148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6218 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6218  hypothetical protein  100 
 
 
178 aa  357  4e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  57.22 
 
 
174 aa  180  9.000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4087  PRC-barrel domain protein  48.91 
 
 
179 aa  170  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  47.59 
 
 
187 aa  154  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  47.78 
 
 
169 aa  152  2e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  50.6 
 
 
187 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  52.23 
 
 
178 aa  140  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4129  PRC-barrel  38.92 
 
 
140 aa  125  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2897  hypothetical protein  41.95 
 
 
140 aa  120  7e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.020112 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5636  PRC-barrel domain protein  50 
 
 
161 aa  101  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.640165  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2972  PRC-barrel domain protein  29.59 
 
 
214 aa  84.7  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.42341  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3192  PRC-barrel domain-containing protein  36.65 
 
 
212 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1267  PRC-barrel domain protein  32.93 
 
 
211 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3080  PRC-barrel domain protein  34.76 
 
 
214 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2854  PRC-barrel domain-containing protein  34.76 
 
 
214 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.813068  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  31.11 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  39.62 
 
 
250 aa  75.1  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  32.53 
 
 
220 aa  74.7  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3337  PRC-barrel domain-containing protein  30.77 
 
 
140 aa  74.3  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3831  PRC-barrel domain protein  33.83 
 
 
169 aa  74.3  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  48.28 
 
 
212 aa  73.2  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  35 
 
 
134 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5914  PRC-barrel  45.76 
 
 
140 aa  67.8  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73719  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  38.71 
 
 
134 aa  67  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  27.16 
 
 
137 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  38.46 
 
 
400 aa  64.7  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2065  PRC protein  37.7 
 
 
285 aa  63.5  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5649  PRC-barrel domain-containing protein  29.52 
 
 
134 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0542  PRC-barrel domain protein  48.08 
 
 
201 aa  62.4  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  48.08 
 
 
201 aa  62.4  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.484465 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  30.53 
 
 
167 aa  61.6  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  25.95 
 
 
130 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0263  PRC-barrel domain-containing protein  31.01 
 
 
132 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1002  PRC-barrel domain-containing protein  46.15 
 
 
164 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  0.898578 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1252  PRC-barrel domain-containing protein  44.44 
 
 
284 aa  57  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.864709  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  27.33 
 
 
135 aa  56.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1301  PRC-barrel domain protein  33.8 
 
 
163 aa  55.8  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1389  PRC-barrel domain protein  38.33 
 
 
148 aa  55.5  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2130  PRC-barrel domain-containing protein  38.81 
 
 
196 aa  55.5  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1610  hypothetical protein  30.43 
 
 
280 aa  55.1  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1662  hypothetical protein  30.43 
 
 
280 aa  55.1  0.0000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6545  PRC-barrel domain-containing protein  40.68 
 
 
170 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.679838  normal  0.261111 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4133  PRC-barrel domain protein  38.67 
 
 
143 aa  54.3  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0559  hypothetical protein  28.97 
 
 
143 aa  53.9  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1331  PRC-barrel domain-containing protein  33.33 
 
 
189 aa  54.3  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.576024 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  36.36 
 
 
234 aa  53.1  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2674  hypothetical protein  34.12 
 
 
115 aa  53.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.733885  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1212  PRC-barrel domain-containing protein  31.52 
 
 
213 aa  52.8  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0483086  normal  0.163057 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0088  hypothetical protein  32.97 
 
 
142 aa  52.4  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3743  PRC-barrel domain protein  33.85 
 
 
165 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2697  PRC-barrel  25.93 
 
 
300 aa  51.2  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.289885  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1003  PRC-barrel domain-containing protein  25 
 
 
147 aa  51.6  0.000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1049  PRC-barrel domain protein  43.64 
 
 
146 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.340266 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3233  PRC-barrel domain-containing protein  26.04 
 
 
142 aa  51.2  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.437762 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5253  PRC-barrel  32.97 
 
 
142 aa  50.8  0.000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5606  PRC-barrel domain-containing protein  32.97 
 
 
142 aa  50.8  0.000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.958862  normal  0.410913 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5435  PRC-barrel domain-containing protein  32.26 
 
 
142 aa  50.8  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4622  PRC-barrel domain-containing protein  32.97 
 
 
142 aa  50.8  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000670971 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  40.68 
 
 
112 aa  50.8  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4885  PRC-barrel domain-containing protein  32.26 
 
 
142 aa  50.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.330906  normal  0.110726 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7367  PRC-barrel domain protein  37.5 
 
 
293 aa  50.4  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00459502  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1277  PRC-barrel domain protein  29.41 
 
 
260 aa  50.4  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.244172  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  45.1 
 
 
155 aa  49.7  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0930  hypothetical protein  39.29 
 
 
141 aa  50.1  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.326505  normal  0.347558 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3321  PRC-barrel domain protein  37.5 
 
 
210 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74571  normal  0.282972 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  38.71 
 
 
129 aa  49.3  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  37.5 
 
 
270 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3526  PRC-barrel domain-containing protein  32.14 
 
 
255 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3212  PRC-barrel  36.36 
 
 
193 aa  48.9  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.658486  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0915  hypothetical protein  38.46 
 
 
177 aa  48.9  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  41.18 
 
 
183 aa  48.5  0.00005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1144  PRC-barrel  38.18 
 
 
157 aa  48.5  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.016878 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3124  PRC-barrel domain-containing protein  37.5 
 
 
229 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.477663 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  36.36 
 
 
169 aa  47.8  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  35.48 
 
 
142 aa  48.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4656  PRC-barrel domain protein  24.06 
 
 
141 aa  47.8  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.965669  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  37.29 
 
 
526 aa  47.8  0.00008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3869  hypothetical protein  33.93 
 
 
157 aa  47.4  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  38.18 
 
 
119 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5602  PRC-barrel domain-containing protein  28.09 
 
 
190 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  37.25 
 
 
171 aa  46.2  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  43.14 
 
 
156 aa  45.8  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  35.44 
 
 
169 aa  46.2  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  39.22 
 
 
160 aa  45.8  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  39.22 
 
 
160 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  43.14 
 
 
156 aa  46.2  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0931  PRC-barrel domain-containing protein  40.68 
 
 
145 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.363198 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6618  PRC-barrel domain-containing protein  35.71 
 
 
179 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235295  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1316  PRC-barrel domain protein  48.94 
 
 
145 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.976988  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  34.43 
 
 
129 aa  45.4  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  41.18 
 
 
161 aa  45.4  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4076  PRC-barrel  38.71 
 
 
121 aa  45.4  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  35 
 
 
131 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1128  PRC-barrel domain-containing protein  37.68 
 
 
389 aa  45.1  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  35.59 
 
 
131 aa  45.4  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5679  PRC-barrel domain protein  32.26 
 
 
190 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0391677  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  38.89 
 
 
173 aa  45.1  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3931  PRC-barrel  30.59 
 
 
147 aa  44.7  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  41.18 
 
 
163 aa  44.7  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  39.62 
 
 
140 aa  44.3  0.0008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>