146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2888 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  100 
 
 
174 aa  352  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  71.59 
 
 
169 aa  223  8e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4087  PRC-barrel domain protein  51.69 
 
 
179 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  52.38 
 
 
187 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  55.19 
 
 
178 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  52.41 
 
 
187 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6218  hypothetical protein  54.81 
 
 
178 aa  122  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2897  hypothetical protein  36.69 
 
 
140 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.020112 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4129  PRC-barrel  34.97 
 
 
140 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5636  PRC-barrel domain protein  44.38 
 
 
161 aa  98.2  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.640165  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  44.76 
 
 
172 aa  81.3  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3192  PRC-barrel domain-containing protein  30.14 
 
 
212 aa  77.4  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2972  PRC-barrel domain protein  31.96 
 
 
214 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.42341  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  56.9 
 
 
212 aa  77  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  43.16 
 
 
250 aa  73.6  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3080  PRC-barrel domain protein  44.09 
 
 
214 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2854  PRC-barrel domain-containing protein  45.57 
 
 
214 aa  71.2  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.813068  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1267  PRC-barrel domain protein  47.54 
 
 
211 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5914  PRC-barrel  33.33 
 
 
140 aa  68.2  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73719  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  57.69 
 
 
201 aa  67.4  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.484465 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  48.33 
 
 
220 aa  67.4  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0542  PRC-barrel domain protein  57.69 
 
 
201 aa  67.4  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  39.36 
 
 
400 aa  66.6  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3831  PRC-barrel domain protein  33.86 
 
 
169 aa  65.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  49.18 
 
 
167 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3337  PRC-barrel domain-containing protein  45.61 
 
 
140 aa  65.1  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2065  PRC protein  34.09 
 
 
285 aa  62.4  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  36.08 
 
 
234 aa  60.1  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0915  hypothetical protein  40.51 
 
 
177 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1662  hypothetical protein  33.63 
 
 
280 aa  58.9  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1610  hypothetical protein  33.63 
 
 
280 aa  59.3  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0263  PRC-barrel domain-containing protein  33.87 
 
 
132 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2130  PRC-barrel domain-containing protein  46.27 
 
 
196 aa  58.9  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5649  PRC-barrel domain-containing protein  31.45 
 
 
134 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  29.37 
 
 
130 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1144  PRC-barrel  47.27 
 
 
157 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.016878 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1252  PRC-barrel domain-containing protein  41.56 
 
 
284 aa  57  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.864709  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6545  PRC-barrel domain-containing protein  27.64 
 
 
170 aa  57  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.679838  normal  0.261111 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7367  PRC-barrel domain protein  43.64 
 
 
293 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00459502  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1002  PRC-barrel domain-containing protein  48.15 
 
 
164 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  0.898578 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  40.98 
 
 
134 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3212  PRC-barrel  41.82 
 
 
193 aa  55.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.658486  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5435  PRC-barrel domain-containing protein  35.87 
 
 
142 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1301  PRC-barrel domain protein  35.94 
 
 
163 aa  55.5  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4885  PRC-barrel domain-containing protein  35.87 
 
 
142 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.330906  normal  0.110726 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  27.78 
 
 
137 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3526  PRC-barrel domain-containing protein  40 
 
 
255 aa  54.7  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4133  PRC-barrel domain protein  46.15 
 
 
143 aa  53.9  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  47.17 
 
 
140 aa  53.9  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  49.02 
 
 
183 aa  53.9  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0930  hypothetical protein  46.3 
 
 
141 aa  53.9  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.326505  normal  0.347558 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1277  PRC-barrel domain protein  41.07 
 
 
260 aa  53.5  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.244172  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1128  PRC-barrel domain-containing protein  46.3 
 
 
389 aa  53.5  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  26.87 
 
 
129 aa  53.5  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0559  hypothetical protein  46.15 
 
 
143 aa  53.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  42.37 
 
 
129 aa  52.8  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5253  PRC-barrel  34.78 
 
 
142 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5606  PRC-barrel domain-containing protein  34.78 
 
 
142 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.958862  normal  0.410913 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  46.3 
 
 
118 aa  52.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3233  PRC-barrel domain-containing protein  34.78 
 
 
142 aa  53.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.437762 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1389  PRC-barrel domain protein  46.51 
 
 
148 aa  53.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6618  PRC-barrel domain-containing protein  43.64 
 
 
179 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235295  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4622  PRC-barrel domain-containing protein  34.78 
 
 
142 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000670971 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4656  PRC-barrel domain protein  29.13 
 
 
141 aa  52.4  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.965669  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  38.18 
 
 
169 aa  52.8  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1212  PRC-barrel domain-containing protein  43.14 
 
 
213 aa  52.4  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0483086  normal  0.163057 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3321  PRC-barrel domain protein  42.62 
 
 
210 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74571  normal  0.282972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1049  PRC-barrel domain protein  41.82 
 
 
146 aa  52  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.340266 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0088  hypothetical protein  34.78 
 
 
142 aa  52.4  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  28.35 
 
 
134 aa  52  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1331  PRC-barrel domain-containing protein  43.14 
 
 
189 aa  52  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.576024 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  43.64 
 
 
270 aa  51.6  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3124  PRC-barrel domain-containing protein  43.64 
 
 
229 aa  51.6  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.477663 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2697  PRC-barrel  30.12 
 
 
300 aa  51.2  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.289885  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2674  hypothetical protein  43.14 
 
 
115 aa  50.8  0.000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.733885  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  45.1 
 
 
171 aa  50.8  0.000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  33.68 
 
 
120 aa  49.3  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3869  hypothetical protein  29.73 
 
 
157 aa  49.3  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1014  PRC-barrel domain-containing protein  33.68 
 
 
120 aa  49.3  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  40.68 
 
 
112 aa  49.3  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  30 
 
 
144 aa  49.3  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  48.98 
 
 
156 aa  48.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  48.98 
 
 
156 aa  48.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3743  PRC-barrel domain protein  49.02 
 
 
165 aa  48.1  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  46.94 
 
 
155 aa  47.8  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1003  PRC-barrel domain-containing protein  40.74 
 
 
147 aa  47.8  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  30.69 
 
 
142 aa  47.8  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3828  hypothetical protein  41.18 
 
 
117 aa  47.4  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  36.62 
 
 
485 aa  46.6  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  39.44 
 
 
120 aa  46.6  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  30.48 
 
 
133 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3931  PRC-barrel  40.68 
 
 
147 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1396  PRC-barrel  40.62 
 
 
122 aa  45.8  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  37.29 
 
 
526 aa  45.8  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  40.68 
 
 
145 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  48.94 
 
 
145 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  33.33 
 
 
135 aa  45.1  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  37.29 
 
 
135 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  38.98 
 
 
117 aa  45.1  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  40.82 
 
 
160 aa  44.7  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.100635 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>