36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2015 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2015  hypothetical protein  100 
 
 		 760 aa  1518    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.491902  normal  0.484321 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3287  hypothetical protein  77.66 
 
 		 759 aa  1129    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.253593  normal  0.538496 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3374  hypothetical protein  89.47 
 
 		 759 aa  1323    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.252874  hitchhiker  0.00751166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6156  hypothetical protein  74.08 
 
 		 759 aa  1103    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263542  normal  0.152054 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4028  hypothetical protein  77.66 
 
 		 759 aa  1094    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2560  hypothetical protein  47.02 
 
 		 789 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2988  hypothetical protein  38.73 
 
 		 735 aa  432  1e-120  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0801122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2736  hypothetical protein  37.88 
 
 		 752 aa  418  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2698  putative transporter  38.63 
 
 		 744 aa  412  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0726  hypothetical protein  33.24 
 
 		 705 aa  361  3e-98  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0745  hypothetical protein  32.66 
 
 		 705 aa  360  8e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0459  integral membrane protein-like protein  37.13 
 
 		 681 aa  340  7e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1694  integral membrane protein-like  35.13 
 
 		 678 aa  336  7.999999999999999e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0225851  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0123  integral membrane protein-like protein  33.86 
 
 		 752 aa  331  3e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.377  normal  0.313972 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1508  integral membrane protein-like  33.38 
 
 		 674 aa  306  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0141137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0691  hypothetical protein  41.76 
 
 		 791 aa  125  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140408  normal  0.176314 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3006  hypothetical protein  36.07 
 
 		 500 aa  70.1  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.328168  normal  0.0524757 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0371  hypothetical protein  34.19 
 
 		 517 aa  66.2  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0442  hypothetical protein  33.91 
 
 		 517 aa  60.5  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150974 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2138  hypothetical protein  29.08 
 
 		 533 aa  57  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0641622  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0899  Spermine synthase  33.33 
 
 		 248 aa  53.5  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4320  spermine/spermidine synthase family protein  32.11 
 
 		 311 aa  53.5  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1226  hypothetical protein  27.65 
 
 		 517 aa  52.8  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2255  hypothetical protein  31.67 
 
 		 492 aa  53.1  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1704  spermidine synthase-like protein  29.92 
 
 		 287 aa  53.1  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.406029  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1561  Spermine synthase  32.34 
 
 		 502 aa  52.4  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.298841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0936  Spermine synthase  33.04 
 
 		 516 aa  52.4  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3843  spermidine synthase-like protein  32.61 
 
 		 544 aa  50.8  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1135  spermine synthase  33.33 
 
 		 558 aa  50.1  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0187668 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7684  hypothetical protein  32.2 
 
 		 273 aa  48.1  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0842  Spermine synthase  33.64 
 
 		 541 aa  47.8  0.0007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2245  hypothetical protein  27.64 
 
 		 262 aa  47  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000444033 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  29.61 
 
 		 307 aa  47.4  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1526  hypothetical protein  29.17 
 
 		 296 aa  45.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00973426 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1429  Methyltransferase type 12  30.89 
 
 		 268 aa  44.7  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.303703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4192  hypothetical protein  29.73 
 
 		 516 aa  44.3  0.01  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.216811  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>