More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3405 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3405  thiol:disulfide interchange protein DsbA  100 
 
 		 253 aa  510  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4063  DSBA oxidoreductase  60.43 
 
 		 243 aa  280  2e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3787  DSBA oxidoreductase  60.43 
 
 		 243 aa  280  2e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117786  normal  0.763789 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4108  DSBA oxidoreductase  38.5 
 
 		 247 aa  172  5.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4989  Fis family transcriptional regulator  50.6 
 
 		 209 aa  170  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5427  DSBA oxidoreductase  42.79 
 
 		 257 aa  169  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.878245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6044  DSBA oxidoreductase  41.35 
 
 		 257 aa  168  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.680515  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2703  DSBA oxidoreductase  37.18 
 
 		 260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0600597  normal  0.0595664 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1733  DSBA oxidoreductase  39.5 
 
 		 252 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690258  normal  0.0758369 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0209  outer membrane protein  34.93 
 
 		 252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00342599  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3948  DSBA oxidoreductase  36.67 
 
 		 259 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0375371  normal  0.31258 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2114  outer membrane protein  34.35 
 
 		 252 aa  162  7e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.155557  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3655  DSBA oxidoreductase  38.43 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3281  DSBA oxidoreductase  38.86 
 
 		 263 aa  159  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.101876  normal  0.665873 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3941  DSBA oxidoreductase  37.96 
 
 		 259 aa  159  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0405057 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1539  DSBA oxidoreductase  39.57 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0905  putative outer membrane protein  36.13 
 
 		 265 aa  159  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0909  outer membrane protein, putative  36.13 
 
 		 265 aa  159  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2428  DSBA oxidoreductase  44.39 
 
 		 255 aa  155  6e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.53532  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2271  DSBA oxidoreductase  38.73 
 
 		 268 aa  155  7e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112284  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2720  DSBA oxidoreductase  37.17 
 
 		 255 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3792  DSBA oxidoreductase  45.65 
 
 		 205 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.344865  normal  0.0187029 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0863  DSBA oxidoreductase  38.43 
 
 		 254 aa  149  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00216121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1790  outer membrane protein  33.08 
 
 		 274 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3016  DSBA oxidoreductase  38.91 
 
 		 255 aa  148  7e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.517861  normal  0.845616 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4209  hypothetical protein  37.09 
 
 		 254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0730  DSBA oxidoreductase  36.36 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.22688 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1860  DSBA oxidoreductase  37.86 
 
 		 247 aa  145  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1805  hypothetical protein  39.52 
 
 		 261 aa  145  6e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1806  hypothetical protein  39.52 
 
 		 261 aa  145  6e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1661  DSBA oxidoreductase  38.43 
 
 		 275 aa  143  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.0992596 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2185  DSBA oxidoreductase  34.96 
 
 		 255 aa  142  7e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.829499  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0955  DSBA oxidoreductase  37.32 
 
 		 255 aa  142  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.616231  hitchhiker  0.0061431 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1713  DSBA oxidoreductase  37.79 
 
 		 252 aa  141  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0344853  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1270  DSBA oxidoreductase  37.89 
 
 		 248 aa  141  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0360105  hitchhiker  0.00278647 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2570  DSBA oxidoreductase  37.81 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.649073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2862  DSBA oxidoreductase  36.68 
 
 		 255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.898425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3499  DSBA oxidoreductase  35.22 
 
 		 266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.511327 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2436  DSBA oxidoreductase  36.28 
 
 		 255 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1627  DSBA oxidoreductase  37.86 
 
 		 247 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2981  putative protein-disulfide isomerase  37.38 
 
 		 247 aa  138  7e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.241141  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4143  DSBA oxidoreductase  40.48 
 
 		 211 aa  138  7e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0122  DSBA oxidoreductase  39.88 
 
 		 211 aa  137  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0339396 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3688  DSBA oxidoreductase  41.27 
 
 		 211 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0968997 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0134  DSBA oxidoreductase  39.29 
 
 		 210 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.631277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2538  DSBA oxidoreductase  37.56 
 
 		 250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.171459  normal  0.017866 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1750  DSBA oxidoreductase  35.98 
 
 		 254 aa  133  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0404971  normal  0.241511 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1073  DSBA oxidoreductase  38.71 
 
 		 209 aa  133  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1102  hypothetical protein  39.75 
 
 		 211 aa  132  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.983538  normal  0.0993738 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4361  DSBA oxidoreductase  37.35 
 
