More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2955 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_2955  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
154 aa  306  5e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.649621  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0153  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.59 
 
 
179 aa  191  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0923  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.74 
 
 
162 aa  186  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7081  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.42 
 
 
154 aa  185  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0465261  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2299  putative tRNA/rRNA methyltransferase  61.49 
 
 
158 aa  184  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.727719 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.59 
 
 
163 aa  183  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1199  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.18 
 
 
150 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.565462  normal  0.954982 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1301  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.18 
 
 
150 aa  177  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3216  tRNA/rRNA methyltransferase  58 
 
 
161 aa  173  8e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1495  RNA methyltransferase  55.41 
 
 
159 aa  172  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1546  RNA methyltransferase  55.41 
 
 
159 aa  172  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0666  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.78 
 
 
149 aa  171  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.189394 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0735  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.11 
 
 
148 aa  171  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.44981 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.91 
 
 
149 aa  170  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806848  normal  0.241303 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.41 
 
 
180 aa  171  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.236894  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1544  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.33 
 
 
153 aa  169  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.781625  normal  0.0718657 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.43 
 
 
149 aa  168  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.998737  normal  0.0166669 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1346  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.94 
 
 
152 aa  169  2e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.202952  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1383  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.5 
 
 
151 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.661134  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4629  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.14 
 
 
176 aa  167  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.998464  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2241  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.56 
 
 
175 aa  167  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103501  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0365  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.29 
 
 
160 aa  165  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0832169  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3047  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.41 
 
 
153 aa  164  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264748 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0645  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.76 
 
 
149 aa  163  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807504  normal  0.580297 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1203  tRNA/rRNA methyltransferase  56.95 
 
 
151 aa  163  8e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0626663  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1005  RNA methyltransferase  50.67 
 
 
155 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2171  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.68 
 
 
153 aa  161  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2783  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.74 
 
 
153 aa  159  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.482099  normal  0.305951 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.27 
 
 
156 aa  155  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106137  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.51 
 
 
156 aa  155  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3802  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.19 
 
 
169 aa  150  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123417 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.37 
 
 
156 aa  142  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.340787  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  40.67 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  44.3 
 
 
154 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  46.31 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  43.84 
 
 
156 aa  118  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3498  RNA methyltransferase  43.62 
 
 
154 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0132  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.28 
 
 
154 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  45.95 
 
 
158 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.24 
 
 
154 aa  117  7.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3815  RNA methyltransferase  43.62 
 
 
156 aa  116  9e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.221085 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3946  RNA methyltransferase  44.9 
 
 
153 aa  116  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3854  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.76 
 
 
157 aa  116  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0124  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.28 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3807  RNA methyltransferase  43.62 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.509614  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4126  RNA methyltransferase  45.58 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00837599  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0939  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  38.61 
 
 
160 aa  115  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4609  TrmA family RNA methyltransferase  40 
 
 
153 aa  115  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00112922  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4247  RNA methyltransferase  44.97 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0108586  hitchhiker  0.00213899 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0213  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.9 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.653568  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3736  RNA methyltransferase  44.97 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0211  RNA methyltransferase  44.9 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000450191  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3934  RNA methyltransferase  44.97 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000097835  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0358  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  40.54 
 
 
156 aa  115  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0648772 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3194  RNA methyltransferase TrmH, group 2  40 
 
 
153 aa  115  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00355106  hitchhiker  0.0000259155 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10001  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  38.22 
 
 
160 aa  115  3e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.437921  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0265  RNA methyltransferase  41.89 
 
 
154 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.13438  normal  0.0255655 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  40.94 
 
 
157 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  40.94 
 
 
153 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  40.27 
 
 
153 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0540  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40.94 
 
 
156 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699614  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4881  RNA methyltransferase TrmH, group 2  39.6 
 
 
151 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4396  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  39.19 
 
 
153 aa  112  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  41.61 
 
 
154 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09981  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  38.22 
 
 
160 aa  113  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.582415  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2460  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.28 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000877061 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5323  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38.93 
 
 
151 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0233  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  39.19 
 
 
156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0188294 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  39.19 
 
 
156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.163476 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0238  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.33 
 
 
153 aa  110  5e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.460006  normal  0.0379576 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0874  RNA methyltransferase  40.27 
 
 
159 aa  110  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  39.6 
 
 
155 aa  110  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.24 
 
 
153 aa  110  7.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.121067  normal  0.063625 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2332  RNA methyltransferase  42.86 
 
 
152 aa  110  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  39.6 
 
 
153 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2205  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40.14 
 
 
152 aa  109  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  40.54 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4175  RNA methyltransferase TrmH, group 2  39.86 
 
 
156 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2268  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40.14 
 
 
152 aa  109  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00048141  hitchhiker  0.0001006 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0616  RNA methyltransferase TrmH, group 2  40.54 
 
 
154 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0310  RNA methyltransferase TrmH, group 2  37.84 
 
 
156 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0127  RNA methyltransferase  37.5 
 
 
164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00636988  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09021  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  38.16 
 
 
162 aa  109  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.149348  decreased coverage  0.000000259965 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1308  rRNA methylase-like protein cspR  37.09 
 
 
153 aa  108  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.07 
 
 
153 aa  108  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000512947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0337  RNA methyltransferase TrmH, group 2  39.19 
 
 
151 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296895  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  38.67 
 
 
154 aa  107  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2343  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38.51 
 
 
159 aa  107  4.0000000000000004e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1670  RNA methyltransferase  38.78 
 
 
165 aa  107  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2141  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.61 
 
 
160 aa  107  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2278  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.42 
 
 
164 aa  107  5e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.117934  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0452  RNA methyltransferase  37.84 
 
 
156 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04710  RNA methyltransferase TrmH, group 2  38.78 
 
 
153 aa  107  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2407  RNA methyltransferase CspR  39.86 
 
 
154 aa  107  8.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1518  RNA methyltransferase  37.09 
 
 
153 aa  107  8.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.57 
 
 
160 aa  106  9.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3185  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  39.04 
 
 
161 aa  106  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1836  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.27 
 
 
152 aa  106  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.646648  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1327  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  42.21 
 
 
163 aa  106  1e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0858796 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1241  RNA methyltransferase TrmH, group 2  38.26 
 
 
183 aa  106  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>