More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2299 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2299  putative tRNA/rRNA methyltransferase  100 
 
 		 158 aa  322  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.727719 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0923  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  76.35 
 
 		 162 aa  233  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1199  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.71 
 
 		 150 aa  215  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.565462  normal  0.954982 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1301  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.11 
 
 		 150 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0153  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.36 
 
 		 179 aa  211  3.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66 
 
 		 163 aa  201  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1544  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.31 
 
 		 153 aa  198  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.781625  normal  0.0718657 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0666  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.84 
 
 		 149 aa  196  7.999999999999999e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.189394 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7081  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.33 
 
 		 154 aa  196  7.999999999999999e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0465261  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1383  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.67 
 
 		 151 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.661134  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4629  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.22 
 
 		 176 aa  194  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.998464  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.16 
 
 		 149 aa  193  6e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.998737  normal  0.0166669 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3216  tRNA/rRNA methyltransferase  63.95 
 
 		 161 aa  193  7e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2955  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.49 
 
 		 154 aa  192  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.649621  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  76.87 
 
 		 156 aa  191  5e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106137  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0645  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.49 
 
 		 149 aa  190  8e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807504  normal  0.580297 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.27 
 
 		 180 aa  189  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.236894  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2783  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.9 
 
 		 153 aa  187  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.482099  normal  0.305951 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  75 
 
 		 156 aa  187  5.999999999999999e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3047  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.54 
 
 		 153 aa  185  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264748 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3802  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.71 
 
 		 169 aa  184  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123417 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2171  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.54 
 
 		 153 aa  182  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1546  RNA methyltransferase  56.46 
 
 		 159 aa  179  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1495  RNA methyltransferase  56.46 
 
 		 159 aa  179  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1005  RNA methyltransferase  55.03 
 
 		 155 aa  174  6e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0365  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.78 
 
 		 160 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0832169  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2241  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.33 
 
 		 175 aa  167  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1203  tRNA/rRNA methyltransferase  55.41 
 
 		 151 aa  167  7e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0626663  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1346  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.67 
 
 		 152 aa  155  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.202952  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0735  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50 
 
 		 148 aa  153  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.44981 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.95 
 
 		 149 aa  151  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806848  normal  0.241303 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50 
 
 		 156 aa  147  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.340787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3194  RNA methyltransferase TrmH, group 2  43.05 
 
 		 153 aa  138  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00355106  hitchhiker  0.0000259155 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  46.94 
 
 		 156 aa  137  4.999999999999999e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4609  TrmA family RNA methyltransferase  41.72 
 
 		 153 aa  135  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00112922  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.78 
 
 		 152 aa  131  3.9999999999999996e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.854981 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  41.33 
 
 		 154 aa  127  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  43.92 
 
 		 149 aa  127  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  41.33 
 
 		 154 aa  127  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  41.89 
 
 		 155 aa  127  8.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4386  RNA methyltransferase  44 
 
 		 154 aa  126  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2885  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.67 
 
 		 158 aa  125  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.938343  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002216  tRNA (cytosine34-2'-O-)-methyltransferase  44.16 
 
 		 159 aa  125  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0238  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.67 
 
 		 153 aa  125  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.460006  normal  0.0379576 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0099  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.72 
 
 		 157 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0129  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  41.06 
 
 		 157 aa  124  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.253397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4034  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  41.72 
 
 		 157 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3943  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  41.72 
 
 		 157 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2417  hypothetical protein  43.54 
 
 		 149 aa  124  5e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11010  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40.51 
 
 		 162 aa  124  5e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0271045  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03464  predicted rRNA methylase  41.72 
 
 		 157 aa  124  6e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3818  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  41.72 
 
 		 157 aa  124  6e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03415  hypothetical protein  41.72 
 
 		 157 aa  124  6e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0102  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  41.72 
 
 		 157 aa  124  6e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  41.33 
 
 		 157 aa  124  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  42.67 
 
 		 154 aa  123  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  41.33 
 
 		 153 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5861  putative rRNA methylase  43.05 
 
 		 153 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0279492  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  41.33 
 
 		 153 aa  123  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4110  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  41.06 
 
 		 157 aa  123  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0616  RNA methyltransferase TrmH, group 2  43.24 
 
 		 154 aa  123  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3301  RNA methyltransferase  41.45 
 
 		 154 aa  122  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0858286 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3498  RNA methyltransferase  42.67 
 
 		 154 aa  123  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4979  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  41.06 
 
 		 157 aa  123  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3807  RNA methyltransferase  42.67 
 
 		 154 aa  122  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.509614  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67710  putative rRNA methylase  43.71 
 
 		 153 aa  123  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281538  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0127  RNA methyltransferase  40.14 
 
 		 164 aa  122  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00636988  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2407  RNA methyltransferase CspR  44 
 
 		 154 aa  122  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3736  RNA methyltransferase  42.67 
 
 		 154 aa  122  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00152  RNA methyltransferase  43.05 
 
 		 159 aa  122  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3934  RNA methyltransferase  42.67 
 
 		 154 aa  122  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000097835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1836  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.67 
 
 		 152 aa  122  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.646648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  41.72 
 
 		 153 aa  121  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  44.3 
 
 		 158 aa  122  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4247  RNA methyltransferase  42 
 
 		 154 aa  120  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0108586  hitchhiker  0.00213899 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2267  rRNA methylase  43.33 
 
 		 158 aa  120  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00105703  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4019  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  39.74 
 
 		 157 aa  120  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.921331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4081  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  39.74 
 
 		 157 aa  120  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3974  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  39.74 
 
 		 157 aa  120  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.818121 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3896  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  39.74 
 
 		 157 aa  120  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.282741 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2343  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40.94 
 
 		 159 aa  120  7e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0540  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  37.33 
 
 		 156 aa  120  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699614  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2539  RNA methyltransferase  40.67 
 
 		 159 aa  120  9e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.438382  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0213  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  42.28 
 
 		 154 aa  120  9e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.653568  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2278  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.44 
 
 		 164 aa  120  9e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.117934  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0265  RNA methyltransferase  40 
 
 		 154 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.13438  normal  0.0255655 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0211  RNA methyltransferase  42.28 
 
 		 154 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000450191  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3912  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  39.07 
 
 		 157 aa  119  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1037  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.84 
 
 		 162 aa  119  9.999999999999999e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0272  RNA methyltransferase  38 
 
 		 156 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2736  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.44 
 
 		 155 aa  119  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.372982  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  40.67 
 
 		 154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  41.06 
 
 		 157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4126  RNA methyltransferase  41.61 
 
 		 154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00837599  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3854  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42 
 
 		 157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0990  RNA methyltransferase  42.95 
 
 		 154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411714  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  40 
 
 		 154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4175  RNA methyltransferase TrmH, group 2  38.67 
 
 		 156 aa  118  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1308  rRNA methylase-like protein cspR  40.67 
 
 		 153 aa  118  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0241  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  42.41 
 
 		 171 aa  118  3e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>