97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2354 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2354  hypothetical protein  100 
 
 		 254 aa  514  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000019812  unclonable  0.000000147886 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1255  hypothetical protein  90.94 
 
 		 254 aa  433  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3425  hypothetical protein  77.95 
 
 		 254 aa  402  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.242835 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1397  hypothetical protein  80.84 
 
 		 261 aa  393  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4180  hypothetical protein  77.55 
 
 		 245 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0236736  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1183  hypothetical protein  82.68 
 
 		 254 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2395  hypothetical protein  55.12 
 
 		 247 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0527656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0684  DSBA oxidoreductase  66.14 
 
 		 248 aa  265  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.224579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0947  hypothetical protein  57.31 
 
 		 247 aa  265  4e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2185  hypothetical protein  56.75 
 
 		 247 aa  246  4e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2860  hypothetical protein  53.85 
 
 		 247 aa  240  2e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0501  hypothetical protein  54.39 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1768  protein-disulfide isomerase-like protein  51 
 
 		 225 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00864718  hitchhiker  0.000943846 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4096  hypothetical protein  47.5 
 
 		 244 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1623  hypothetical protein  49.04 
 
 		 246 aa  182  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1440  DSBA oxidoreductase  45.75 
 
 		 228 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0871761  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0857  hypothetical protein  48 
 
 		 234 aa  158  7e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.473961  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36300  DSBA oxidoreductase  44.97 
 
 		 241 aa  152  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59960  putative protein-disulfide isomerase  42.51 
 
 		 219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.374938  hitchhiker  0.00000000711026 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4517  putative protein-disulfide isomerase  40.94 
 
 		 217 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0014  DSBA-like thioredoxin domain-containing protein  35.33 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.638568  hitchhiker  0.0000141764 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4051  DSBA oxidoreductase  34.3 
 
 		 257 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1382  DSBA oxidoreductase  32.74 
 
 		 276 aa  90.9  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3717  DSBA oxidoreductase  27.53 
 
 		 268 aa  70.1  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00521015 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3229  DSBA oxidoreductase  28.48 
 
 		 269 aa  66.6  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0747  DSBA oxidoreductase  29.53 
 
 		 335 aa  59.7  0.00000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.93701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3635  DSBA oxidoreductase  30.41 
 
 		 182 aa  58.5  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.874564  hitchhiker  0.000658769 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1658  DSBA oxidoreductase  23.23 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2416  DSBA oxidoreductase  40.48 
 
 		 172 aa  56.2  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.726632  normal  0.0122921 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0503  DSBA oxidoreductase  27.1 
 
 		 232 aa  55.5  0.0000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00000346108  hitchhiker  0.00000423738 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0158  DSBA oxidoreductase  24.18 
 
 		 313 aa  53.9  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00718984 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3004  protein-disulfide isomerase-like protein  30.53 
 
 		 262 aa  52.8  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0227664  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0444  DSBA oxidoreductase  25.68 
 
 		 335 aa  52.4  0.000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0770663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5558  DSBA oxidoreductase  26.15 
 
 		 248 aa  52  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.838875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1181  DSBA oxidoreductase  25.39 
 
 		 265 aa  51.6  0.00001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2523  DSBA oxidoreductase  25 
 
 		 281 aa  50.8  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.567201 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2785  DSBA oxidoreductase  30.41 
 
 		 232 aa  50.1  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1670  DSBA oxidoreductase  22.44 
 
 		 240 aa  50.1  0.00003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3782  DSBA oxidoreductase  30.92 
 
 		 311 aa  49.7  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3699  DSBA oxidoreductase  30.92 
 
 		 311 aa  49.7  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2411  disulfide bond formation protein  24.22 
 
 		 207 aa  50.1  0.00004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3850  DSBA oxidoreductase  25.75 
 
 		 253 aa  49.7  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.197074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3648  DSBA oxidoreductase  28.48 
 
 		 339 aa  49.7  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.452438  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3767  DSBA oxidoreductase  31.37 
 
 		 307 aa  49.3  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1150  DSBA oxidoreductase  20.28 
 
 		 247 aa  48.9  0.00008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.132027 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4049  DsbA oxidoreductase  37.63 
 
 		 671 aa  48.9  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4165  DSBA oxidoreductase  34.68 
 
 		 671 aa  48.5  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4192  DSBA oxidoreductase  34.68 
 
 		 671 aa  48.5  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3286  DSBA oxidoreductase  29.06 
 
