More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1301 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1301  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
150 aa  312  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1199  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  93.33 
 
 
150 aa  295  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.565462  normal  0.954982 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0923  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  80.95 
 
 
162 aa  258  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1383  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  83.22 
 
 
151 aa  247  5e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.661134  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0153  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.52 
 
 
179 aa  203  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  76.19 
 
 
156 aa  200  4e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106137  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2299  putative tRNA/rRNA methyltransferase  67.11 
 
 
158 aa  199  7e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.727719 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.27 
 
 
163 aa  199  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.96 
 
 
149 aa  197  3e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.998737  normal  0.0166669 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  74.83 
 
 
156 aa  196  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7081  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.59 
 
 
154 aa  195  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0465261  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0666  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.27 
 
 
149 aa  195  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.189394 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3216  tRNA/rRNA methyltransferase  61.49 
 
 
161 aa  193  5.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0645  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.18 
 
 
149 aa  192  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807504  normal  0.580297 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1544  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.86 
 
 
153 aa  189  9e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.781625  normal  0.0718657 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.11 
 
 
180 aa  189  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.236894  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4629  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.86 
 
 
176 aa  179  8.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.998464  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_004310  BR1546  RNA methyltransferase  55.41 
 
 
159 aa  179  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1495  RNA methyltransferase  55.41 
 
 
159 aa  179  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3802  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.84 
 
 
169 aa  177  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123417 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2955  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.18 
 
 
154 aa  177  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.649621  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0365  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.5 
 
 
160 aa  174  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0832169  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2783  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.69 
 
 
153 aa  173  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.482099  normal  0.305951 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3047  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.03 
 
 
153 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264748 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1005  RNA methyltransferase  55.03 
 
 
155 aa  171  1.9999999999999998e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2171  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.73 
 
 
153 aa  171  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2241  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.14 
 
 
175 aa  167  7e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103501  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1346  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.03 
 
 
152 aa  158  3e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.202952  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1203  tRNA/rRNA methyltransferase  51.02 
 
 
151 aa  149  8.999999999999999e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0626663  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.9 
 
 
156 aa  143  8.000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.340787  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.34 
 
 
149 aa  141  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806848  normal  0.241303 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0735  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.58 
 
 
148 aa  139  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.44981 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  44.97 
 
 
156 aa  130  6e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  42 
 
 
155 aa  128  3e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3854  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.76 
 
 
157 aa  127  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  42.11 
 
 
157 aa  125  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.11 
 
 
154 aa  124  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1308  rRNA methylase-like protein cspR  40.67 
 
 
153 aa  123  9e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1518  RNA methyltransferase  40.67 
 
 
153 aa  123  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0238  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.94 
 
 
153 aa  122  1e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.460006  normal  0.0379576 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2267  rRNA methylase  39.74 
 
 
158 aa  122  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00105703  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0132  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.45 
 
 
154 aa  122  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  41.45 
 
 
158 aa  121  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0990  RNA methyltransferase  41.06 
 
 
154 aa  120  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411714  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  41.22 
 
 
154 aa  120  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002216  tRNA (cytosine34-2'-O-)-methyltransferase  38.16 
 
 
159 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2332  RNA methyltransferase  40.67 
 
 
152 aa  119  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03464  predicted rRNA methylase  40.4 
 
 
157 aa  118  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0099  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40.4 
 
 
157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4979  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  40.4 
 
 
157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1037  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.93 
 
 
162 aa  118  1.9999999999999998e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  38 
 
 
149 aa  118  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0102  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  40.4 
 
 
157 aa  118  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0124  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.79 
 
 
154 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3943  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  40.4 
 
 
157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4110  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  40.4 
 
 
157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4175  RNA methyltransferase TrmH, group 2  39.07 
 
 
156 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4034  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  40.4 
 
 
157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0540  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  39.74 
 
 
156 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699614  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03415  hypothetical protein  40.4 
 
 
157 aa  118  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0432  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.22 
 
 
152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.112018  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3818  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  40.4 
 
 
157 aa  118  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00152  RNA methyltransferase  38.16 
 
 
159 aa  118  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2417  hypothetical protein  38 
 
 
149 aa  118  3e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0129  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  39.74 
 
 
157 aa  118  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.253397  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1836  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.67 
 
 
152 aa  117  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.646648  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0358  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  38.41 
 
 
156 aa  117  6e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0648772 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0874  RNA methyltransferase  38.82 
 
 
159 aa  117  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0616  RNA methyltransferase TrmH, group 2  41.61 
 
 
154 aa  117  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4019  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  39.74 
 
 
157 aa  117  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.921331  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4081  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  39.74 
 
 
157 aa  117  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3974  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  39.74 
 
 
157 aa  117  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.818121 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3896  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  39.74 
 
 
157 aa  117  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.282741 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  39.74 
 
 
153 aa  117  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  39.74 
 
 
153 aa  116  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11010  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38 
 
 
162 aa  116  9e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0271045  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3912  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  39.07 
 
 
157 aa  115  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2182  RNA methyltransferase TrmH, group 2  37.5 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014694  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  39.07 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0233  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  37.75 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0188294 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1943  RNA methyltransferase  37.58 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  39.07 
 
 
157 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40 
 
 
153 aa  115  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000512947 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1648  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  37.58 
 
 
156 aa  114  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.158148  normal  0.993753 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  39.07 
 
 
153 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  39.07 
 
 
154 aa  115  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4386  RNA methyltransferase  39.07 
 
 
154 aa  114  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  37.75 
 
 
156 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.163476 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2205  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38.1 
 
 
152 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.38 
 
 
160 aa  114  3.9999999999999997e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2268  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38.1 
 
 
152 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00048141  hitchhiker  0.0001006 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.33 
 
 
153 aa  114  5e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.121067  normal  0.063625 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0310  RNA methyltransferase TrmH, group 2  36.42 
 
 
156 aa  114  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3301  RNA methyltransferase  37.75 
 
 
154 aa  114  6.9999999999999995e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0858286 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  39.74 
 
 
154 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3194  RNA methyltransferase TrmH, group 2  37.58 
 
 
153 aa  112  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00355106  hitchhiker  0.0000259155 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3202  RNA methyltransferase TrmH, group 2  39.74 
 
 
164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2460  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.06 
 
 
155 aa  113  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000877061 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  38.41 
 
 
154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0265  RNA methyltransferase  38.41 
 
 
154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.13438  normal  0.0255655 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>