48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3374 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4028  hypothetical protein  77.24 
 
 		 759 aa  1109    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2015  hypothetical protein  89.47 
 
 		 760 aa  1324    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.491902  normal  0.484321 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6156  hypothetical protein  73.39 
 
 		 759 aa  1110    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263542  normal  0.152054 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3287  hypothetical protein  77.5 
 
 		 759 aa  1142    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.253593  normal  0.538496 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3374  hypothetical protein  100 
 
 		 759 aa  1528    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.252874  hitchhiker  0.00751166 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2560  hypothetical protein  44.96 
 
 		 789 aa  587  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2988  hypothetical protein  38.6 
 
 		 735 aa  429  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0801122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2736  hypothetical protein  38.41 
 
 		 752 aa  426  1e-118  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2698  putative transporter  38.55 
 
 		 744 aa  415  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0745  hypothetical protein  31.7 
 
 		 705 aa  355  2e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0726  hypothetical protein  31.7 
 
 		 705 aa  354  2.9999999999999997e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0123  integral membrane protein-like protein  32.52 
 
 		 752 aa  330  6e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.377  normal  0.313972 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1694  integral membrane protein-like  34.15 
 
 		 678 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0225851  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0459  integral membrane protein-like protein  35.72 
 
 		 681 aa  328  3e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1508  integral membrane protein-like  32.51 
 
 		 674 aa  292  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0141137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0691  hypothetical protein  39.5 
 
 		 791 aa  124  8e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140408  normal  0.176314 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3006  hypothetical protein  36.89 
 
 		 500 aa  74.3  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.328168  normal  0.0524757 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0371  hypothetical protein  34.78 
 
 		 517 aa  66.2  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2138  hypothetical protein  24.12 
 
 		 533 aa  62.8  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0641622  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0442  hypothetical protein  29.45 
 
 		 517 aa  60.8  0.00000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150974 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1704  spermidine synthase-like protein  30.71 
 
 		 287 aa  58.5  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.406029  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1561  Spermine synthase  27.95 
 
 		 502 aa  58.5  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.298841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0936  Spermine synthase  25.79 
 
 		 516 aa  55.1  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4320  spermine/spermidine synthase family protein  31.82 
 
 		 311 aa  55.5  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1135  spermine synthase  34.04 
 
 		 558 aa  54.7  0.000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0187668 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1226  hypothetical protein  27.22 
 
 		 517 aa  54.3  0.000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0842  Spermine synthase  34.91 
 
 		 541 aa  54.3  0.000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0899  Spermine synthase  32.43 
 
 		 248 aa  53.5  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2245  hypothetical protein  28.1 
 
 		 262 aa  53.5  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000444033 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3843  spermidine synthase-like protein  32.61 
 
 		 544 aa  52  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2255  hypothetical protein  33.33 
 
 		 492 aa  52  0.00005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7684  hypothetical protein  32.74 
 
 		 273 aa  50.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4192  hypothetical protein  29.51 
 
 		 516 aa  48.9  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.216811  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3722  hypothetical protein  26.64 
 
 		 514 aa  47.8  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  34.88 
 
 		 307 aa  47.8  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5354  hypothetical protein  27.1 
 
 		 514 aa  47.8  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2030  Spermine synthase  39.53 
 
 		 510 aa  46.2  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5605  hypothetical protein  33.33 
 
 		 514 aa  46.2  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0664947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1355  Spermidine synthase-like protein  28.71 
 
 		 332 aa  46.2  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5405  hypothetical protein  33.33 
 
 		 514 aa  46.2  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.62211  normal  0.453689 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1526  hypothetical protein  29.41 
 
 		 296 aa  46.6  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00973426 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2801  hypothetical protein  33.98 
 
 		 514 aa  45.4  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1429  Methyltransferase type 12  30.91 
 
 		 268 aa  45.4  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.303703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3177  spermidine synthase-like protein  30.09 
 
 		 548 aa  44.3  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0932  spermidine synthase-like protein  36.05 
 
 		 551 aa  44.3  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.624044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2075  Spermidine synthase-like protein  28.91 
 
 		 287 aa  44.3  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000156685  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1549  hypothetical protein  28.1 
 
 		 285 aa  43.9  0.01  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.837882 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2904  spermidine synthase-like protein  30.97 
 
 		 551 aa  43.9  0.01  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>