More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1544 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1544  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
153 aa  312  9e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.781625  normal  0.0718657 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3216  tRNA/rRNA methyltransferase  81.21 
 
 
161 aa  257  4e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3047  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  79.33 
 
 
153 aa  256  8e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264748 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2783  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  78.67 
 
 
153 aa  253  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.482099  normal  0.305951 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.07 
 
 
180 aa  225  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.236894  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1495  RNA methyltransferase  68.03 
 
 
159 aa  219  9e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1546  RNA methyltransferase  68.03 
 
 
159 aa  219  9e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.99 
 
 
163 aa  209  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0666  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.27 
 
 
149 aa  205  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.189394 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7081  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.31 
 
 
154 aa  205  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0465261  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0153  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.33 
 
 
179 aa  204  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.59 
 
 
149 aa  202  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.998737  normal  0.0166669 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2171  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.59 
 
 
153 aa  202  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0645  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.22 
 
 
149 aa  198  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807504  normal  0.580297 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4629  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.31 
 
 
176 aa  197  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.998464  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0923  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.9 
 
 
162 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1199  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.86 
 
 
150 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.565462  normal  0.954982 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1301  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.86 
 
 
150 aa  189  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2299  putative tRNA/rRNA methyltransferase  65.31 
 
 
158 aa  187  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.727719 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1005  RNA methyltransferase  59.59 
 
 
155 aa  184  3e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0365  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.82 
 
 
160 aa  180  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0832169  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1383  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.46 
 
 
151 aa  176  8e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.661134  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3802  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.59 
 
 
169 aa  174  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123417 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2955  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.33 
 
 
154 aa  169  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.649621  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2241  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.41 
 
 
175 aa  168  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103501  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.78 
 
 
149 aa  164  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806848  normal  0.241303 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.16 
 
 
156 aa  157  4e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106137  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1346  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.33 
 
 
152 aa  157  4e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.202952  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1203  tRNA/rRNA methyltransferase  51.33 
 
 
151 aa  152  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0626663  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.54 
 
 
156 aa  152  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0735  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.26 
 
 
148 aa  149  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.44981 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46 
 
 
156 aa  147  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.340787  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2417  hypothetical protein  44.59 
 
 
149 aa  127  5.0000000000000004e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  44.52 
 
 
149 aa  125  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0132  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.28 
 
 
154 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3946  RNA methyltransferase  43.33 
 
 
153 aa  124  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0124  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.28 
 
 
154 aa  122  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0213  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  42.67 
 
 
154 aa  121  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.653568  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3807  RNA methyltransferase  43.24 
 
 
154 aa  121  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.509614  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3498  RNA methyltransferase  43.24 
 
 
154 aa  121  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.61 
 
 
154 aa  121  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  41.89 
 
 
154 aa  120  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0211  RNA methyltransferase  42.67 
 
 
154 aa  120  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000450191  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09981  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  40.13 
 
 
160 aa  120  7e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.582415  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4126  RNA methyltransferase  42 
 
 
154 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00837599  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  41.89 
 
 
154 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3736  RNA methyltransferase  42.57 
 
 
154 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3934  RNA methyltransferase  42.57 
 
 
154 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000097835  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10001  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  38.85 
 
 
160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.437921  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  42.67 
 
 
155 aa  119  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2407  RNA methyltransferase CspR  42.18 
 
 
154 aa  118  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  43.15 
 
 
156 aa  117  3.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1538  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42 
 
 
170 aa  117  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4247  RNA methyltransferase  41.89 
 
 
154 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0108586  hitchhiker  0.00213899 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3854  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.61 
 
 
157 aa  116  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2885  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.67 
 
 
158 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.938343  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  40.54 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0616  RNA methyltransferase TrmH, group 2  40.82 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1004  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40 
 
 
188 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0265  RNA methyltransferase  40.54 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.13438  normal  0.0255655 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2141  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.18 
 
 
160 aa  114  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2460  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.54 
 
 
155 aa  114  5e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000877061 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0238  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.26 
 
 
153 aa  114  6e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.460006  normal  0.0379576 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  41.22 
 
 
158 aa  114  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1670  RNA methyltransferase  39.86 
 
 
165 aa  114  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3301  RNA methyltransferase  37.33 
 
 
154 aa  114  6.9999999999999995e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0858286 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  42 
 
 
157 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  42 
 
 
153 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2182  RNA methyltransferase TrmH, group 2  36.67 
 
 
154 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014694  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  40.54 
 
 
153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0939  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  36.08 
 
 
160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3194  RNA methyltransferase TrmH, group 2  40.67 
 
 
153 aa  112  3e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00355106  hitchhiker  0.0000259155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  39.33 
 
 
154 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0152  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.91 
 
 
166 aa  111  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.143728  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09021  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  38.51 
 
 
162 aa  110  5e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.149348  decreased coverage  0.000000259965 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1127  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.5 
 
 
153 aa  110  6e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06670  predicted rRNA methylase SpoU family  40.13 
 
 
157 aa  110  6e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.728557  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0272  RNA methyltransferase  37.84 
 
 
156 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.26 
 
 
161 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.451539  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  40.67 
 
 
153 aa  110  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0450  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40 
 
 
152 aa  110  9e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4386  RNA methyltransferase  39.86 
 
 
154 aa  109  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4609  TrmA family RNA methyltransferase  38.67 
 
 
153 aa  109  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00112922  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0990  RNA methyltransferase  38.67 
 
 
154 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411714  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  38.51 
 
 
154 aa  110  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2539  RNA methyltransferase  38.26 
 
 
159 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.438382  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1000  tRNA/rRNA methylase  43.15 
 
 
155 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0879  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.15 
 
 
155 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04710  RNA methyltransferase TrmH, group 2  39.74 
 
 
153 aa  108  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.6 
 
 
157 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000455125  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0417  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.72 
 
 
171 aa  108  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.897811  hitchhiker  0.000103614 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.74 
 
 
153 aa  108  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000512947 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1836  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.82 
 
 
152 aa  108  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.646648  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0241  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.72 
 
 
171 aa  108  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0473  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.78 
 
 
186 aa  108  3e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0383  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.1 
 
 
168 aa  107  4.0000000000000004e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2268  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  39.86 
 
 
152 aa  107  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00048141  hitchhiker  0.0001006 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2205  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  39.86 
 
 
152 aa  107  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0990  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36 
 
 
172 aa  107  5e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2736  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.26 
 
 
155 aa  107  5e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.372982  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>