124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4398 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4398  PRC-barrel domain-containing protein  100 
 
 
135 aa  268  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5253  PRC-barrel  54.47 
 
 
142 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5606  PRC-barrel domain-containing protein  54.47 
 
 
142 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.958862  normal  0.410913 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4622  PRC-barrel domain-containing protein  54.47 
 
 
142 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000670971 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5489  hypothetical protein  57.55 
 
 
144 aa  130  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.240077 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3233  PRC-barrel domain-containing protein  51.88 
 
 
142 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.437762 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4885  PRC-barrel domain-containing protein  55.65 
 
 
142 aa  130  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.330906  normal  0.110726 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1802  PRC-barrel domain protein  58.02 
 
 
136 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5435  PRC-barrel domain-containing protein  55.65 
 
 
142 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3337  PRC-barrel domain-containing protein  55.96 
 
 
140 aa  127  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0088  hypothetical protein  48.87 
 
 
142 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2126  PRC-barrel domain protein  57.25 
 
 
136 aa  127  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0283705  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3691  hypothetical protein  50 
 
 
146 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133454  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5914  PRC-barrel  53.04 
 
 
140 aa  123  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73719  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0559  hypothetical protein  45.16 
 
 
143 aa  120  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6894  hypothetical protein  56.38 
 
 
111 aa  118  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.505741  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4133  PRC-barrel domain protein  44.35 
 
 
143 aa  118  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4656  PRC-barrel domain protein  50 
 
 
141 aa  117  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.965669  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2373  hypothetical protein  45.16 
 
 
145 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.662608  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0930  hypothetical protein  49.06 
 
 
141 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.326505  normal  0.347558 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1321  hypothetical protein  46.88 
 
 
134 aa  94  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0470911  normal  0.0599346 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5290  PRC-barrel domain protein  46.88 
 
 
134 aa  93.6  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3564  PRC-barrel domain-containing protein  37.4 
 
 
137 aa  92.8  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.589569 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0549  hypothetical protein  46.07 
 
 
130 aa  92  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1301  PRC-barrel domain protein  40.57 
 
 
163 aa  77.8  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4129  PRC-barrel  32.39 
 
 
140 aa  70.1  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0499  PRC-barrel domain protein  39.02 
 
 
201 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.484465 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0542  PRC-barrel domain protein  39.02 
 
 
201 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0433  PRC-barrel domain-containing protein  37.5 
 
 
212 aa  61.6  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.173009  normal  0.857282 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3831  PRC-barrel domain protein  36.36 
 
 
169 aa  61.6  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3424  PRC-barrel domain-containing protein  32.65 
 
 
250 aa  60.5  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.39453  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2897  hypothetical protein  34.29 
 
 
140 aa  60.1  0.000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.020112 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4087  PRC-barrel domain protein  26.4 
 
 
179 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2130  PRC-barrel domain-containing protein  36.17 
 
 
196 aa  59.3  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3101  PRC-barrel  28.89 
 
 
400 aa  57.4  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2167  PRC-barrel  28.57 
 
 
187 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492056  normal  0.548798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5649  PRC-barrel domain-containing protein  31.34 
 
 
134 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2027  PRC-barrel domain-containing protein  35.11 
 
 
172 aa  54.7  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1212  PRC-barrel domain-containing protein  29.76 
 
 
213 aa  51.6  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0483086  normal  0.163057 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1610  hypothetical protein  31.87 
 
 
280 aa  51.2  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1662  hypothetical protein  31.87 
 
 
280 aa  51.2  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3869  hypothetical protein  29.41 
 
 
157 aa  50.8  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.591941 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2461  hypothetical protein  30.48 
 
 
169 aa  50.4  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.389117 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1331  PRC-barrel domain-containing protein  32.05 
 
 
189 aa  50.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.576024 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5718  PRC-barrel domain-containing protein  32.86 
 
 
231 aa  50.4  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.099038  hitchhiker  0.00405289 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2674  hypothetical protein  32.05 
 
 
115 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.733885  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2065  PRC protein  22.89 
 
 
285 aa  50.1  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6545  PRC-barrel domain-containing protein  31.76 
 
 
170 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.679838  normal  0.261111 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1003  PRC-barrel domain-containing protein  31.71 
 
