More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3815 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3815  RNA methyltransferase  100 
 
 		 156 aa  319  9.000000000000001e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.221085 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3185  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  75.48 
 
 		 161 aa  241  3.9999999999999997e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4396  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  71.9 
 
 		 153 aa  227  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3910  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.01 
 
 		 158 aa  217  3.9999999999999997e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1670  RNA methyltransferase  69.08 
 
 		 165 aa  216  7.999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.52 
 
 		 161 aa  214  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.451539  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1241  RNA methyltransferase TrmH, group 2  67.1 
 
 		 183 aa  213  5.9999999999999996e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0540  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  65.81 
 
 		 156 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0874  RNA methyltransferase  65.81 
 
 		 159 aa  211  2.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2864  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.13 
 
 		 162 aa  211  4.9999999999999996e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.13 
 
 		 189 aa  210  7e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.675577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4175  RNA methyltransferase TrmH, group 2  65.81 
 
 		 156 aa  210  7.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0358  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  63.87 
 
 		 156 aa  206  8e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0648772 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0233  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  63.87 
 
 		 156 aa  205  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0188294 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  63.23 
 
 		 156 aa  205  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.163476 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2768  RNA methyltransferase  63.87 
 
 		 156 aa  202  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2906  RNA methyltransferase  63.87 
 
 		 170 aa  202  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0437  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.01 
 
 		 168 aa  202  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.463566 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0503  RNA methyltransferase  63.23 
 
 		 179 aa  201  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0485  RNA methyltransferase  63.23 
 
 		 179 aa  201  4e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0452  RNA methyltransferase  62.58 
 
 		 156 aa  200  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3201  RNA methyltransferase  63.23 
 
 		 156 aa  200  6e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0174  RNA methyltransferase  63.23 
 
 		 156 aa  200  6e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0668  RNA methyltransferase  63.23 
 
 		 156 aa  200  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1418  RNA methyltransferase  63.23 
 
 		 156 aa  200  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2845  RNA methyltransferase  63.23 
 
 		 156 aa  200  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0310  RNA methyltransferase TrmH, group 2  59.35 
 
 		 156 aa  200  7e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0422  RNA methyltransferase  63.23 
 
 		 156 aa  199  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2851  RNA methyltransferase  62.58 
 
 		 172 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2862  RNA methyltransferase  62.58 
 
 		 156 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.427649 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6180  RNA methyltransferase TrmH, group 2  62.58 
 
 		 156 aa  197  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  62.82 
 
 		 154 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0257  RNA methyltransferase TrmH, group 2  59.35 
 
 		 156 aa  195  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0272  RNA methyltransferase  61.29 
 
 		 156 aa  193  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1943  RNA methyltransferase  55.48 
 
 		 156 aa  190  6e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1648  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  56.13 
 
 		 156 aa  189  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.158148  normal  0.993753 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  57.69 
 
 		 157 aa  189  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2237  RNA methyltransferase TrmH, group 2  62.59 
 
 		 168 aa  189  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0075  RNA methyltransferase  54.72 
 
 		 162 aa  187  5.999999999999999e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4135  RNA methyltransferase  54.72 
 
 		 162 aa  187  5.999999999999999e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438164  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0081  RNA methyltransferase  54.72 
 
 		 162 aa  187  5.999999999999999e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0616  RNA methyltransferase TrmH, group 2  58.49 
 
 		 154 aa  186  9e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  55.77 
 
 		 154 aa  186  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67710  putative rRNA methylase  58.82 
 
 		 153 aa  184  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281538  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5323  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  59.09 
 
 		 151 aa  184  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04710  RNA methyltransferase TrmH, group 2  58.44 
 
 		 153 aa  183  6e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4881  RNA methyltransferase TrmH, group 2  58.44 
 
 		 151 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  58.33 
 
 		 153 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5861  putative rRNA methylase  58.97 
 
 		 153 aa  181  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0279492  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0552  RNA methyltransferase  57.52 
 
 		 157 aa  181  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.242542  normal  0.84663 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4386  RNA methyltransferase  53.85 
 
 		 154 aa  181  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  58.33 
 
 		 153 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  57.69 
 
 		 157 aa  180  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  57.69 
 
 		 153 aa  180  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0337  RNA methyltransferase TrmH, group 2  59.48 
 
 		 151 aa  179  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4081  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  54.49 
 
 		 157 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4019  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  54.49 
 
 		 157 aa  179  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.921331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3974  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  54.49 
 
 		 157 aa  177  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.818121 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3896  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  54.49 
 
 		 157 aa  177  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.282741 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3912  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  53.85 
 
 		 157 aa  177  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0241  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  58.13 
 
 		 171 aa  176  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0417  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  58.13 
 
 		 171 aa  176  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.897811  hitchhiker  0.000103614 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00538  putative tRNA/rRNA methyltransferase  55.48 
 
 		 154 aa  176  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0129  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  53.85 
 
 		 157 aa  176  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.253397  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2539  RNA methyltransferase  60.26 
 
 		 159 aa  175  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.438382  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3202  RNA methyltransferase TrmH, group 2  58.71 
 
 		 164 aa  174  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2407  RNA methyltransferase CspR  58.86 
 
 		 154 aa  174  5e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0990  RNA methyltransferase  55.13 
 
 		 154 aa  173  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411714  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1130  putative tRNA/rRNA methyltransferase  54.84 
 
 		 177 aa  173  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0099  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  53.21 
 
 		 157 aa  172  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3943  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  53.21 
 
 		 157 aa  172  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3854  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.25 
 
 		 157 aa  171  5e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4034  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  52.56 
 
 		 157 aa  171  5e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03464  predicted rRNA methylase  52.56 
 
 		 157 aa  170  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03415  hypothetical protein  52.56 
 
 		 157 aa  170  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0102  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  52.56 
 
 		 157 aa  170  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3818  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  52.56 
 
 		 157 aa  170  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1629  tRNA/rRNA methyltransferase  50 
 
 		 161 aa  170  9e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4110  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  52.56 
 
 		 157 aa  169  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0265  RNA methyltransferase  51.92 
 
 		 154 aa  169  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.13438  normal  0.0255655 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4979  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  52.56 
 
 		 157 aa  169  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22350  predicted rRNA methylase SpoU family  54.09 
 
 		 158 aa  167  4e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0125418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.5 
 
 		 154 aa  167  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0132  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.59 
 
 		 154 aa  167  6e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2343  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  55.13 
 
 		 159 aa  167  6e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  51.28 
 
 		 154 aa  166  8e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1127  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.6 
 
 		 153 aa  166  8e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0124  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.57 
 
 		 154 aa  166  8e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3946  RNA methyltransferase  53.5 
 
 		 153 aa  166  8e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3498  RNA methyltransferase  53.21 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2823  RNA methyltransferase TrmH, group 2  55.19 
 
 		 161 aa  165  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00419688  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1538  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.62 
 
 		 170 aa  165  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1754  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.85 
 
 		 154 aa  165  2.9999999999999998e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.698666  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2182  RNA methyltransferase TrmH, group 2  50.94 
 
 		 154 aa  164  4e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0213  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  53.46 
 
 		 154 aa  164  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.653568  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.95 
 
 		 159 aa  164  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  52.53 
 
 		 158 aa  164  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  51.9 
 
 		 154 aa  163  6.9999999999999995e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  52.83 
 
 		 154 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0879  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.61 
 
 		 155 aa  162  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>