More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0580 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_0580  RNA methyltransferase  100 
 
 
169 aa  355  1.9999999999999998e-97  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0658  rRNA methylase (SpoU class)  66.47 
 
 
170 aa  238  2.9999999999999997e-62  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000212975  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1268  rRNA methylase (SpoU class)  64.29 
 
 
169 aa  229  2e-59  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000665769  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1346  rRNA methylase (SpoU class)  63.53 
 
 
209 aa  223  7e-58  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1155  rRNA methylase (SpoU class)  61.9 
 
 
168 aa  214  4e-55  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0200534  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1588  RNA methyltransferase  57.49 
 
 
182 aa  214  5.9999999999999996e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000775856  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0313  rRNA methyltransferase, TrmH family  59.28 
 
 
169 aa  213  9.999999999999999e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000102446  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1391  RNA methyltransferase  61.01 
 
 
156 aa  201  6e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444743  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1943  RNA methyltransferase  60.13 
 
 
156 aa  195  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.158878  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1909  RNA methyltransferase  60.13 
 
 
156 aa  195  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0507641  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0602  RNA methyltransferase  53.8 
 
 
162 aa  176  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.863015  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0516  RNA methyltransferase  53.8 
 
 
162 aa  176  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0459  RNA methyltransferase  53.8 
 
 
162 aa  176  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.172229  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0455  RNA methyltransferase  53.8 
 
 
162 aa  176  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0623  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  53.8 
 
 
162 aa  176  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0547  RNA methyltransferase  53.8 
 
 
162 aa  176  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0694927  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0584  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  53.8 
 
 
162 aa  176  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0548  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  53.8 
 
 
162 aa  176  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.67047e-31 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0505  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  53.8 
 
 
157 aa  176  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4754  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  53.8 
 
 
162 aa  176  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0101258  hitchhiker  0.00000000000898658 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0462  RNA methyltransferase  52.53 
 
 
162 aa  174  7e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1370  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  52.2 
 
 
157 aa  173  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11010  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  54.37 
 
 
162 aa  169  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0271045  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0470  RNA methyltransferase  51.27 
 
 
162 aa  169  2e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0805  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  55.19 
 
 
168 aa  167  6e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.309509 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0432  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  51.95 
 
 
152 aa  166  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.112018  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0152  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.52 
 
 
166 aa  163  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.143728  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2278  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.6 
 
 
164 aa  162  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.117934  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.3 
 
 
152 aa  158  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.854981 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2332  RNA methyltransferase  49.35 
 
 
152 aa  158  3e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0194  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.27 
 
 
156 aa  158  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0127  RNA methyltransferase  51.27 
 
 
164 aa  156  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00636988  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2107  rRNA methylase (SpoU class)  50 
 
 
152 aa  156  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  49.68 
 
 
155 aa  155  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1308  rRNA methylase-like protein cspR  46.5 
 
 
153 aa  151  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1518  RNA methyltransferase  46.5 
 
 
153 aa  150  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1197  RNA methyltransferase  52.7 
 
 
164 aa  149  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188758  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0453  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.39 
 
 
154 aa  149  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2405  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.67 
 
 
155 aa  148  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000095272  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0990  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.33 
 
 
172 aa  148  4e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2133  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  49.37 
 
 
154 aa  147  7e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.33 
 
 
158 aa  147  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00313017  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1049  RNA methyltransferase  46.1 
 
 
153 aa  147  7e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.432365  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3293  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.67 
 
 
160 aa  147  7e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.212145  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0924  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.33 
 
 
158 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  5.73808e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3322  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.67 
 
 
158 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000129205  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2417  hypothetical protein  48.34 
 
 
149 aa  144  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1452  putative rRNA methylase  48.7 
 
 
156 aa  143  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000390375  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50 
 
 
157 aa  143  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000455125  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  47.68 
 
 
149 aa  142  3e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2088  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.67 
 
 
154 aa  139  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.227987  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.01 
 
 
153 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42 
 
 
160 aa  135  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33322  predicted protein  45.45 
 
 
183 aa  134  5e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09600  predicted rRNA methylase SpoU family  40.94 
 
 
159 aa  134  7.000000000000001e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000307354  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  47.37 
 
 
154 aa  134  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1687  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.62 
 
 
164 aa  133  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1323  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.58 
 
 
156 aa  132  1.9999999999999998e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.431138  normal  0.429518 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0450  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.27 
 
 
152 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0138  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.27 
 
 
153 aa  131  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0147773  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  44.74 
 
 
156 aa  131  3.9999999999999996e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0081  RNA methyltransferase  45.28 
 
 
162 aa  131  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0075  RNA methyltransferase  45.28 
 
 
162 aa  131  5e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4135  RNA methyltransferase  45.28 
 
 
162 aa  131  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438164  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04710  RNA methyltransferase TrmH, group 2  44.74 
 
 
153 aa  130  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0763  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.38 
 
 
152 aa  130  7.999999999999999e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.635512  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  44.08 
 
 
158 aa  130  9e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0238  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.39 
 
 
153 aa  130  9e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.460006  normal  0.0379576 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0310  RNA methyltransferase TrmH, group 2  43.79 
 
 
156 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4609  TrmA family RNA methyltransferase  43.05 
 
 
153 aa  130  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00112922  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2182  RNA methyltransferase TrmH, group 2  45.7 
 
 
154 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014694  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  46.05 
 
 
157 aa  130  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.08 
 
 
159 aa  129  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03960  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase YibK  45.03 
 
 
158 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1836  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.16 
 
 
152 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.646648  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03464  predicted rRNA methylase  44.16 
 
 
157 aa  128  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3912  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.81 
 
 
157 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4979  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.16 
 
 
157 aa  129  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03415  hypothetical protein  44.16 
 
 
157 aa  128  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4110  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.16 
 
 
157 aa  129  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0102  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.16 
 
 
157 aa  128  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3818  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.16 
 
 
157 aa  128  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0099  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.16 
 
 
157 aa  128  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4034  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.16 
 
 
157 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3943  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.16 
 
 
157 aa  128  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1130  putative tRNA/rRNA methyltransferase  46.41 
 
 
177 aa  128  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4386  RNA methyltransferase  45.1 
 
 
154 aa  127  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3896  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.16 
 
 
157 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.282741 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3974  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.16 
 
 
157 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.818121 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.67 
 
 
153 aa  127  8.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.121067  normal  0.063625 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6180  RNA methyltransferase TrmH, group 2  41.83 
 
 
156 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0597  rRNA methylase, SpoU family  47.13 
 
 
155 aa  126  1.0000000000000001e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000064162  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0078  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.18 
 
 
151 aa  127  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2851  RNA methyltransferase  42.11 
 
 
172 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2862  RNA methyltransferase  42.11 
 
 
156 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.427649 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3202  RNA methyltransferase TrmH, group 2  45.03 
 
 
164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0452  RNA methyltransferase  41.18 
 
 
156 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  42.76 
 
 
154 aa  125  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0129  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.08 
 
 
157 aa  125  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.253397  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1629  tRNA/rRNA methyltransferase  44.44 
 
 
161 aa  125  3e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>