214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1535 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1535  hypothetical protein  100 
 
 
264 aa  536  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.480424  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2681  hypothetical protein  68.06 
 
 
262 aa  349  3e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000484489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1803  hypothetical protein  57.76 
 
 
260 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000076837  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3004  protein-disulfide isomerase-like protein  52.16 
 
 
262 aa  265  4e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0227664  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0985  thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.34 
 
 
262 aa  233  3e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2157  thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.4 
 
 
265 aa  219  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2069  protein disulfide isomerase  38.96 
 
 
269 aa  181  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  8.191559999999999e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2250  hypothetical protein  37.73 
 
 
284 aa  180  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000197952  decreased coverage  1.85525e-19 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6169  thiol-disulfide isomerase  33.33 
 
 
238 aa  96.7  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00370649  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6799  protein-disulfide isomerase  32.72 
 
 
276 aa  95.9  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.475783  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4180  protein-disulfide isomerase  32.04 
 
 
249 aa  95.5  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0898923  hitchhiker  0.00161761 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0982  Protein-disulfide isomerase-like protein  28.94 
 
 
294 aa  95.5  9e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00356461  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2331  thiol:disulfide interchange protein DsbC  30.58 
 
 
236 aa  94.4  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.442113 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0346  disulfide isomerase  30.59 
 
 
281 aa  90.1  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142829  normal  0.435746 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2253  thiol-disulfide interchange protein DsbC  30.48 
 
 
245 aa  87  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000301453  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1124  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  27.45 
 
 
237 aa  85.9  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.574462 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0884  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  28.04 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.776267  normal  0.695906 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0140  putative thiol:disulfide interchange protein  28.87 
 
 
237 aa  84.7  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.303259  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2706  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  28.23 
 
 
241 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2892  thiol:disulfide interchange protein  26.21 
 
 
248 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0453  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  28.35 
 
 
241 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2143  putative thiol:disulphide interchange protein  29.74 
 
 
241 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0944083  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3504  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  28.21 
 
 
241 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.478883  normal  0.0108218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3190  putative thiol:disulfide interchange protein  25.21 
 
 
252 aa  82  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00541638  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3784  protein-disulfide isomerase  30.84 
 
 
253 aa  81.3  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00018308  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0153  putative thiol:disulfide interchange protein  29.06 
 
 
238 aa  81.6  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.313521 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3613  protein-disulfide isomerase-like  27.18 
 
 
242 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3621  thiol:disulfide interchange protein DsbC  24.38 
 
 
236 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0498  protein-disulfide isomerase-like protein  27.18 
 
 
242 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2579  protein-disulfide isomerase-like  27.18 
 
 
242 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0526  protein-disulfide isomerase-like protein  27.18 
 
 
242 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2768  thiol:disulfide interchange protein  24.88 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.342173 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3134  putative thiol:disulfide interchange protein  24.88 
 
 
248 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.649028 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2868  protein-disulfide isomerase-like protein  25.51 
 
 
242 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0799094  normal  0.459288 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1066  thiol:disulfide interchange protein  26.61 
 
 
261 aa  79  0.00000000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000006488  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6235  putative thiol:disulfide interchange protein  30 
 
 
256 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2445  putative thiol:disulphide interchange protein  26.21 
 
 
239 aa  78.2  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.547611  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2931  Thioredoxin, conserved site  25.62 
 
 
236 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.353115  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0455  protein-disulfide isomerase-like protein  28.44 
 
 
242 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0600413 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0525  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  25.24 
 
 
245 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3584  thiol:disulfide interchange protein DsbC  25.24 
 
 
245 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.826532  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0431  protein-disulfide isomerase-like protein  26.21 
 
 
242 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0652  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  25.24 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0463  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  26.79 
 
 
246 aa  77.4  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0592  putative thiol:disulfide interchange protein  28.44 
 
 
246 aa  77.8  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0154668  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0948  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  25.24 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3564  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  25.24 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3591  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  25.24 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.404848  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1918  putative thiol:disulfide interchange protein DsbC  25.24 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1531  thiol:disulfide interchange protein DsbC  26.47 
 