 
147 aa  49.3  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0263  PRC-barrel domain-containing protein  31.37 
 
 
132 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1963  photosynthetic reaction center protein  32.84 
 
 
187 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.458203  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0419  PRC-barrel  36.59 
 
 
169 aa  48.5  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0915  hypothetical protein  40.35 
 
 
177 aa  48.5  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5072  PRC-barrel  33.33 
 
 
163 aa  47.8  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.808195  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1132  PRC-barrel containing protein  44.44 
 
 
294 aa  47.4  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0070  PRC-barrel domain protein  33.77 
 
 
156 aa  47.4  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2888  PRC-barrel  26.9 
 
 
174 aa  47.4  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22527  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0078  PRC-barrel domain protein  33.77 
 
 
156 aa  47.4  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.559393 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1252  PRC-barrel domain-containing protein  29.47 
 
 
284 aa  47.4  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.864709  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2262  hypothetical protein  31.91 
 
 
120 aa  46.2  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.260475  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1648  PRC-barrel domain-containing protein  39.62 
 
 
220 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1989  PRC-barrel domain protein  32.58 
 
 
112 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.128496  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3426  PRC-barrel  25 
 
 
178 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3080  PRC-barrel domain protein  34.88 
 
 
214 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2854  PRC-barrel domain-containing protein  37.88 
 
 
214 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.813068  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1267  PRC-barrel domain protein  37.74 
 
 
211 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2570  hypothetical protein  32.47 
 
 
158 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.53444e-20  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2784  hypothetical protein  34.12 
 
 
144 aa  44.7  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.146377 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3192  PRC-barrel domain-containing protein  31.37 
 
 
212 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1923  PRC-barrel  28.75 
 
 
183 aa  44.3  0.0006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0329  PRC-barrel  28.95 
 
 
274 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.132739  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4918  PRC-barrel  35.14 
 
 
173 aa  43.9  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1971  PRC-barrel domain-containing protein  32.56 
 
 
118 aa  43.9  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4630  PRC-barrel domain-containing protein  35.29 
 
 
167 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6586  PRC-barrel domain protein  32.47 
 
 
158 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000000440037  normal  0.0354416 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1538  hypothetical protein  31.25 
 
 
271 aa  43.1  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3445  PRC-barrel domain protein  44 
 
 
270 aa  43.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0486  hypothetical protein  30.86 
 
 
158 aa  43.5  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.299325  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1513  PRC-barrel  31.25 
 
 
140 aa  43.5  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.273224  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1389  PRC-barrel domain protein  28.05 
 
 
148 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4152  PRC-barrel  34.18 
 
 
133 aa  42.7  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1454  hypothetical protein  26.25 
 
 
288 aa  43.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.649644  normal  0.0873077 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3743  PRC-barrel domain protein  32.53 
 
 
165 aa  43.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0995  PRC-barrel domain-containing protein  30.12 
 
 
132 aa  43.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.123984  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0474  PRC-barrel domain-containing protein  33.8 
 
 
142 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.903154  hitchhiker  0.00309714 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4218  PRC-barrel domain protein  33.77 
 
 
157 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2972  PRC-barrel domain protein  41.51 
 
 
214 aa  43.5  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.42341  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0496  photosynthetic reaction center protein  27.27 
 
 
243 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0401764  normal  0.747505 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3212  PRC-barrel  32.14 
 
 
193 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.658486  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1160  hypothetical protein  29.13 
 
 
175 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.649409 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5622  PRC-barrel domain-containing protein  29.63 
 
 
160 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.100635 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5464  PRC-barrel domain-containing protein  29.63 
 
 
161 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381239 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3124  PRC-barrel domain-containing protein  44 
 
 
229 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.477663 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6353  PRC-barrel domain-containing protein  29.63 
 
 
160 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1768  PRC-barrel domain-containing protein  32.47 
 
 
148 aa  42.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  34.18 
 
 
234 aa  42  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3528  PRC-barrel  26.32 
 
 
270 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.16044 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0390  PRC-barrel domain-containing protein  35.9 
 
 
526 aa  42  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1587  PRC-barrel domain-containing protein  36.21 
 
 
119 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6618  PRC-barrel domain-containing protein  45.83 
 
 
179 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235295  normal  0.328597 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>