94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1212 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1212  PRC-barrel domain-containing protein  100 
 
 
213 aa  413  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0483086  normal  0.163057 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1331  PRC-barrel domain-containing protein  62.44 
 
 
189 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.576024 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2674  hypothetical protein  81.74 
 
 
115 aa  201  6e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.733885  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2065  PRC protein  39.58 
 
 
285 aa  80.9  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  39.53 
 
 
400 aa  72  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1132  PRC-barrel containing protein  52.73 
 
 
294 aa  70.9  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  37.78 
 
 
212 aa  69.7  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_004310  BR1662  hypothetical protein  32.32 
 
 
280 aa  67.4  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0542  PRC-barrel domain protein  38.96 
 
 
201 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  38.96 
 
 
201 aa  67.4  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.484465 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1610  hypothetical protein  32.32 
 
 
280 aa  67.4  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  31.11 
 
 
250 aa  67  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2697  PRC-barrel  34.38 
 
 
300 aa  65.5  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.289885  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  49.09 
 
 
187 aa  65.5  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  34.09 
 
 
172 aa  64.7  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3337  PRC-barrel domain-containing protein  37.65 
 
 
140 aa  62  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  39.77 
 
 
134 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  37.93 
 
 
134 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6610  PRC-barrel domain protein  36.36 
 
 
98 aa  59.3  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.106197 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1252  PRC-barrel domain-containing protein  29.41 
 
 
284 aa  58.5  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.864709  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3869  hypothetical protein  34.09 
 
 
157 aa  58.2  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4087  PRC-barrel domain protein  42.11 
 
 
179 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  38.71 
 
 
220 aa  57  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5914  PRC-barrel  31.76 
 
 
140 aa  57  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73719  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1389  PRC-barrel domain protein  25.78 
 
 
148 aa  56.2  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1144  PRC-barrel  34.12 
 
 
157 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.016878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  31.03 
 
 
270 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3124  PRC-barrel domain-containing protein  31.03 
 
 
229 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.477663 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3526  PRC-barrel domain-containing protein  29.41 
 
 
255 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2784  hypothetical protein  36.05 
 
 
98 aa  55.5  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  30.53 
 
 
167 aa  55.5  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0915  hypothetical protein  32.97 
 
 
177 aa  54.7  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3321  PRC-barrel domain protein  29.41 
 
 
210 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74571  normal  0.282972 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  41.38 
 
 
169 aa  53.5  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3212  PRC-barrel  28.74 
 
 
193 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.658486  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  33.7 
 
 
137 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2897  hypothetical protein  26.26 
 
 
140 aa  53.1  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.020112 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6545  PRC-barrel domain-containing protein  28.42 
 
 
170 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.679838  normal  0.261111 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4129  PRC-barrel  26.53 
 
 
140 aa  52.8  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  43.14 
 
 
174 aa  52.8  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4622  PRC-barrel domain-containing protein  35 
 
 
142 aa  51.6  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000670971 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5606  PRC-barrel domain-containing protein  35 
 
 
142 aa  51.6  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.958862  normal  0.410913 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5253  PRC-barrel  35 
 
 
142 aa  51.6  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1267  PRC-barrel domain protein  37.93 
 
 
211 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  35 
 
 
178 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  32.05 
 
 
135 aa  51.2  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0088  hypothetical protein  33.75 
 
 
142 aa  50.4  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6618  PRC-barrel domain-containing protein  33.77 
 
 
179 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235295  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5435  PRC-barrel domain-containing protein  33.75 
 
 
142 aa  50.1  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  26.8 
 
 
169 aa  50.4  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7367  PRC-barrel domain protein  31.25 
 
 
293 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00459502  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  30.95 
 
 
144 aa  50.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3233  PRC-barrel domain-containing protein  33.75 
 
 
142 aa  50.4  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.437762 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1003  PRC-barrel domain-containing protein  31.58 
 
 
147 aa  50.4  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1036  hypothetical protein  29.92 
 
 
174 aa  50.4  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.568332  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  29.41 
 
 
130 aa  49.7  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2130  PRC-barrel domain-containing protein  32.5 
 
 
196 aa  49.7  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0050  PRC-barrel domain-containing protein  33.7 
 
 
263 aa  49.3  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.808352  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4885  PRC-barrel domain-containing protein  33.75 
 
 
142 aa  48.9  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.330906  normal  0.110726 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  27.27 
 
 
130 aa  48.5  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3192  PRC-barrel domain-containing protein  36.21 
 
 
212 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  32.73 
 
 
187 aa  48.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0559  hypothetical protein  33.77 
 
 
143 aa  47.8  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  27.59 
 
 
130 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3831  PRC-barrel domain protein  34.57 
 
 
169 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0930  hypothetical protein  40 
 
 
141 aa  46.6  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.326505  normal  0.347558 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  29.89 
 
 
118 aa  46.2  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  33.75 
 
 
155 aa  45.8  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2972  PRC-barrel domain protein  36.21 
 
 
214 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.42341  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  29.67 
 
 
183 aa  45.1  0.0008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1301  PRC-barrel domain protein  28.4 
 
 
163 aa  45.1  0.0008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4656  PRC-barrel domain protein  27.27 
 
 
141 aa  45.1  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.965669  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  24.72 
 
 
112 aa  45.1  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1277  PRC-barrel domain protein  26.19 
 
 
260 aa  45.1  0.0009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.244172  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5649  PRC-barrel domain-containing protein  32.05 
 
 
134 aa  44.7  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  28.74 
 
 
158 aa  44.3  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  35.44 
 
 
122 aa  44.7  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3080  PRC-barrel domain protein  35.82 
 
 
214 aa  44.7  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4133  PRC-barrel domain protein  31.17 
 
 
143 aa  44.7  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  28.89 
 
 
156 aa  43.5  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2061  hypothetical protein  29.86 
 
 
204 aa  43.9  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.324939  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2854  PRC-barrel domain-containing protein  44.9 
 
 
214 aa  44.3  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.813068  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1049  PRC-barrel domain protein  26.32 
 
 
146 aa  43.1  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.340266 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  28.89 
 
 
156 aa  43.5  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0263  PRC-barrel domain-containing protein  30.12 
 
 
132 aa  42.7  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4491  hypothetical protein  31.18 
 
 
266 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0805  PRC-barrel domain protein  29.67 
 
 
125 aa  42.7  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.123295 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  27.47 
 
 
171 aa  42.7  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3918  hypothetical protein  31.34 
 
 
157 aa  42.4  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.693655 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4129  PRC-barrel domain protein  35.71 
 
 
233 aa  42  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0790965  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3180  hypothetical protein  28.41 
 
 
304 aa  42  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  32.31 
 
 
485 aa  42  0.007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1911  hypothetical protein  30 
 
 
109 aa  41.6  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.188746 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  27.78 
 
 
175 aa  41.6  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.649409 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>