 
272 aa  77  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.805672  normal  0.200888 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2037  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  23.79 
 
 
255 aa  75.1  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.672217  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2917  thiol:disulfide interchange protein DsbC, putative  25.49 
 
 
242 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3891  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.67 
 
 
238 aa  73.6  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.305682  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2126  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.51 
 
 
241 aa  73.9  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.38357  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1479  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.83 
 
 
246 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24181  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3035  thiol:disulfide interchange protein  24.54 
 
 
249 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3313  thiol:disulfide interchange protein DsbC  28.92 
 
 
236 aa  72.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0870  protein-disulfide isomerase  35.77 
 
 
164 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1575  thiol:disulfide interchange protein DsbC  26.76 
 
 
247 aa  71.6  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3367  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  24.88 
 
 
245 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4644  thiol:disulfide interchange protein DsbC  26.44 
 
 
240 aa  71.6  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0921  thiol:disulfide interchange protein DsbC  26.34 
 
 
238 aa  70.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1289  glutaredoxin  27.75 
 
 
246 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000448477  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3848  thiol:disulfide interchange protein DsbC  26.34 
 
 
238 aa  70.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.31275 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0880  thiol:disulfide interchange protein DsbC  26.34 
 
 
238 aa  70.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.331864  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0799  Thioredoxin, conserved site  27.8 
 
 
236 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.152013  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4184  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.8 
 
 
236 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3663  putative protein disulfide-isomerase  25.62 
 
 
242 aa  70.1  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.463587  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0816  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.8 
 
 
236 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.774755  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0896  thiol:disulfide interchange protein DsbC  26.89 
 
 
242 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16050  thiol:disulfide interchange protein DsbC  24.88 
 
 
242 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0260  protein-disulfide isomerase  30.69 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3026  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.8 
 
 
236 aa  69.7  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3311  thiol:disulfide interchange protein DsbC  28.24 
 
 
237 aa  70.1  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.679493  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1382  thiol:disulfide interchange protein DsbC  26.67 
 
 
242 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000549688  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02725  protein disulfide isomerase II  27.8 
 
 
236 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2771  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  25.89 
 
 
254 aa  69.7  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.756706  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3052  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.8 
 
 
236 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02688  hypothetical protein  27.8 
 
 
236 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.116965  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3219  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.8 
 
 
236 aa  69.3  0.00000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0267  putative thiol:disulfide interchange protein  25.35 
 
 
235 aa  68.6  0.00000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231487 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0652  thiol:disulfide interchange protein DsbC  25.49 
 
 
242 aa  68.6  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.317088  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0323  protein-disulfide isomerase  28.71 
 
 
250 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3277  thiol:disulfide interchange protein DsbC  28.65 
 
 
237 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0933  hypothetical protein  24.89 
 
 
254 aa  67.4  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.430203  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02667  disulfide isomerase  30.1 
 
 
265 aa  67.4  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2967  protein-disulfide isomerase  35.29 
 
 
159 aa  67.8  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3505  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.27 
 
 
237 aa  67  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.616038  normal  0.344747 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3011  thiol:disulfide interchange protein DsbC  28.36 
 
 
245 aa  67  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243743  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4150  thiol:disulfide interchange protein DsbC  26.83 
 
 
253 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.887252  normal  0.466954 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3199  thiol:disulfide interchange protein DsbC  28.11 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.414652  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3299  thiol:disulfide interchange protein DsbC  26.96 
 
 
239 aa  66.6  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3379  thiol:disulfide interchange protein DsbC  28.11 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3211  thiol:disulfide interchange protein DsbC  28.11 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.473418 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2103  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  22.01 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.84966 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3274  thiol:disulfide interchange protein DsbC  28.11 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0081  hypothetical protein  26.13 
 
 
235 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0094  hypothetical protein  26.13 
 
 
235 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.892093  normal  0.129187 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1208  thiol:disulfide interchange protein DsbC  28.64 
 
 
264 aa  66.2  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00110909  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1469  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.31 
 
 
260 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.838992  normal  0.213386 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>