 		 228 aa  48.5  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0691509  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3981  DSBA oxidoreductase  29.61 
 
 		 253 aa  48.5  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.670573 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1658  Na+/H+ antiporter NhaA  30.56 
 
 		 652 aa  47.8  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.245406 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4989  Fis family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 209 aa  47.4  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1148  DSBA oxidoreductase  25 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0375091 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3641  DsbA oxidoreductase  29.61 
 
 		 311 aa  47  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1566  DSBA oxidoreductase  26.96 
 
 		 227 aa  47  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0178633 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4282  DSBA oxidoreductase  29.17 
 
 		 241 aa  46.6  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3249  DSBA oxidoreductase  26.23 
 
 		 217 aa  45.8  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115569  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1666  Na+/H+ antiporter NhaA  31.1 
 
 		 652 aa  45.8  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3392  DSBA oxidoreductase  29.17 
 
 		 182 aa  45.4  0.0008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.536541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1733  DSBA oxidoreductase  24.43 
 
 		 231 aa  45.4  0.0008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0610  DSBA oxidoreductase  23.5 
 
 		 246 aa  45.4  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3616  DSBA oxidoreductase  27.5 
 
 		 293 aa  44.7  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.1673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4361  DSBA oxidoreductase  29.03 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00151652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0863  DSBA oxidoreductase  29.51 
 
 		 254 aa  44.7  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00216121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0142  DSBA oxidoreductase  28.99 
 
 		 196 aa  44.3  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0209  outer membrane protein  29.55 
 
 		 252 aa  44.3  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00342599  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1985  DSBA oxidoreductase  26.14 
 
 		 179 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.025834 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2325  DSBA oxidoreductase  23.21 
 
 		 218 aa  43.9  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.597314 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0253  DSBA oxidoreductase  26.54 
 
 		 241 aa  43.9  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2114  outer membrane protein  29.55 
 
 		 252 aa  44.3  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.155557  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2538  DSBA oxidoreductase  24.03 
 
 		 250 aa  44.3  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.171459  normal  0.017866 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0380  DSBA oxidoreductase  25.17 
 
 		 664 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.4471  normal  0.0162028 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2681  hypothetical protein  29.79 
 
 		 262 aa  43.9  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000484489 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4093  DSBA oxidoreductase  24.7 
 
 		 349 aa  43.5  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.158731  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0730  DSBA oxidoreductase  24.39 
 
 		 260 aa  43.1  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.22688 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0229  DSBA oxidoreductase  34.55 
 
 		 265 aa  43.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.12077  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3688  DSBA oxidoreductase  30.26 
 
 		 211 aa  43.1  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0968997 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3177  DsbA oxidoreductase  24.85 
 
 		 217 aa  42.7  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3501  DsbA oxidoreductase  24.85 
 
 		 217 aa  42.7  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1687  hypothetical protein  32.73 
 
 		 196 aa  42.7  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1535  hypothetical protein  35 
 
 		 264 aa  42.7  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.480424  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4908  DSBA oxidoreductase  29.51 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.771858 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3349  DSBA oxidoreductase  29.51 
 
 		 238 aa  43.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0476  Disulfide bonded thioredoxin protein  27.87 
 
 		 198 aa  42.7  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4060  DSBA oxidoreductase  23.49 
 
 		 348 aa  42.4  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3405  thiol:disulfide interchange protein DsbA  29.79 
 
 		 253 aa  42.4  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3762  hypothetical protein  26.67 
 
 		 258 aa  42.4  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3717  DSBA oxidoreductase  25.71 
 
 		 242 aa  42.4  0.008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0862  DSBA oxidoreductase  25.35 
 
 		 243 aa  42.4  0.008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00262563  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0134  DSBA oxidoreductase  31.58 
 
 		 210 aa  42.4  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.631277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4245  DSBA oxidoreductase  27.42 
 
 		 210 aa  42  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.354657 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1603  DSBA oxidoreductase  26.09 
 
 		 229 aa  42  0.009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.087263 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4638  hypothetical protein  21.18 
 
 		 342 aa  42  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0489456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3170  DSBA oxidoreductase  24 
 
 		 535 aa  42  0.01  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0578033  normal  0.438922 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3950  DsbA oxidoreductase  23.49 
 
 		 349 aa  42  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0700  DSBA oxidoreductase  26.87 
 
 		 243 aa  42  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.770375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0692  DSBA oxidoreductase  22.91 
 
 		 228 aa  42  0.01  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.440532 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>