153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2302 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  100 
 
 		 117 aa  242  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  54.72 
 
 		 169 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  57.55 
 
 		 156 aa  137  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  55.66 
 
 		 175 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  57.55 
 
 		 156 aa  137  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  55.66 
 
 		 175 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  56.6 
 
 		 163 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  56.6 
 
 		 163 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  56.6 
 
 		 163 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  56.6 
 
 		 160 aa  134  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  56.6 
 
 		 160 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  55.66 
 
 		 160 aa  131  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  55.66 
 
 		 160 aa  131  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  55.66 
 
 		 160 aa  131  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  57.01 
 
 		 120 aa  130  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  53.77 
 
 		 161 aa  130  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  53.77 
 
 		 158 aa  130  7.999999999999999e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  50.42 
 
 		 163 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  50.94 
 
 		 166 aa  128  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  56.19 
 
 		 485 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  51.89 
 
 		 183 aa  125  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  50 
 
 		 165 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  50 
 
 		 166 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  49.57 
 
 		 271 aa  122  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  52.38 
 
 		 158 aa  122  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4945  hypothetical protein  49.53 
 
 		 154 aa  121  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  48.11 
 
 		 171 aa  120  8e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  50.48 
 
 		 158 aa  120  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  49.06 
 
 		 163 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  49.06 
 
 		 163 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  48.11 
 
 		 163 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  49.52 
 
 		 157 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  48.57 
 
 		 148 aa  117  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  50 
 
 		 155 aa  114  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  52.63 
 
 		 122 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  40.44 
 
 		 156 aa  114  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  52 
 
 		 140 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1790  PRC-barrel domain-containing protein  47.17 
 
 		 139 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.981304  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1638  hypothetical protein  43.81 
 
 		 174 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.900069  normal  0.195794 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  44.23 
 
 		 173 aa  105  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3828  hypothetical protein  40.82 
 
 		 117 aa  89.7  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  36.94 
 
 		 112 aa  85.1  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0389  PRC-barrel domain-containing protein  44.09 
 
 		 399 aa  82.8  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5289  PRC-barrel  36.19 
 
 		 142 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.928377  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5569  PRC-barrel domain-containing protein  36.19 
 
 		 142 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  31.53 
 
 		 142 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  42.86 
 
 		 526 aa  81.3  0.000000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  38.46 
 
 		 129 aa  80.5  0.000000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2103  PRC-barrel domain-containing protein  38.95 
 
 		 158 aa  78.6  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  30.84 
 
 		 135 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  39.09 
 
 		 234 aa  77.8  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  33.64 
 
 		 118 aa  77.8  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  28.97 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0805  PRC-barrel domain protein  32.38 
 
 		 125 aa  77  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.123295 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  28.97 
 
 		 131 aa  76.6  0.00000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5672  PRC-barrel domain protein  31.78 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  37.37 
 
 		 119 aa  72.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  35.51 
 
 		 120 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1014  PRC-barrel domain-containing protein  35.51 
 
 		 120 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  30.84 
 
 		 122 aa  71.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  31.82 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  30.7 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2333  hypothetical protein  36.56 
 
 		 123 aa  69.7  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.16959  normal  0.0255916 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  36.45 
 
 		 145 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  34.69 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  31.63 
 
 		 117 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  32.65 
 
 		 130 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  28.97 
 
 		 120 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  29.59 
 
 		 117 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2822  PRC-barrel domain-containing protein  30.93 
 
 		 122 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  44.44 
 
 		 127 aa  65.1  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  31.63 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  33.33 
 
 		 117 aa  64.3  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3464  PRC-barrel domain protein  30.93 
 
 		 122 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  36.59 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2175  PRC-barrel domain-containing protein  35.24 
 
 		 137 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3794  PRC-barrel  38.36 
 
 		 120 aa  60.5  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  35.8 
 
 		 120 aa  60.1  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  26.67 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4076  PRC-barrel  32.58 
 
 		 121 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1138  PRC-barrel domain protein  35.24 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000314637  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3323  PRC-barrel domain protein  34.15 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  36.99 
 
 		 119 aa  58.2  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1128  PRC-barrel domain-containing protein  31.13 
 
 		 389 aa  57.8  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  36.99 
 
 		 147 aa  57.4  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0934  PRC-barrel domain-containing protein  26.73 
 
 		 114 aa  57.4  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.889607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  27.08 
 
 		 190 aa  57  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3126  PRC-barrel domain-containing protein  32.93 
 
 		 173 aa  57  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.201028 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3447  PRC-barrel domain protein  32.93 
 
 		 146 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.439764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  39.13 
 
 		 172 aa  56.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3524  PRC-barrel domain-containing protein  36.9 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.990793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  27.08 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1248  PRC-barrel domain protein  30.68 
 
 		 121 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.416848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  32.95 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3124  PRC-barrel domain-containing protein  41.18 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.477663 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  41.18 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  37.97 
 
 		 187 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1105  PRC-barrel domain-containing protein  30.68 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.25117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3321  PRC-barrel domain protein  39.71 
 
 		 210 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74571  normal  0.282972 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1301  PRC-barrel domain protein  37.18 
 
 		 163 aa  54.3  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>