More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2241 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_2241  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
175 aa  357  6e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103501  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.26 
 
 
156 aa  181  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.340787  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0153  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.93 
 
 
179 aa  180  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.13 
 
 
163 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60 
 
 
149 aa  177  5.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806848  normal  0.241303 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0365  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.33 
 
 
160 aa  176  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0832169  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1346  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.28 
 
 
152 aa  174  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.202952  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3047  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58 
 
 
153 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264748 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1203  tRNA/rRNA methyltransferase  57.33 
 
 
151 aa  172  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0626663  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3216  tRNA/rRNA methyltransferase  55.33 
 
 
161 aa  169  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1544  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.41 
 
 
153 aa  168  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.781625  normal  0.0718657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7081  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58 
 
 
154 aa  168  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0465261  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0923  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.76 
 
 
162 aa  167  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2955  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.56 
 
 
154 aa  167  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.649621  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2783  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.33 
 
 
153 aa  166  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.482099  normal  0.305951 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1199  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.14 
 
 
150 aa  166  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.565462  normal  0.954982 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1301  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.14 
 
 
150 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0666  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.76 
 
 
149 aa  164  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.189394 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.95 
 
 
180 aa  164  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.236894  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.08 
 
 
149 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.998737  normal  0.0166669 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0735  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.7 
 
 
148 aa  162  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.44981 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0645  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.08 
 
 
149 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807504  normal  0.580297 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2299  putative tRNA/rRNA methyltransferase  55.33 
 
 
158 aa  159  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.727719 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4629  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.43 
 
 
176 aa  159  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.998464  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_004310  BR1546  RNA methyltransferase  53.38 
 
 
159 aa  155  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1495  RNA methyltransferase  53.38 
 
 
159 aa  155  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1005  RNA methyltransferase  50 
 
 
155 aa  155  3e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2171  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.35 
 
 
153 aa  154  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1383  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.46 
 
 
151 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.661134  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3802  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.41 
 
 
169 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123417 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4034  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  45.45 
 
 
157 aa  132  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0099  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  45.45 
 
 
157 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3943  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  45.45 
 
 
157 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03464  predicted rRNA methylase  45.45 
 
 
157 aa  131  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0102  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  45.45 
 
 
157 aa  131  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03415  hypothetical protein  45.45 
 
 
157 aa  131  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3818  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  45.45 
 
 
157 aa  131  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2267  rRNA methylase  46.45 
 
 
158 aa  130  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00105703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4979  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  45.45 
 
 
157 aa  130  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4110  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  45.45 
 
 
157 aa  130  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.1 
 
 
156 aa  130  7.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106137  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002216  tRNA (cytosine34-2'-O-)-methyltransferase  44.23 
 
 
159 aa  130  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00152  RNA methyltransferase  44.23 
 
 
159 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2407  RNA methyltransferase CspR  45.75 
 
 
154 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3896  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.16 
 
 
157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.282741 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3974  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  44.16 
 
 
157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.818121 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.54 
 
 
157 aa  129  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  42.86 
 
 
154 aa  128  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3912  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.51 
 
 
157 aa  128  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4386  RNA methyltransferase  41.56 
 
 
154 aa  126  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.05 
 
 
156 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4135  RNA methyltransferase  41.14 
 
 
162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438164  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0075  RNA methyltransferase  41.14 
 
 
162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0081  RNA methyltransferase  41.14 
 
 
162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4019  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.62 
 
 
157 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.921331  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4081  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  43.62 
 
 
157 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.94 
 
 
154 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4396  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  43.33 
 
 
153 aa  125  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2539  RNA methyltransferase  44.81 
 
 
159 aa  124  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.438382  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3854  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.13 
 
 
157 aa  124  7e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0990  RNA methyltransferase  42.86 
 
 
154 aa  124  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411714  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0540  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  43.23 
 
 
156 aa  123  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699614  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0129  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  42.28 
 
 
157 aa  123  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.253397  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  42.95 
 
 
157 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0450  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.06 
 
 
152 aa  122  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1951  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.62 
 
 
154 aa  122  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000939499  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  42.95 
 
 
153 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0241  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.5 
 
 
171 aa  122  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0417  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.5 
 
 
171 aa  122  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.897811  hitchhiker  0.000103614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  42.28 
 
 
153 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3946  RNA methyltransferase  43.54 
 
 
153 aa  122  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0132  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.27 
 
 
154 aa  121  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0874  RNA methyltransferase  42.58 
 
 
159 aa  120  7e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0124  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.27 
 
 
154 aa  120  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  43.15 
 
 
156 aa  120  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  40.26 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1130  putative tRNA/rRNA methyltransferase  41.14 
 
 
177 aa  119  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4175  RNA methyltransferase TrmH, group 2  41.94 
 
 
156 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2343  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40.13 
 
 
159 aa  117  6e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00538  putative tRNA/rRNA methyltransferase  40.27 
 
 
154 aa  117  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3202  RNA methyltransferase TrmH, group 2  41.94 
 
 
164 aa  117  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  42.21 
 
 
154 aa  117  6e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  41.61 
 
 
153 aa  117  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2736  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.04 
 
 
155 aa  117  7.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.372982  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  40.27 
 
 
154 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1241  RNA methyltransferase TrmH, group 2  40 
 
 
183 aa  116  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4247  RNA methyltransferase  41.56 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0108586  hitchhiker  0.00213899 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  36.73 
 
 
149 aa  116  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6180  RNA methyltransferase TrmH, group 2  40.65 
 
 
156 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0452  RNA methyltransferase  40 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1648  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38.67 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.158148  normal  0.993753 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2862  RNA methyltransferase  40.65 
 
 
156 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.427649 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1670  RNA methyltransferase  41.22 
 
 
165 aa  116  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5323  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40.94 
 
 
151 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  40.79 
 
 
155 aa  115  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  40.79 
 
 
158 aa  115  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3736  RNA methyltransferase  40.91 
 
 
154 aa  115  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3807  RNA methyltransferase  40.91 
 
 
154 aa  115  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.509614  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3934  RNA methyltransferase  40.91 
 
 
154 aa  115  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000097835  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3910  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40 
 
 
158 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>