127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3080 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_3080  PRC-barrel domain protein  100 
 
 
214 aa  424  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2854  PRC-barrel domain-containing protein  98.6 
 
 
214 aa  420  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.813068  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2972  PRC-barrel domain protein  82.16 
 
 
214 aa  342  2e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.42341  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3192  PRC-barrel domain-containing protein  61.69 
 
 
212 aa  234  7e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  57.3 
 
 
220 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1267  PRC-barrel domain protein  54.55 
 
 
211 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4087  PRC-barrel domain protein  45.28 
 
 
179 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  46.32 
 
 
169 aa  77.8  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  45.35 
 
 
187 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  50 
 
 
187 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  40.71 
 
 
174 aa  73.2  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  51.67 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  40.19 
 
 
172 aa  68.2  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4129  PRC-barrel  34.78 
 
 
140 aa  61.2  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  37.63 
 
 
250 aa  60.1  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  41.43 
 
 
212 aa  59.3  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2897  hypothetical protein  36.44 
 
 
140 aa  58.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.020112 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  43.33 
 
 
400 aa  57.8  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1252  PRC-barrel domain-containing protein  45.83 
 
 
284 aa  58.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.864709  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1662  hypothetical protein  33.96 
 
 
280 aa  57  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  50.94 
 
 
167 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  30.52 
 
 
137 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1610  hypothetical protein  35 
 
 
280 aa  55.8  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2130  PRC-barrel domain-containing protein  48.57 
 
 
196 aa  56.2  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0542  PRC-barrel domain protein  37.8 
 
 
201 aa  55.1  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  37.8 
 
 
201 aa  55.1  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.484465 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1301  PRC-barrel domain protein  36.36 
 
 
163 aa  54.3  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0812  photosynthetic reaction center protein  35 
 
 
117 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.212704  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  30.89 
 
 
132 aa  53.9  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5649  PRC-barrel domain-containing protein  34.86 
 
 
134 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4890  PRC-barrel  38.64 
 
 
120 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5636  PRC-barrel domain protein  43.59 
 
 
161 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.640165  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2361  PRC-barrel  32.12 
 
 
147 aa  52.8  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3869  hypothetical protein  32.14 
 
 
157 aa  52.4  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0920  PRC-barrel  36.36 
 
 
117 aa  52.4  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114023  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3794  PRC-barrel  35.58 
 
 
120 aa  52.4  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.182164  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2302  hypothetical protein  33.04 
 
 
117 aa  52  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075687 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1277  PRC-barrel domain protein  42.62 
 
 
260 aa  52  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.244172  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3337  PRC-barrel domain-containing protein  37.5 
 
 
140 aa  52  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1389  PRC-barrel domain protein  50 
 
 
148 aa  51.2  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1002  PRC-barrel domain-containing protein  46.67 
 
 
164 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  0.898578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3831  PRC-barrel domain protein  32.74 
 
 
169 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5241  PRC-barrel domain protein  37.66 
 
 
117 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2697  PRC-barrel  31.63 
 
 
300 aa  50.4  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.289885  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0915  hypothetical protein  45.45 
 
 
177 aa  50.1  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5446  PRC-barrel domain protein  37.88 
 
 
175 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.956105 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1539  hypothetical protein  37.18 
 
 
485 aa  49.7  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  30 
 
 
134 aa  49.3  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1690  PRC-barrel domain-containing protein  28.36 
 
 
156 aa  49.3  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.401907  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4517  PRC-barrel domain-containing protein  41.07 
 
 
142 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5293  PRC-barrel domain-containing protein  40.98 
 
 
169 aa  48.5  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.15156 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4102  PRC-barrel  33.65 
 
 
120 aa  48.5  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.997072  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3608  PRC-barrel domain protein  38.98 
 
 
131 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.30312  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3285  PRC-barrel domain-containing protein  38.98 
 
 
131 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  30.16 
 
 
134 aa  48.1  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1343  PRC-barrel protein  43.64 
 
 
119 aa  47.8  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  36.23 
 
 
175 aa  47.8  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  33.72 
 
 
133 aa  47.8  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3485  PRC-barrel domain protein  36.07 
 
 
135 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999892  normal  0.263816 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  27.88 
 
 
271 aa  46.2  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3579  PRC-barrel domain-containing protein  40.68 
 
 
155 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.632038 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2428  hypothetical protein  41.67 
 
 
137 aa  45.8  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0521251 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3502  PRC-barrel domain protein  38.98 
 
 
129 aa  45.8  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.002233 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3931  PRC-barrel  35.8 
 
 
147 aa  45.8  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4137  PRC-barrel domain-containing protein  33.33 
 
 
129 aa  46.2  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0140629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  37.88 
 
 
135 aa  46.2  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2065  PRC protein  31.03 
 
 
285 aa  45.8  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7367  PRC-barrel domain protein  38.98 
 
 
293 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00459502  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  40.98 
 
 
156 aa  45.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  38.57 
 
 
158 aa  45.4  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1212  PRC-barrel domain-containing protein  35.82 
 
 
213 aa  45.4  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0483086  normal  0.163057 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  40.98 
 
 
156 aa  45.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3019  PRC-barrel domain-containing protein  32.88 
 
 
127 aa  45.4  0.0006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3212  PRC-barrel  36.56 
 
 
193 aa  45.4  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.658486  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  36.62 
 
 
160 aa  45.4  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5914  PRC-barrel  37.7 
 
 
140 aa  44.7  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73719  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1361  PRC-barrel domain-containing protein  38.98 
 
 
163 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  32.14 
 
 
234 aa  44.3  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0088  hypothetical protein  31.53 
 
 
142 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  35.09 
 
 
130 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1049  PRC-barrel domain protein  36.07 
 
 
146 aa  44.3  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.340266 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1152  PRC-barrel protein  33.33 
 
 
111 aa  44.3  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.8038  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5253  PRC-barrel  30.63 
 
 
142 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5606  PRC-barrel domain-containing protein  30.63 
 
 
142 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.958862  normal  0.410913 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3141  PRC-barrel domain-containing protein  38.98 
 
 
163 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719915  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3012  PRC-barrel domain-containing protein  38.98 
 
 
163 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0907577  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6218  hypothetical protein  47.62 
 
 
178 aa  44.3  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4240  PRC-barrel domain-containing protein  37.88 
 
 
166 aa  44.7  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507205  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3124  PRC-barrel domain-containing protein  39.66 
 
 
229 aa  44.3  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.477663 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0263  PRC-barrel domain-containing protein  43.75 
 
 
132 aa  44.7  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  37.14 
 
 
158 aa  44.3  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6545  PRC-barrel domain-containing protein  32.47 
 
 
170 aa  44.3  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.679838  normal  0.261111 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  39.66 
 
 
270 aa  44.7  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4622  PRC-barrel domain-containing protein  30.63 
 
 
142 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000670971 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  37.5 
 
 
160 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3321  PRC-barrel domain protein  39.66 
 
 
210 aa  44.7  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.74571  normal  0.282972 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3828  hypothetical protein  35.59 
 
 
117 aa  43.5  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3795  PRC-barrel domain-containing protein  36.36 
 
 
165 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1003  PRC-barrel domain-containing protein  39.22 
 
 
147 aa  43.5  0.002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  26.96 
 
 
148 aa  44.3  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>