103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3426 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  100 
 
 		 178 aa  356  9e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4087  PRC-barrel domain protein  64.64 
 
 		 179 aa  237  8e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  73.4 
 
 		 187 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  55.31 
 
 		 174 aa  187  9e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  48.45 
 
 		 187 aa  168  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  52.57 
 
 		 169 aa  164  6.9999999999999995e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4129  PRC-barrel  39.76 
 
 		 140 aa  117  9e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2897  hypothetical protein  39.43 
 
 		 140 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.020112 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6218  hypothetical protein  51.65 
 
 		 178 aa  104  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5636  PRC-barrel domain protein  47.89 
 
 		 161 aa  102  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.640165  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  34.43 
 
 		 172 aa  85.9  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3192  PRC-barrel domain-containing protein  33.17 
 
 		 212 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2972  PRC-barrel domain protein  32.34 
 
 		 214 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.42341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  39.36 
 
 		 400 aa  72.8  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  32.38 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1267  PRC-barrel domain protein  48.33 
 
 		 211 aa  72  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3080  PRC-barrel domain protein  51.67 
 
 		 214 aa  71.6  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2854  PRC-barrel domain-containing protein  50 
 
 		 214 aa  71.2  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.813068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  50 
 
 		 220 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  37.04 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3337  PRC-barrel domain-containing protein  31.25 
 
 		 140 aa  63.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1662  hypothetical protein  37.5 
 
 		 280 aa  60.8  0.000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1610  hypothetical protein  37.5 
 
 		 280 aa  60.8  0.000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  54.9 
 
 		 167 aa  60.8  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2065  PRC protein  37.29 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0915  hypothetical protein  34.75 
 
 		 177 aa  59.7  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3831  PRC-barrel domain protein  27.96 
 
 		 169 aa  58.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  40.68 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.484465 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0542  PRC-barrel domain protein  40.68 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1252  PRC-barrel domain-containing protein  45.45 
 
 		 284 aa  57.8  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.864709  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2674  hypothetical protein  34.62 
 
 		 115 aa  57.8  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.733885  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1331  PRC-barrel domain-containing protein  38.81 
 
 		 189 aa  57.4  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.576024 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5914  PRC-barrel  29.13 
 
 		 140 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73719  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1389  PRC-barrel domain protein  42.11 
 
 		 148 aa  57.4  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  44.44 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  31.58 
 
 		 234 aa  54.7  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2130  PRC-barrel domain-containing protein  35.38 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6545  PRC-barrel domain-containing protein  40 
 
 		 170 aa  54.3  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.679838  normal  0.261111 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1049  PRC-barrel domain protein  31.48 
 
 		 146 aa  54.3  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.340266 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  49.06 
 
 		 140 aa  53.9  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  41.38 
 
 		 169 aa  53.9  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1144  PRC-barrel  32.67 
 
 		 157 aa  53.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.016878 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0263  PRC-barrel domain-containing protein  29.17 
 
 		 132 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  30.77 
 
 		 137 aa  53.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1277  PRC-barrel domain protein  44.64 
 
 		 260 aa  53.1  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.244172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2697  PRC-barrel  25.22 
 
 		 300 aa  52.4  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.289885  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  33.33 
 
 		 134 aa  52.8  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1212  PRC-barrel domain-containing protein  36.21 
 
 		 213 aa  52.4  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0483086  normal  0.163057 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5718  PRC-barrel domain-containing protein  38.98 
 
 		 231 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.099038  hitchhiker  0.00405289 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3212  PRC-barrel  39.66 
 
 		 193 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.658486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  40.74 
 
 		 171 aa  51.6  0.000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7367  PRC-barrel domain protein  38.18 
 
 		 293 aa  51.2  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00459502  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3321  PRC-barrel domain protein  43.64 
 
 		 210 aa  50.8  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74571  normal  0.282972 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1301  PRC-barrel domain protein  37.7 
 
 		 163 aa  50.8  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  33.33 
 
 		 134 aa  49.7  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3124  PRC-barrel domain-containing protein  43.64 
 
 		 229 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.477663 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3526  PRC-barrel domain-containing protein  34.55 
 
 		 255 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  43.64 
 
 		 270 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5435  PRC-barrel domain-containing protein  27.49 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1002  PRC-barrel domain-containing protein  42 
 
 		 164 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  0.898578 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1128  PRC-barrel domain-containing protein  40.26 
 
 		 389 aa  48.9  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3869  hypothetical protein  30.51 
 
 		 157 aa  48.5  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4885  PRC-barrel domain-containing protein  34.02 
 
 		 142 aa  48.5  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.330906  normal  0.110726 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  38.98 
 
 		 129 aa  48.5  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  26.56 
 
 		 135 aa  48.1  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5253  PRC-barrel  32.99 
 
 		 142 aa  48.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5606  PRC-barrel domain-containing protein  32.99 
 
 		 142 aa  48.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.958862  normal  0.410913 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5649  PRC-barrel domain-containing protein  26.67 
 
 		 134 aa  48.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4622  PRC-barrel domain-containing protein  32.99 
 
 		 142 aa  48.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670971 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3233  PRC-barrel domain-containing protein  32.97 
 
 		 142 aa  47.8  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.437762 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0930  hypothetical protein  37.5 
 
 		 141 aa  47  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.326505  normal  0.347558 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6618  PRC-barrel domain-containing protein  38.18 
 
 		 179 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235295  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  25.6 
 
 		 130 aa  46.6  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  38.89 
 
 		 118 aa  47  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4133  PRC-barrel domain protein  38.1 
 
 		 143 aa  46.6  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0088  hypothetical protein  32.99 
 
 		 142 aa  46.2  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0559  hypothetical protein  38.1 
 
 		 143 aa  45.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3743  PRC-barrel domain protein  49.02 
 
 		 165 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  29 
 
 		 271 aa  45.1  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  27.52 
 
 		 144 aa  45.1  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4656  PRC-barrel domain protein  35.71 
 
 		 141 aa  45.1  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.965669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1003  PRC-barrel domain-containing protein  25.71 
 
 		 147 aa  44.7  0.0007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  35.59 
 
 		 526 aa  44.7  0.0007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3828  hypothetical protein  37.04 
 
 		 117 aa  43.5  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  33.9 
 
 		 112 aa  44.3  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  38.98 
 
 		 485 aa  43.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  40.74 
 
 		 155 aa  43.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  40.74 
 
 		 117 aa  42.7  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  40.74 
 
 		 156 aa  42.7  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  40.74 
 
 		 175 aa  42.4  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  30.36 
 
 		 129 aa  42.4  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  40.74 
 
 		 156 aa  42.4  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2222  PRC-barrel domain-containing protein  31.82 
 
 		 322 aa  42  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  35.94 
 
 		 122 aa  41.6  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3691  hypothetical protein  33.33 
 
 		 146 aa  41.6  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  33.9 
 
 		 117 aa  41.6  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  40.74 
 
 		 163 aa  41.2  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  40.74 
 
 		 163 aa  41.2  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  40.74 
 
 		 163 aa  41.2  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  38.71 
 
 		 120 aa  41.2  0.008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>