169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1989 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  100 
 
 
112 aa  226  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  60.87 
 
 
118 aa  144  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  58.33 
 
 
122 aa  134  6.0000000000000005e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  56.36 
 
 
130 aa  120  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0805  PRC-barrel domain protein  50 
 
 
125 aa  119  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.123295 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5672  PRC-barrel domain protein  52.83 
 
 
129 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  55.56 
 
 
130 aa  117  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  51.89 
 
 
117 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  52.83 
 
 
117 aa  110  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  45.71 
 
 
129 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  52.83 
 
 
117 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  52.38 
 
 
133 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3323  PRC-barrel domain protein  49.52 
 
 
146 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3447  PRC-barrel domain protein  48.57 
 
 
146 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.439764  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  49.09 
 
 
135 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  49.54 
 
 
120 aa  107  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  46.67 
 
 
145 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3126  PRC-barrel domain-containing protein  47.62 
 
 
173 aa  106  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.201028 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4076  PRC-barrel  44.86 
 
 
121 aa  105  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  42.48 
 
 
132 aa  105  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  43.75 
 
 
122 aa  105  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  50.48 
 
 
131 aa  104  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  50.48 
 
 
131 aa  103  8e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  45.05 
 
 
120 aa  102  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1014  PRC-barrel domain-containing protein  45.05 
 
 
120 aa  102  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3900  hypothetical protein  53.27 
 
 
125 aa  102  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.333239  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2822  PRC-barrel domain-containing protein  48.86 
 
 
122 aa  102  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  43.1 
 
 
142 aa  102  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  42.59 
 
 
120 aa  101  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3794  PRC-barrel  41.12 
 
 
120 aa  100  8e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  44.76 
 
 
190 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3931  PRC-barrel  42.31 
 
 
147 aa  98.6  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  40.78 
 
 
147 aa  98.6  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  45.71 
 
 
145 aa  98.6  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  48 
 
 
119 aa  98.6  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  46.23 
 
 
129 aa  98.6  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  45.1 
 
 
190 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3524  PRC-barrel domain-containing protein  52.94 
 
 
120 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.990793  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3464  PRC-barrel domain protein  44.32 
 
 
122 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3814  PRC-barrel  54.21 
 
 
116 aa  94  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  43.93 
 
 
127 aa  92.8  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  39.6 
 
 
119 aa  91.3  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3980  PRC-barrel  49.54 
 
 
125 aa  89.4  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  40.19 
 
 
163 aa  88.6  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4254  PRC-barrel  51.89 
 
 
125 aa  88.6  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4945  hypothetical protein  35.51 
 
 
154 aa  88.2  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  38.68 
 
 
183 aa  87.4  7e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2428  hypothetical protein  44.83 
 
 
137 aa  86.3  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0521251 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1152  PRC-barrel protein  38.83 
 
 
111 aa  85.9  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.8038  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  36.94 
 
 
117 aa  85.1  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1248  PRC-barrel domain protein  40.91 
 
 
121 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.416848  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1105  PRC-barrel domain-containing protein  41.94 
 
 
121 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.25117  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  36.79 
 
 
171 aa  82.8  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  38.68 
 
 
161 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  37.74 
 
 
160 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  36.61 
 
 
120 aa  81.6  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  36.28 
 
 
156 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  36.28 
 
 
156 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  36.79 
 
 
175 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2175  PRC-barrel domain-containing protein  43.4 
 
 
137 aa  79.3  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  36.79 
 
 
160 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  35.85 
 
 
175 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  35.85 
 
 
160 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1138  PRC-barrel domain protein  44.34 
 
 
137 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000314637  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  35.85 
 
 
160 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  35.85 
 
 
160 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  35.85 
 
 
166 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  35.85 
 
 
163 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  35.24 
 
 
148 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  35.85 
 
 
163 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  35.85 
 
 
163 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  37.04 
 
 
485 aa  77.4  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  34.91 
 
 
158 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  37.14 
 
 
158 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3652  hypothetical protein  39.58 
 
 
110 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440188  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  36.19 
 
 
158 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  38.46 
 
 
173 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  34.29 
 
 
155 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  37.37 
 
 
140 aa  73.9  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  34.86 
 
 
271 aa  73.9  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  32.38 
 
 
156 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  33.02 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  32.65 
 
 
157 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  33.68 
 
 
122 aa  72  0.000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  31.13 
 
 
165 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  32.08 
 
 
163 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  31.13 
 
 
166 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0934  PRC-barrel domain-containing protein  31.73 
 
 
114 aa  68.6  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.889607 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  30.33 
 
 
163 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  30.33 
 
 
163 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3853  PRC-barrel  30.85 
 
 
119 aa  67.4  0.00000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2171  PRC-barrel  37.14 
 
 
121 aa  65.1  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22411  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2506  PRC-barrel  37.14 
 
 
121 aa  64.7  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.754347  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1790  PRC-barrel domain-containing protein  30.19 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.981304  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1638  hypothetical protein  28.57 
 
 
174 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900069  normal  0.195794 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  32.14 
 
 
526 aa  62.8  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  35.29 
 
 
144 aa  61.2  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1144  PRC-barrel  34.74 
 
 
157 aa  60.5  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.016878 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  38.1 
 
 
234 aa  59.7  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  37.04 
 
 
169 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>