155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3869 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3869  hypothetical protein  100 
 
 
157 aa  320  6e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  36.73 
 
 
250 aa  71.6  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  36.05 
 
 
172 aa  69.7  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1331  PRC-barrel domain-containing protein  35.23 
 
 
189 aa  64.3  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.576024 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2674  hypothetical protein  33 
 
 
115 aa  63.9  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.733885  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  35.63 
 
 
400 aa  61.2  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0263  PRC-barrel domain-containing protein  39.33 
 
 
132 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1212  PRC-barrel domain-containing protein  34.09 
 
 
213 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0483086  normal  0.163057 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0915  hypothetical protein  36.36 
 
 
177 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0542  PRC-barrel domain protein  32.97 
 
 
201 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  32.97 
 
 
201 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.484465 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1277  PRC-barrel domain protein  32.56 
 
 
260 aa  58.5  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.244172  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1389  PRC-barrel domain protein  27.33 
 
 
148 aa  58.9  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1662  hypothetical protein  25.62 
 
 
280 aa  58.5  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  40.68 
 
 
187 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1610  hypothetical protein  25.62 
 
 
280 aa  58.2  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  28.74 
 
 
144 aa  58.2  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3918  hypothetical protein  36.99 
 
 
157 aa  57.8  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.693655 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2897  hypothetical protein  36.84 
 
 
140 aa  57.4  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.020112 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  34.69 
 
 
167 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1911  hypothetical protein  29.67 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.188746 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3337  PRC-barrel domain-containing protein  33.73 
 
 
140 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  34.52 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  32.26 
 
 
183 aa  55.5  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2065  PRC protein  28.09 
 
 
285 aa  55.5  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  28.97 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4129  PRC-barrel  34.74 
 
 
140 aa  55.5  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3192  PRC-barrel domain-containing protein  44.83 
 
 
212 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  30.23 
 
 
212 aa  55.1  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1252  PRC-barrel domain-containing protein  29.63 
 
 
284 aa  55.1  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.864709  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2130  PRC-barrel domain-containing protein  28.95 
 
 
196 aa  54.7  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1144  PRC-barrel  26.14 
 
 
157 aa  54.7  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.016878 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  31.18 
 
 
526 aa  54.7  0.0000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3526  PRC-barrel domain-containing protein  28.75 
 
 
255 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5649  PRC-barrel domain-containing protein  35.96 
 
 
134 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  28.08 
 
 
137 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5718  PRC-barrel domain-containing protein  30.3 
 
 
231 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.099038  hitchhiker  0.00405289 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2972  PRC-barrel domain protein  33.04 
 
 
214 aa  54.3  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.42341  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  27.59 
 
 
160 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  27.59 
 
 
160 aa  52.4  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1267  PRC-barrel domain protein  50 
 
 
211 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3080  PRC-barrel domain protein  41.07 
 
 
214 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2854  PRC-barrel domain-containing protein  40.35 
 
 
214 aa  51.2  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.813068  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  34.48 
 
 
187 aa  50.8  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  29.41 
 
 
135 aa  50.8  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  30.34 
 
 
140 aa  50.8  0.000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  24.6 
 
 
175 aa  50.8  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  31.11 
 
 
158 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6610  PRC-barrel domain protein  38.89 
 
 
98 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.106197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3831  PRC-barrel domain protein  30.59 
 
 
169 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  27.52 
 
 
175 aa  49.7  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  29.73 
 
 
174 aa  48.9  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  34.29 
 
 
169 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5914  PRC-barrel  37.5 
 
 
140 aa  48.9  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73719  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  29.9 
 
 
163 aa  48.9  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  28.57 
 
 
169 aa  48.5  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  29.89 
 
 
234 aa  48.9  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  28.12 
 
 
112 aa  48.9  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  27.55 
 
 
130 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  27.96 
 
 
171 aa  48.5  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2103  PRC-barrel domain-containing protein  34.48 
 
 
158 aa  48.5  0.00004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1128  PRC-barrel domain-containing protein  33.78 
 
 
389 aa  48.5  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.606388 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  25.71 
 
 
156 aa  48.5  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  27 
 
 
156 aa  48.5  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  28.7 
 
 
129 aa  48.1  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7367  PRC-barrel domain protein  30.65 
 
 
293 aa  48.1  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00459502  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  30.51 
 
 
178 aa  48.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  23.6 
 
 
169 aa  48.1  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  27.37 
 
 
158 aa  47.8  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  25.86 
 
 
161 aa  48.1  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6059  PRC-barrel domain-containing protein  26.72 
 
 
160 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.185683 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1359  PRC-barrel  26.72 
 
 
160 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6470  PRC-barrel domain-containing protein  26.72 
 
 
160 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00723922  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  45 
 
 
220 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  29.47 
 
 
173 aa  47.4  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3321  PRC-barrel domain protein  30.68 
 
 
210 aa  47.8  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74571  normal  0.282972 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  28.57 
 
 
130 aa  47.4  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0559  hypothetical protein  31.18 
 
 
143 aa  47.4  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4133  PRC-barrel domain protein  31.18 
 
 
143 aa  47.4  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1003  PRC-barrel domain-containing protein  32.95 
 
 
147 aa  47.4  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  28.42 
 
 
155 aa  47.4  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1522  hypothetical protein  33.87 
 
 
320 aa  47  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  29.47 
 
 
158 aa  46.6  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2784  hypothetical protein  34.33 
 
 
98 aa  46.6  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  28.21 
 
 
156 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  31.43 
 
 
270 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2952  hypothetical protein  32.26 
 
 
331 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2697  PRC-barrel  24.71 
 
 
300 aa  46.2  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.289885  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1691  hypothetical protein  40.82 
 
 
323 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2342  PRC-barrel domain-containing protein  40.82 
 
 
321 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2303  hypothetical protein  40.82 
 
 
323 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2222  PRC-barrel domain-containing protein  40.82 
 
 
322 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  32.22 
 
 
122 aa  46.2  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6618  PRC-barrel domain-containing protein  30.65 
 
 
179 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235295  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  28.12 
 
 
148 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1002  PRC-barrel domain-containing protein  30.67 
 
 
164 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  0.898578 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2326  hypothetical protein  40.82 
 
 
321 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288478  normal  0.307484 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  27.55 
 
 
120 aa  45.4  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  26.8 
 
 
117 aa  45.4  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  30.11 
 
 
142 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>