150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0419 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  100 
 
 		 169 aa  335  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3212  PRC-barrel  67.52 
 
 		 193 aa  166  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.658486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1144  PRC-barrel  56.58 
 
 		 157 aa  164  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.016878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  66.07 
 
 		 144 aa  155  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3526  PRC-barrel domain-containing protein  55 
 
 		 255 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7367  PRC-barrel domain protein  54.72 
 
 		 293 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00459502  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3321  PRC-barrel domain protein  53.57 
 
 		 210 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74571  normal  0.282972 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  53.1 
 
 		 270 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3124  PRC-barrel domain-containing protein  51.24 
 
 		 229 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.477663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6618  PRC-barrel domain-containing protein  58 
 
 		 179 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235295  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  32.62 
 
 		 172 aa  71.2  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  33.61 
 
 		 167 aa  70.9  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2222  PRC-barrel domain-containing protein  40.4 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0975  hypothetical protein  38.54 
 
 		 309 aa  68.2  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2342  PRC-barrel domain-containing protein  38.71 
 
 		 321 aa  67  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2326  hypothetical protein  37.63 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.288478  normal  0.307484 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  28.97 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5645  hypothetical protein  38.71 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1277  PRC-barrel domain protein  37.5 
 
 		 260 aa  65.1  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.244172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1691  hypothetical protein  37.63 
 
 		 323 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2303  hypothetical protein  37.63 
 
 		 323 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  40 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  37.04 
 
 		 112 aa  59.3  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  37.97 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  37.35 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1049  PRC-barrel domain protein  28.57 
 
 		 146 aa  57.4  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.340266 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1822  hypothetical protein  37.84 
 
 		 343 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0915856 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1901  hypothetical protein  32.58 
 
 		 387 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1368  hypothetical protein  32.58 
 
 		 436 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1055  hypothetical protein  33.71 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0813  putative lipoprotein  33.71 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.925981  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1209  putative lipoprotein  33.71 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1217  putative lipoprotein  33.71 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0338  putative lipoprotein  33.71 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.560334  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  32.61 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1522  hypothetical protein  39.39 
 
 		 320 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  32.61 
 
 		 118 aa  55.8  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  32.18 
 
 		 400 aa  54.7  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1003  PRC-barrel domain-containing protein  27.16 
 
 		 147 aa  54.7  0.0000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  29.91 
 
 		 250 aa  54.7  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2822  PRC-barrel domain-containing protein  34.74 
 
 		 122 aa  54.3  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0995  hypothetical protein  30.34 
 
 		 280 aa  53.1  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.12968  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  36.71 
 
 		 135 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2876  PRC-barrel domain-containing protein  35.71 
 
 		 122 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  38.18 
 
 		 174 aa  52.4  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  37.5 
 
 		 131 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  35.14 
 
 		 169 aa  52  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  41.38 
 
 		 178 aa  52  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2897  hypothetical protein  28.91 
 
 		 140 aa  51.6  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.020112 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2952  hypothetical protein  39.68 
 
 		 331 aa  51.6  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2697  PRC-barrel  32.65 
 
 		 300 aa  51.6  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.289885  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  39.66 
 
 		 526 aa  51.6  0.000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  37.5 
 
 		 131 aa  51.6  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3464  PRC-barrel domain protein  31.25 
 
 		 122 aa  51.6  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  29.36 
 
 		 175 aa  51.2  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1331  PRC-barrel domain-containing protein  28.41 
 
 		 189 aa  51.2  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.576024 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1212  PRC-barrel domain-containing protein  26.8 
 
 		 213 aa  51.2  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0483086  normal  0.163057 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  34.83 
 
 		 271 aa  50.8  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  38.18 
 
 		 187 aa  50.8  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  40.68 
 
 		 485 aa  50.4  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2674  hypothetical protein  28.41 
 
 		 115 aa  50.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.733885  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  32.93 
 
 		 183 aa  50.4  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3986  PRC-barrel  30 
 
 		 163 aa  50.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.766762  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4381  PRC-barrel domain-containing protein  30 
 
 		 163 aa  50.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0206882  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0929  PRC-barrel domain-containing protein  32.43 
 
 		 122 aa  50.1  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.13635  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1002  PRC-barrel domain-containing protein  40.24 
 
 		 164 aa  50.4  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  0.898578 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2065  PRC protein  26.02 
 
 		 285 aa  49.7  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6545  PRC-barrel domain-containing protein  26.51 
 
 		 170 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.679838  normal  0.261111 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  38.36 
 
 		 127 aa  49.7  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  29.36 
 
 		 175 aa  49.7  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  33.64 
 
 		 220 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  34.15 
 
 		 158 aa  48.9  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  31.25 
 
 		 158 aa  48.9  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  29.63 
 
 		 165 aa  48.9  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4260  PRC-barrel domain-containing protein  29.63 
 
 		 166 aa  48.5  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.232503 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  29.51 
 
 		 147 aa  48.1  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  31.71 
 
 		 129 aa  48.1  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  36.59 
 
 		 135 aa  48.1  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  29.31 
 
 		 156 aa  48.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3869  hypothetical protein  23.6 
 
 		 157 aa  48.1  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4087  PRC-barrel domain protein  36.21 
 
 		 179 aa  47.8  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0200  PRC-barrel  30.49 
 
 		 171 aa  47.8  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  30.53 
 
 		 117 aa  47.8  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3831  PRC-barrel domain protein  28.57 
 
 		 169 aa  47.4  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1389  PRC-barrel domain protein  31.88 
 
 		 148 aa  47.4  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5672  PRC-barrel domain protein  30.95 
 
 		 129 aa  47  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  35.8 
 
 		 120 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3447  PRC-barrel domain protein  35.63 
 
 		 146 aa  47  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.439764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3126  PRC-barrel domain-containing protein  35.63 
 
 		 173 aa  47  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.201028 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  29.35 
 
 		 156 aa  46.6  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0139  PRC-barrel domain protein  32.53 
 
 		 130 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.130291 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  30 
 
 		 117 aa  46.6  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  29.35 
 
 		 156 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  30.53 
 
 		 117 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5974  PRC-barrel domain-containing protein  42.31 
 
 		 163 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0145  PRC-barrel domain protein  32.53 
 
 		 130 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  29.9 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.484465 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1267  PRC-barrel domain protein  35 
 
 		 211 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2338  hypothetical protein  31.82 
 
 		 120 aa  45.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.538206  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  33.7 
 
 		 117 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>