 		 210 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00151652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4245  DSBA oxidoreductase  36.53 
 
 		 210 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.354657 
 
 
-
 
NC_004310  BR0366  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  36.97 
 
 		 204 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3248  DSBA oxidoreductase  38.24 
 
 		 226 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0322461  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0381  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  36.97 
 
 		 204 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0622  twin-arginine translocation pathway signal  38.96 
 
 		 233 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0476  Disulfide bonded thioredoxin protein  36.97 
 
 		 198 aa  128  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4198  DSBA oxidoreductase  35.54 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4908  DSBA oxidoreductase  36.75 
 
 		 210 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.771858 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0474  DSBA oxidoreductase  36.97 
 
 		 204 aa  126  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0844568  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0763  thioredoxin domain-containing protein  29.13 
 
 		 265 aa  125  6e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3494  DSBA oxidoreductase  38.36 
 
 		 197 aa  124  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1214  DSBA oxidoreductase  33.73 
 
 		 217 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.734825  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3685  putative disulfide bond formation protein D precursor (disulfide oxidoreductase D)  38.82 
 
 		 211 aa  123  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0106163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3349  DSBA oxidoreductase  35.22 
 
 		 238 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4299  twin-arginine translocation pathway signal  35.4 
 
 		 222 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1819  DSBA oxidoreductase  31.25 
 
 		 250 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621459  normal  0.210082 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0741  DSBA oxidoreductase  34.34 
 
 		 222 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.486242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3850  DSBA oxidoreductase  35.68 
 
 		 253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.197074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0293  disulfide oxidoreductase  29.52 
 
 		 246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0515  DSBA oxidoreductase  34.4 
 
 		 269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.498642 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0710  DSBA oxidoreductase  29.33 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0229  DSBA oxidoreductase  36.02 
 
 		 265 aa  106  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.12077  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3170  DSBA oxidoreductase  34.08 
 
 		 535 aa  104  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0578033  normal  0.438922 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3906  DSBA oxidoreductase  39.2 
 
 		 273 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7384  DSBA oxidoreductase  40.85 
 
 		 230 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3950  DsbA oxidoreductase  29.74 
 
 		 349 aa  99.4  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4060  DSBA oxidoreductase  29.74 
 
 		 348 aa  99.4  5e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0444  DSBA oxidoreductase  33.33 
 
 		 335 aa  97.8  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0770663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3004  DSBA oxidoreductase  24.78 
 
 		 263 aa  96.7  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.159469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2607  DSBA oxidoreductase  28.27 
 
 		 249 aa  97.1  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.209171 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4093  DSBA oxidoreductase  29.23 
 
 		 349 aa  97.1  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.158731  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1179  copper sensitivity supression protein  32.34 
 
 		 207 aa  95.1  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1074  suppressor for copper-sensitivity C  31.74 
 
 		 207 aa  93.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1190  suppressor for copper-sensitivity C  32.34 
 
 		 207 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1225  copper sensitivity supression protein  32.34 
 
 		 207 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.724279 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1210  copper sensitivity supression protein  32.34 
 
 		 207 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.822664  normal  0.622691 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0019  DSBA oxidoreductase  30 
 
 		 276 aa  92.4  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00000575449  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1504  DSBA oxidoreductase  32.7 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.146939  normal  0.747814 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4310  DSBA oxidoreductase  30.33 
 
 		 262 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387734  hitchhiker  0.000746831 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0163  DSBA-like thioredoxin domain-containing protein  31.98 
 
 		 270 aa  90.5  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1379  thiol:disulfide interchange protein DsbA  28.34 
 
 		 242 aa  91.3  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1312  DsbA-like disulfide oxidoreductase  28.99 
 
 		 252 aa  90.1  3e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0500823  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0655  DSBA oxidoreductase  35.42 
 
 		 219 aa  90.1  3e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.623991 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3286  DSBA oxidoreductase  38.36 
 
 		 228 aa  89.4  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0691509  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0475  DSBA oxidoreductase  33.54 
 
 		 354 aa  88.6  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.847583  normal  0.628635 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6639  DSBA oxidoreductase  38.46 
 
 		 235 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.100221 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3717  DSBA oxidoreductase  29.69 
 
 		 268 aa  87.4  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00521015 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0901  disulfide oxidoreductase  27.31 
 
 		 257 aa  87  3e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00296205  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0031  hypothetical protein  28.94 
 
 		 281 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.115246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3549  DsbA oxidoreductase  29.67 
 
 		 272 aa  86.3  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.421671  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>