170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0433 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  100 
 
 		 212 aa  414  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0542  PRC-barrel domain protein  71.43 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  70.48 
 
 		 201 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.484465 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0915  hypothetical protein  48.44 
 
 		 177 aa  125  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  43.31 
 
 		 172 aa  105  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  50.75 
 
 		 187 aa  85.1  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  35.87 
 
 		 400 aa  83.2  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2130  PRC-barrel domain-containing protein  41.67 
 
 		 196 aa  81.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  43.3 
 
 		 250 aa  81.3  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  43.01 
 
 		 169 aa  79  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  56.9 
 
 		 174 aa  79  0.00000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4087  PRC-barrel domain protein  38.46 
 
 		 179 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  34.95 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  37.23 
 
 		 167 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1389  PRC-barrel domain protein  34 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1331  PRC-barrel domain-containing protein  38.16 
 
 		 189 aa  72.4  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.576024 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1212  PRC-barrel domain-containing protein  37.78 
 
 		 213 aa  72.4  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0483086  normal  0.163057 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1252  PRC-barrel domain-containing protein  42.22 
 
 		 284 aa  71.6  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.864709  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  41.54 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2674  hypothetical protein  38.16 
 
 		 115 aa  71.2  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.733885  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2065  PRC protein  33.71 
 
 		 285 aa  70.9  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4129  PRC-barrel  34.62 
 
 		 140 aa  70.1  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  37.93 
 
 		 183 aa  67  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3212  PRC-barrel  32.29 
 
 		 193 aa  65.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.658486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3831  PRC-barrel domain protein  29.7 
 
 		 169 aa  65.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0263  PRC-barrel domain-containing protein  36.84 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1267  PRC-barrel domain protein  43.42 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1662  hypothetical protein  36.52 
 
 		 280 aa  65.1  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6545  PRC-barrel domain-containing protein  32.08 
 
 		 170 aa  65.1  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.679838  normal  0.261111 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1610  hypothetical protein  36.52 
 
 		 280 aa  65.1  0.0000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3337  PRC-barrel domain-containing protein  39.53 
 
 		 140 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  32.19 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1144  PRC-barrel  34.07 
 
 		 157 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.016878 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  35.63 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  36.17 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3526  PRC-barrel domain-containing protein  34.52 
 
 		 255 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  33.33 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2697  PRC-barrel  32.95 
 
 		 300 aa  61.6  0.000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.289885  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5649  PRC-barrel domain-containing protein  33.68 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  37.5 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  34.17 
 
 		 175 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  38.75 
 
 		 130 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  36.96 
 
 		 156 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  36.96 
 
 		 156 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2972  PRC-barrel domain protein  42.86 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.42341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1003  PRC-barrel domain-containing protein  35.29 
 
 		 147 aa  60.5  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3080  PRC-barrel domain protein  41.43 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2854  PRC-barrel domain-containing protein  50 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.813068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1049  PRC-barrel domain protein  35.16 
 
 		 146 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.340266 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  35.23 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  35.05 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3192  PRC-barrel domain-containing protein  39.53 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4622  PRC-barrel domain-containing protein  38.27 
 
 		 142 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670971 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5253  PRC-barrel  38.27 
 
 		 142 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5606  PRC-barrel domain-containing protein  38.27 
 
 		 142 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.958862  normal  0.410913 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  34.02 
 
 		 158 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  40.24 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  34.17 
 
 		 175 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4656  PRC-barrel domain protein  36.14 
 
 		 141 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.965669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  33.72 
 
 		 169 aa  58.5  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  31.73 
 
 		 160 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  35.63 
 
 		 158 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5435  PRC-barrel domain-containing protein  37.04 
 
 		 142 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  32.32 
 
 		 163 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  33.33 
 
 		 160 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  35.05 
 
 		 130 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  32.32 
 
 		 163 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  32.32 
 
 		 163 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  34.09 
 
 		 129 aa  57.4  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2897  hypothetical protein  31.68 
 
 		 140 aa  57.4  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.020112 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  35.8 
 
 		 140 aa  57  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7367  PRC-barrel domain protein  31.33 
 
 		 293 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00459502  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4885  PRC-barrel domain-containing protein  37.04 
 
 		 142 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.330906  normal  0.110726 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3233  PRC-barrel domain-containing protein  37.04 
 
 		 142 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.437762 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  37.93 
 
 		 163 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0088  hypothetical protein  37.04 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  36.78 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  31.03 
 
 		 161 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  32.5 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0930  hypothetical protein  35.8 
 
 		 141 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.326505  normal  0.347558 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  35.63 
 
 		 169 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  33.91 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  30.77 
 
 		 160 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6618  PRC-barrel domain-containing protein  32.53 
 
 		 179 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235295  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  30.77 
 
 		 160 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  30.77 
 
 		 160 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3869  hypothetical protein  30.23 
 
 		 157 aa  55.5  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  38.37 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5914  PRC-barrel  35.71 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73719  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  38.1 
 
 		 137 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3321  PRC-barrel domain protein  27.83 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74571  normal  0.282972 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3828  hypothetical protein  35.23 
 
 		 117 aa  54.3  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6610  PRC-barrel domain protein  37.5 
 
 		 98 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.106197 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  39.34 
 
 		 485 aa  53.5  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  35.63 
 
 		 157 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  37.18 
 
 		 119 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  29.03 
 
 		 122 aa  53.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1277  PRC-barrel domain protein  27.59 
 
 		 260 aa  53.9  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.244172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  31.9 
 
 		 158 aa  53.1  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  34.48 
 
 		 155 aa  52.8  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.632038 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>