methyltransferase  46.58 
 
 
156 aa  132  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.158878  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  44.3 
 
 
157 aa  131  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  44 
 
 
154 aa  131  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  44.3 
 
 
153 aa  131  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2823  RNA methyltransferase TrmH, group 2  48.32 
 
 
161 aa  131  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00419688  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3736  RNA methyltransferase  44 
 
 
154 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3934  RNA methyltransferase  44 
 
 
154 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000097835  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2182  RNA methyltransferase TrmH, group 2  46.9 
 
 
154 aa  130  5e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014694  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  44 
 
 
154 aa  130  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0540  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  48.39 
 
 
156 aa  130  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699614  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0470  RNA methyltransferase  45.27 
 
 
162 aa  130  5e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1000  tRNA/rRNA methylase  48.3 
 
 
155 aa  130  6e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3896  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.3 
 
 
157 aa  130  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.282741 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0879  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.3 
 
 
155 aa  130  6e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3974  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.3 
 
 
157 aa  130  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.818121 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3807  RNA methyltransferase  44 
 
 
154 aa  130  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.509614  normal  0.994657 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>