45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0459 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0459  integral membrane protein-like protein  100 
 
 		 681 aa  1342    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1694  integral membrane protein-like  45.83 
 
 		 678 aa  512  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0225851  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1508  integral membrane protein-like  47.51 
 
 		 674 aa  499  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0141137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2015  hypothetical protein  37.47 
 
 		 760 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.491902  normal  0.484321 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3374  hypothetical protein  35.59 
 
 		 759 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.252874  hitchhiker  0.00751166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6156  hypothetical protein  36.28 
 
 		 759 aa  357  5e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263542  normal  0.152054 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4028  hypothetical protein  36.14 
 
 		 759 aa  326  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2560  hypothetical protein  35.15 
 
 		 789 aa  325  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0123  integral membrane protein-like protein  47.25 
 
 		 752 aa  293  5e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.377  normal  0.313972 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2698  putative transporter  35.41 
 
 		 744 aa  276  7e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3287  hypothetical protein  33.56 
 
 		 759 aa  273  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.253593  normal  0.538496 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0745  hypothetical protein  28.51 
 
 		 705 aa  262  2e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0726  hypothetical protein  27.87 
 
 		 705 aa  258  4e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2988  hypothetical protein  42.06 
 
 		 735 aa  226  8e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0801122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2736  hypothetical protein  39.18 
 
 		 752 aa  203  8e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4192  hypothetical protein  31.73 
 
 		 516 aa  70.9  0.00000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.216811  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2255  hypothetical protein  30.94 
 
 		 492 aa  66.6  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0691  hypothetical protein  26.01 
 
 		 791 aa  61.6  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140408  normal  0.176314 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4320  spermine/spermidine synthase family protein  31.25 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1235  spermidine synthase  27.81 
 
 		 267 aa  56.6  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.265162 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1226  hypothetical protein  28.57 
 
 		 517 aa  55.5  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0371  hypothetical protein  32.18 
 
 		 517 aa  53.5  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3006  hypothetical protein  33.62 
 
 		 500 aa  53.1  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.328168  normal  0.0524757 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2968  Spermidine synthase-like protein  34.55 
 
 		 284 aa  51.2  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185015  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3722  hypothetical protein  28.24 
 
 		 514 aa  50.8  0.00009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1429  Methyltransferase type 12  31.4 
 
 		 268 aa  50.8  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.303703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0899  Spermine synthase  27.93 
 
 		 248 aa  50.4  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12080  spermidine synthase  32.14 
 
 		 272 aa  50.4  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.712162  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2138  hypothetical protein  22.88 
 
 		 533 aa  50.4  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0641622  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3670  spermidine synthase-like protein  28.91 
 
 		 261 aa  48.5  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0936  Spermine synthase  24.1 
 
 		 516 aa  47.8  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0321  putative transferase  28.97 
 
 		 264 aa  48.1  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.206732  normal  0.105369 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2245  hypothetical protein  32.28 
 
 		 262 aa  48.1  0.0006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000444033 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0150  hypothetical protein  28.97 
 
 		 264 aa  48.1  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.825231  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2801  hypothetical protein  32.73 
 
 		 514 aa  47.4  0.0009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0334  putative spermidine synthase  35.04 
 
 		 257 aa  46.6  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.737223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2535  putative spermidine synthase  27.57 
 
 		 765 aa  47  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00118236 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0533  Methyltransferase type 12  36.45 
 
 		 475 aa  45.8  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.226674  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0442  hypothetical protein  30.57 
 
 		 517 aa  46.2  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150974 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_15982  predicted protein  32.48 
 
 		 332 aa  45.1  0.004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0283158  normal  0.0285818 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22930  spermidine synthase  32.3 
 
 		 304 aa  45.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0650317 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2906  putative spermidine synthase  25 
 
 		 253 aa  45.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  33.73 
 
 		 307 aa  44.3  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1537  spermine/spermidine synthase family protein  32.12 
 
 		 269 aa  43.9  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.11208  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0114  transferase  32.12 
 
 		 276 aa  43.9  0.01  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>