45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3287 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2015  hypothetical protein  77.66 
 
 		 760 aa  1143    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.491902  normal  0.484321 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3287  hypothetical protein  100 
 
 		 759 aa  1513    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.253593  normal  0.538496 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3374  hypothetical protein  77.37 
 
 		 759 aa  1168    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.252874  hitchhiker  0.00751166 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4028  hypothetical protein  76.25 
 
 		 759 aa  1077    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6156  hypothetical protein  78.03 
 
 		 759 aa  1155    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263542  normal  0.152054 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2560  hypothetical protein  45.33 
 
 		 789 aa  582  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2736  hypothetical protein  38.65 
 
 		 752 aa  429  1e-118  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2988  hypothetical protein  37.79 
 
 		 735 aa  420  1e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0801122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2698  putative transporter  40.37 
 
 		 744 aa  409  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0745  hypothetical protein  33.24 
 
 		 705 aa  363  6e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0726  hypothetical protein  33.11 
 
 		 705 aa  362  2e-98  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1694  integral membrane protein-like  34.76 
 
 		 678 aa  342  2e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0225851  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0123  integral membrane protein-like protein  32.9 
 
 		 752 aa  321  3e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.377  normal  0.313972 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1508  integral membrane protein-like  32.57 
 
 		 674 aa  285  3.0000000000000004e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0141137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0691  hypothetical protein  33.98 
 
 		 791 aa  177  8e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140408  normal  0.176314 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0459  integral membrane protein-like protein  37.25 
 
 		 681 aa  144  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2138  hypothetical protein  31.15 
 
 		 533 aa  67.4  0.0000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0641622  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3006  hypothetical protein  32.56 
 
 		 500 aa  62.8  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.328168  normal  0.0524757 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1226  hypothetical protein  28.08 
 
 		 517 aa  58.9  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0371  hypothetical protein  31.62 
 
 		 517 aa  58.5  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0899  Spermine synthase  33.04 
 
 		 248 aa  57  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4320  spermine/spermidine synthase family protein  33.64 
 
 		 311 aa  57.4  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0842  Spermine synthase  33.02 
 
 		 541 aa  55.8  0.000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0936  Spermine synthase  32.76 
 
 		 516 aa  55.8  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1135  spermine synthase  35.48 
 
 		 558 aa  55.1  0.000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0187668 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0442  hypothetical protein  30.77 
 
 		 517 aa  52.4  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150974 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2255  hypothetical protein  34.34 
 
 		 492 aa  52.4  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2245  hypothetical protein  30.07 
 
 		 262 aa  51.6  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000444033 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1704  spermidine synthase-like protein  28.35 
 
 		 287 aa  51.6  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.406029  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1561  Spermine synthase  31.36 
 
 		 502 aa  50.8  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.298841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2030  Spermine synthase  39.53 
 
 		 510 aa  50.8  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3843  spermidine synthase-like protein  32.61 
 
 		 544 aa  50.4  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7524  putative spermidine synthase (methyl transferase)  34.88 
 
 		 307 aa  50.4  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3004  Spermine synthase  34.18 
 
 		 551 aa  49.7  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3177  spermidine synthase-like protein  34.09 
 
 		 548 aa  48.5  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1355  Spermidine synthase-like protein  29.47 
 
 		 332 aa  48.1  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2904  spermidine synthase-like protein  34.83 
 
 		 551 aa  47  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4192  hypothetical protein  27.87 
 
 		 516 aa  46.2  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.216811  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2075  Spermidine synthase-like protein  30.23 
 
 		 287 aa  45.4  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000156685  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5354  hypothetical protein  27.8 
 
 		 514 aa  45.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1429  Methyltransferase type 12  32.46 
 
 		 268 aa  45.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.303703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0932  spermidine synthase-like protein  31.58 
 
 		 551 aa  44.7  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.624044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7684  hypothetical protein  32.65 
 
 		 273 aa  44.7  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4101  spermidine synthase-like  22.95 
 
 		 471 aa  44.7  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1526  hypothetical protein  30.25 
 
 		 296 aa  44.3  0.008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00973426 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>