More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1754 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1754  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 154 aa  321  2e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.698666  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1533  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.18 
 
 		 154 aa  228  2e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.401176  normal  0.268513 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0939  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.23 
 
 		 154 aa  227  5e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.270969  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4891  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.58 
 
 		 154 aa  219  9.999999999999999e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.723752  normal  0.0326205 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1186  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.36 
 
 		 179 aa  216  7e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.147131  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1213  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.36 
 
 		 179 aa  216  7e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.123516 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1203  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.36 
 
 		 179 aa  216  7e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.785783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22350  predicted rRNA methylase SpoU family  67.32 
 
 		 158 aa  216  7.999999999999999e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0125418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13402  tRNA/rRNA methylase spoU  65.58 
 
 		 154 aa  214  2e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000853607  normal  0.234298 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2736  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.71 
 
 		 155 aa  212  9.999999999999999e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.372982  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2460  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.01 
 
 		 155 aa  210  4.9999999999999996e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000877061 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0469  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.67 
 
 		 163 aa  201  4e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.548466 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06670  predicted rRNA methylase SpoU family  61.07 
 
 		 157 aa  191  3e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.728557  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16300  predicted rRNA methylase SpoU family  57.52 
 
 		 155 aa  186  1e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.292915  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0383  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.67 
 
 		 168 aa  185  2e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2407  RNA methyltransferase CspR  57.52 
 
 		 154 aa  184  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1538  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.14 
 
 		 170 aa  184  4e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.81 
 
 		 186 aa  177  2.9999999999999997e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3003  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.94 
 
 		 153 aa  177  4e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.69004  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14890  rRNA methylase, putative, group 2  63.16 
 
 		 186 aa  177  4.999999999999999e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00538  putative tRNA/rRNA methyltransferase  57.52 
 
 		 154 aa  177  4.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1170  putative RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  54.97 
 
 		 229 aa  176  9e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0394507 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5323  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  54 
 
 		 151 aa  176  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0990  RNA methyltransferase  57.14 
 
 		 154 aa  176  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411714  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4881  RNA methyltransferase TrmH, group 2  54 
 
 		 151 aa  175  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  53.59 
 
 		 158 aa  175  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  52.6 
 
 		 154 aa  174  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2282  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.24 
 
 		 167 aa  174  3e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.760815  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2539  RNA methyltransferase  55.56 
 
 		 159 aa  174  5e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.438382  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0968  hypothetical protein  52.63 
 
 		 220 aa  173  8e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.815301  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  52.94 
 
 		 154 aa  173  8e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  52.29 
 
 		 153 aa  171  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2182  RNA methyltransferase TrmH, group 2  51.3 
 
 		 154 aa  171  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.97 
 
 		 159 aa  170  5e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67710  putative rRNA methylase  53.33 
 
 		 153 aa  170  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281538  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0132  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.6 
 
 		 154 aa  169  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0337  RNA methyltransferase TrmH, group 2  53.33 
 
 		 151 aa  169  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1130  putative tRNA/rRNA methyltransferase  51.63 
 
 		 177 aa  169  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  51.63 
 
 		 153 aa  168  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4386  RNA methyltransferase  50.65 
 
 		 154 aa  168  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0124  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.6 
 
 		 154 aa  168  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1000  tRNA/rRNA methylase  52 
 
 		 155 aa  167  5e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0879  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52 
 
 		 155 aa  167  5e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5861  putative rRNA methylase  52.29 
 
 		 153 aa  166  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0279492  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  50.98 
 
 		 157 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  50.98 
 
 		 153 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1127  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.63 
 
 		 153 aa  166  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  52.63 
 
 		 157 aa  166  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3815  RNA methyltransferase  53.85 
 
 		 156 aa  165  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.221085 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  48.7 
 
 		 154 aa  164  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.94 
 
 		 161 aa  164  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.451539  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4396  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  55.13 
 
 		 153 aa  164  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.97 
 
 		 154 aa  164  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0265  RNA methyltransferase  49.35 
 
 		 154 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.13438  normal  0.0255655 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  49.67 
 
 		 154 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04710  RNA methyltransferase TrmH, group 2  50.99 
 
 		 153 aa  161  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3854  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.97 
 
 		 157 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00152  RNA methyltransferase  50.94 
 
 		 159 aa  162  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4081  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  50 
 
 		 157 aa  161  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3498  RNA methyltransferase  50 
 
 		 154 aa  161  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4019  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  50 
 
 		 157 aa  161  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.921331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  49.35 
 
 		 157 aa  162  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0099  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  50.65 
 
 		 157 aa  161  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002216  tRNA (cytosine34-2'-O-)-methyltransferase  50.31 
 
 		 159 aa  161  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3943  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  50.65 
 
 		 157 aa  161  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4979  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  50 
 
 		 157 aa  161  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4110  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  50 
 
 		 157 aa  161  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3185  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  53.46 
 
 		 161 aa  160  4.0000000000000004e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3301  RNA methyltransferase  50.65 
 
 		 154 aa  161  4.0000000000000004e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0858286 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03464  predicted rRNA methylase  50 
 
 		 157 aa  160  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3946  RNA methyltransferase  49.34 
 
 		 153 aa  160  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3974  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  50 
 
 		 157 aa  160  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.818121 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03415  hypothetical protein  50 
 
 		 157 aa  160  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3896  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  50 
 
 		 157 aa  160  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.282741 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3818  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  50 
 
 		 157 aa  160  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0102  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  50 
 
 		 157 aa  160  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2267  rRNA methylase  50.96 
 
 		 158 aa  160  6e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00105703  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4034  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  50 
 
 		 157 aa  160  6e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1951  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.33 
 
 		 154 aa  160  7e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000939499  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03960  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase YibK  51.33 
 
 		 158 aa  160  8.000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  50.33 
 
 		 149 aa  160  8.000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0129  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  49.35 
 
 		 157 aa  160  8.000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.253397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3912  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  49.35 
 
 		 157 aa  160  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0874  RNA methyltransferase  50.32 
 
 		 159 aa  159  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0417  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  49.35 
 
 		 171 aa  159  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.897811  hitchhiker  0.000103614 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1241  RNA methyltransferase TrmH, group 2  50.97 
 
 		 183 aa  159  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2343  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  51.63 
 
 		 159 aa  159  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0213  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  49.35 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.653568  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0241  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  49.35 
 
 		 171 aa  159  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  49.35 
 
 		 154 aa  159  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3910  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.87 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3807  RNA methyltransferase  50 
 
 		 154 aa  158  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.509614  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4135  RNA methyltransferase  49.69 
 
 		 162 aa  158  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438164  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0081  RNA methyltransferase  49.69 
 
 		 162 aa  158  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3736  RNA methyltransferase  50 
 
 		 154 aa  158  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0075  RNA methyltransferase  49.69 
 
 		 162 aa  158  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3934  RNA methyltransferase  50 
 
 		 154 aa  158  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000097835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0052  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  50.65 
 
 		 154 aa  157  4e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2864  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.32 
 
 		 162 aa  157  4e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1629  tRNA/rRNA methyltransferase  47.4 
 
 		 161 aa  157  4e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>