75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3009 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3009  NnrU  100 
 
 		 194 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779568  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2444  NnrU  89.18 
 
 		 194 aa  332  3e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3509  NnrUfamily protein  81.96 
 
 		 194 aa  314  4e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2275  NnrU  76.29 
 
 		 194 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00915221  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1682  NnrU  63.92 
 
 		 194 aa  247  8e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262721  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3770  hypothetical protein  64.21 
 
 		 191 aa  226  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2025  NnrU  62.43 
 
 		 189 aa  219  9.999999999999999e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.813073 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1443  NnrU family protein  54.69 
 
 		 188 aa  187  7e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.855742 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4411  NnrUfamily protein  52.33 
 
 		 201 aa  170  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4041  NnrU family protein  52.33 
 
 		 201 aa  170  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  0.491224 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3792  NnrUfamily protein  48.4 
 
 		 190 aa  169  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4523  NnrUfamily protein  51.81 
 
 		 201 aa  167  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.594059  normal  0.562518 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4623  NnrUfamily protein  51.67 
 
 		 197 aa  151  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125024  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3888  NnrU family protein  47.57 
 
 		 203 aa  151  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0506193 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2606  NnrU family protein  51.11 
 
 		 197 aa  150  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4512  NnrU family protein  43.45 
 
 		 195 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0981714 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0531  NnrU-like protein  40.43 
 
 		 189 aa  125  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2848  NnrU family protein  39.27 
 
 		 194 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0380559  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3117  NnrUfamily protein  37.7 
 
 		 194 aa  123  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.914249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1240  NnrU family protein  38.54 
 
 		 199 aa  121  6e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0988023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1757  hypothetical protein  41.24 
 
 		 300 aa  117  7e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63393  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0006  NnrU  40.61 
 
 		 192 aa  116  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.23902  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3305  hypothetical protein  40.62 
 
 		 201 aa  115  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.129795  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0839  hypothetical protein  39.18 
 
 		 194 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0055  hypothetical protein  43.46 
 
 		 192 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.402029  normal  0.104076 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2220  hypothetical protein  39.18 
 
 		 284 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.049267  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0061  hypothetical protein  39.18 
 
 		 289 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.71603  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4856  NnrU family protein  37.17 
 
 		 192 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486506  normal  0.0137655 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4339  NnrU family protein  36.65 
 
 		 192 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299615  hitchhiker  0.000380877 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0785  membrane protein, NnrU-like  37.17 
 
 		 192 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518378  normal  0.183308 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4908  NnrU family protein  37.17 
 
 		 192 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.927318 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3458  NnrU  37.17 
 
 		 192 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.171473  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5378  NnrU family protein  37.17 
 
 		 192 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138682  normal  0.104917 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0702  NnrU  38.69 
 
 		 189 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.970605  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0338  NnrU family protein  47.52 
 
 		 192 aa  105  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1389  hypothetical protein  39.46 
 
 		 185 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5584  NnrU family protein  37.5 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.14562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1433  NnrUfamily protein  37.5 
 
 		 193 aa  103  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3706  NnrU family protein  35.6 
 
 		 192 aa  103  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0997157  normal  0.891439 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0878  NnrU protein  39.18 
 
 		 194 aa  99  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1196  NnrU family protein  38.71 
 
 		 185 aa  99  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.532223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0055  NnrU family protein  39.88 
 
 		 193 aa  98.2  7e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0970  NnrU protein  39.18 
 
 		 298 aa  97.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0008  NnrU  41.42 
 
 		 192 aa  94.4  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3521  NnrU  34.3 
 
 		 182 aa  94  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.401542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2487  NnrU family protein  32.14 
 
 		 186 aa  92.4  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000240954  hitchhiker  0.0000884748 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1382  NnrU family protein  32.11 
 
 		 193 aa  90.9  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0010108  normal  0.781737 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0005  NnrU family protein  38.62 
 
 		 191 aa  87.8  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.977134  normal  0.174949 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2873  putative NnrU protein  34.81 
 
 		 187 aa  86.7  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0083  NnrU family protein  35.47 
 
 		 184 aa  81.3  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0971  hypothetical protein  33.92 
 
 		 184 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2631  NnrU family protein  33.92 
 
 		 184 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2392  putative membrane protein, periplasmic nitrate reductase NnuR  33.52 
 
 		 185 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1056  NnrU family protein  32.58 
 
 		 185 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.12603  normal  0.202092 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1880  NnrU family protein  33.52 
 
 		 196 aa  74.7  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6222  denitrification regulatory protein  27.11 
 
 		 237 aa  71.6  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760958  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0564  NnrU family protein  33.11 
 
 		 183 aa  67.4  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0844021 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0540  NnrU family protein  29.3 
 
 		 258 aa  64.7  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2109  NnrUfamily protein  29.73 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.262467  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3577  NnrU family protein  27.74 
 
 		 234 aa  61.2  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0744833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1672  NnrUfamily protein  29.33 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0498  hypothetical protein  28.89 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0976  NnrU family protein  25.46 
 
 		 231 aa  55.1  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.448388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4038  NnrU  29.14 
 
 		 242 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0912478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0815  NnrU  43.4 
 
 		 187 aa  53.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6294  NnrU family protein  27.78 
 
 		 228 aa  52.4  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1234  NnrU  29.73 
 
 		 238 aa  51.2  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137304  hitchhiker  0.000000439866 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3443  NnrU family protein  29.66 
 
 		 229 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.276248  decreased coverage  0.000167017 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1963  NnrU family protein  30 
 
 		 231 aa  49.3  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.867281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2577  NnrU family protein  28.57 
 
 		 230 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0822572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0318  hypothetical protein  29.29 
 
 		 231 aa  48.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0957  NnrU  27.74 
 
 		 233 aa  47.4  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2728  NnrU  32.17 
 
 		 226 aa  47  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.17336  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2334  NnrU family protein  35.25 
 
 		 169 aa  45.8  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0549037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3792  NnrU  31.79 
 
 		 230 aa  45.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.252316 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>