161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2167 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  100 
 
 		 187 aa  370  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  56.68 
 
 		 174 aa  199  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4087  PRC-barrel domain protein  52.41 
 
 		 179 aa  191  5e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  50.26 
 
 		 169 aa  169  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  49.4 
 
 		 187 aa  157  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  51.06 
 
 		 178 aa  153  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4129  PRC-barrel  35.8 
 
 		 140 aa  125  5e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6218  hypothetical protein  48.66 
 
 		 178 aa  114  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5636  PRC-barrel domain protein  45.76 
 
 		 161 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.640165  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2897  hypothetical protein  32.62 
 
 		 140 aa  99.8  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.020112 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  45.65 
 
 		 212 aa  90.5  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  44.86 
 
 		 172 aa  87.8  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1267  PRC-barrel domain protein  32.93 
 
 		 211 aa  80.9  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2972  PRC-barrel domain protein  45.33 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.42341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  39.62 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3080  PRC-barrel domain protein  50 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2854  PRC-barrel domain-containing protein  50 
 
 		 214 aa  78.2  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.813068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0915  hypothetical protein  48.72 
 
 		 177 aa  77.4  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3192  PRC-barrel domain-containing protein  43.24 
 
 		 212 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  45.16 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  37.11 
 
 		 400 aa  74.7  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0542  PRC-barrel domain protein  50.85 
 
 		 201 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  50.85 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.484465 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3337  PRC-barrel domain-containing protein  46.77 
 
 		 140 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5914  PRC-barrel  47.46 
 
 		 140 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73719  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1331  PRC-barrel domain-containing protein  45.45 
 
 		 189 aa  67  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.576024 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1212  PRC-barrel domain-containing protein  49.09 
 
 		 213 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0483086  normal  0.163057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  40.74 
 
 		 167 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2674  hypothetical protein  45.45 
 
 		 115 aa  64.7  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.733885  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3831  PRC-barrel domain protein  50 
 
 		 169 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2065  PRC protein  39.34 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0263  PRC-barrel domain-containing protein  31.39 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  37.93 
 
 		 169 aa  62  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  50.98 
 
 		 183 aa  61.6  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1389  PRC-barrel domain protein  40.28 
 
 		 148 aa  61.2  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1252  PRC-barrel domain-containing protein  46.97 
 
 		 284 aa  61.2  0.000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.864709  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2130  PRC-barrel domain-containing protein  43.33 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1662  hypothetical protein  34.21 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  35.06 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1610  hypothetical protein  34.21 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  40.62 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3869  hypothetical protein  41.38 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  47.06 
 
 		 171 aa  58.2  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  39.06 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5649  PRC-barrel domain-containing protein  28.47 
 
 		 134 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3212  PRC-barrel  33.33 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.658486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  31.96 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  41.38 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  33.33 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3321  PRC-barrel domain protein  41.38 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74571  normal  0.282972 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1002  PRC-barrel domain-containing protein  43.4 
 
 		 164 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  0.898578 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3124  PRC-barrel domain-containing protein  41.38 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.477663 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1301  PRC-barrel domain protein  29.49 
 
 		 163 aa  55.1  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  37.97 
 
 		 117 aa  55.1  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  40.68 
 
 		 112 aa  55.1  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1277  PRC-barrel domain protein  44.23 
 
 		 260 aa  53.9  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.244172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  42.37 
 
 		 129 aa  53.9  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  46.3 
 
 		 119 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2697  PRC-barrel  27.59 
 
 		 300 aa  53.1  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.289885  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  40.68 
 
 		 526 aa  53.1  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  44.83 
 
 		 118 aa  53.1  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3743  PRC-barrel domain protein  40.28 
 
 		 165 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  32.26 
 
 		 142 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  47.06 
 
 		 156 aa  52.8  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1144  PRC-barrel  40 
 
 		 157 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.016878 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  47.06 
 
 		 156 aa  52.8  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  44 
 
 		 140 aa  52.4  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6545  PRC-barrel domain-containing protein  30.86 
 
 		 170 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.679838  normal  0.261111 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  49.02 
 
 		 155 aa  52.4  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1128  PRC-barrel domain-containing protein  41.38 
 
 		 389 aa  52  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7367  PRC-barrel domain protein  41.67 
 
 		 293 aa  51.6  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00459502  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  37.29 
 
 		 234 aa  51.6  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  32.94 
 
 		 135 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5718  PRC-barrel domain-containing protein  36.84 
 
 		 231 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.099038  hitchhiker  0.00405289 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3526  PRC-barrel domain-containing protein  32.76 
 
 		 255 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0930  hypothetical protein  37.5 
 
 		 141 aa  51.2  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.326505  normal  0.347558 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5253  PRC-barrel  35.71 
 
 		 142 aa  51.2  0.000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4622  PRC-barrel domain-containing protein  35.71 
 
 		 142 aa  51.2  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670971 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5606  PRC-barrel domain-containing protein  35.71 
 
 		 142 aa  51.2  0.000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.958862  normal  0.410913 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  42.59 
 
 		 173 aa  50.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  40.28 
 
 		 120 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0088  hypothetical protein  35.71 
 
 		 142 aa  50.4  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  42.37 
 
 		 145 aa  50.4  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  42.37 
 
 		 145 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1014  PRC-barrel domain-containing protein  40.28 
 
 		 120 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3233  PRC-barrel domain-containing protein  31.68 
 
 		 142 aa  50.4  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.437762 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  31.76 
 
 		 131 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  42 
 
 		 144 aa  50.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  39.66 
 
 		 485 aa  49.7  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  37.29 
 
 		 127 aa  49.3  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5435  PRC-barrel domain-containing protein  35.71 
 
 		 142 aa  49.3  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6618  PRC-barrel domain-containing protein  38.24 
 
 		 179 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235295  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  32.94 
 
 		 131 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1003  PRC-barrel domain-containing protein  36.67 
 
 		 147 aa  49.3  0.00004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4133  PRC-barrel domain protein  36.23 
 
 		 143 aa  48.9  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0559  hypothetical protein  36.23 
 
 		 143 aa  48.5  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  33.9 
 
 		 133 aa  48.9  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4885  PRC-barrel domain-containing protein  35.71 
 
 		 142 aa  48.9  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.330906  normal  0.110726 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  37.04 
 
 		 163 aa  48.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4656  PRC-barrel domain protein  33.93 
 
 		 141 aa  48.1  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.965669  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>