58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05520 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05520  hypothetical protein  100 
 
 		 237 aa  487  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57644  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02969  putative RHS-related protein  88.83 
 
 		 1710 aa  338  5e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00316448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  44.37 
 
 		 1599 aa  118  9e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6111  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  49.55 
 
 		 1558 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.25246 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  44.27 
 
 		 1681 aa  110  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2106  hypothetical protein  44.12 
 
 		 335 aa  60.1  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  36.96 
 
 		 1379 aa  59.3  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  27 
 
 		 678 aa  53.9  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  37.07 
 
 		 1008 aa  52  0.000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  37.07 
 
 		 1008 aa  52  0.000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  29.3 
 
 		 1150 aa  51.2  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0131  Rhs1 protein  30.5 
 
 		 1150 aa  51.2  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.462528  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0145  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.3 
 
 		 1150 aa  51.2  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  29.3 
 
 		 1150 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  37.07 
 
 		 1345 aa  51.2  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  37.07 
 
 		 1345 aa  51.2  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  32.08 
 
 		 1568 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2045  YD repeat-containing protein  28.24 
 
 		 740 aa  50.8  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.8866  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  28.89 
 
 		 1386 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  29.27 
 
 		 869 aa  48.5  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  30.19 
 
 		 924 aa  48.5  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  25.95 
 
 		 1348 aa  47.8  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0355  YD repeat-containing protein  31.75 
 
 		 414 aa  47.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  31.75 
 
 		 1547 aa  47.4  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03365  ISXo8 transposase  35.34 
 
 		 800 aa  47.4  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.0000000000642121  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  33.97 
 
 		 1600 aa  47.4  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  34.07 
 
 		 903 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  31.54 
 
 		 741 aa  47.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  26.87 
 
 		 561 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  30.22 
 
 		 1410 aa  47  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  34.07 
 
 		 889 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  28.15 
 
 		 1411 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  35 
 
 		 1160 aa  46.2  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  30.3 
 
 		 913 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  30.63 
 
 		 1531 aa  45.4  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  34 
 
 		 3193 aa  44.7  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  28.81 
 
 		 1271 aa  44.7  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  28.17 
 
 		 2246 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2050  YD repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1935 aa  43.9  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  29.23 
 
 		 2225 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  29.6 
 
 		 1527 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  29.51 
 
 		 598 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  30.33 
 
 		 1467 aa  43.5  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1275  wall-associated protein, putative  24.22 
 
 		 2221 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  34.26 
 
 		 1147 aa  43.5  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  32.58 
 
 		 1419 aa  43.1  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  30.82 
 
 		 927 aa  43.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  31.97 
 
 		 690 aa  43.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2046  YD repeat-containing protein  29.91 
 
 		 909 aa  43.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3445  wall-associated protein  27.46 
 
 		 2178 aa  43.1  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837931  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0734  hypothetical protein  46.94 
 
 		 86 aa  42.7  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  30.91 
 
 		 1352 aa  42.7  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1253  wall-associated protein  24.83 
 
 		 765 aa  42.4  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2292  hypothetical protein  29.1 
 
 		 347 aa  42  0.008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  29.37 
 
 		 1550 aa  42  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  26.77 
 
 		 2658 aa  42  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1178  putative wall-associated protein  27.46 
 
 		 2224 aa  42  0.009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.811104 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2048  YD repeat-containing protein  27.73 
 
 		 972 aa  41.6  0.01  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>