69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0564 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0564  NnrU family protein  100 
 
 		 183 aa  357  4e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0844021 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0815  NnrU  57.07 
 
 		 187 aa  180  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2873  putative NnrU protein  53.01 
 
 		 187 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0083  NnrU family protein  50.54 
 
 		 184 aa  159  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3521  NnrU  49.46 
 
 		 182 aa  154  6e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.401542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2631  NnrU family protein  44.57 
 
 		 184 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0971  hypothetical protein  44.57 
 
 		 184 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1880  NnrU family protein  38.25 
 
 		 196 aa  122  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1056  NnrU family protein  38.8 
 
 		 185 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.12603  normal  0.202092 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2392  putative membrane protein, periplasmic nitrate reductase NnuR  38.8 
 
 		 185 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2487  NnrU family protein  35.95 
 
 		 186 aa  94.7  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000240954  hitchhiker  0.0000884748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3770  hypothetical protein  35.71 
 
 		 191 aa  78.2  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0785  membrane protein, NnrU-like  32.99 
 
 		 192 aa  77.4  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518378  normal  0.183308 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3706  NnrU family protein  31.61 
 
 		 192 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0997157  normal  0.891439 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1682  NnrU  32.22 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262721  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4523  NnrUfamily protein  37.16 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.594059  normal  0.562518 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3509  NnrUfamily protein  29.74 
 
 		 194 aa  73.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1389  hypothetical protein  27.75 
 
 		 185 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4339  NnrU family protein  32.12 
 
 		 192 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299615  hitchhiker  0.000380877 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2275  NnrU  32.56 
 
 		 194 aa  72.4  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00915221  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4041  NnrU family protein  37.84 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  0.491224 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4411  NnrUfamily protein  37.84 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4512  NnrU family protein  34.42 
 
 		 195 aa  72  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0981714 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2444  NnrU  33.14 
 
 		 194 aa  69.7  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0338  NnrU family protein  35.42 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4856  NnrU family protein  30.57 
 
 		 192 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486506  normal  0.0137655 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3458  NnrU  33.68 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.171473  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0702  NnrU  32.39 
 
 		 189 aa  68.6  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.970605  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4908  NnrU family protein  33.68 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.927318 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5378  NnrU family protein  33.68 
 
 		 192 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138682  normal  0.104917 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0839  hypothetical protein  33.33 
 
 		 194 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1443  NnrU family protein  28.28 
 
 		 188 aa  67.8  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.855742 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0061  hypothetical protein  33.33 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.71603  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2220  hypothetical protein  33.68 
 
 		 284 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.049267  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0531  NnrU-like protein  32.98 
 
 		 189 aa  66.6  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1757  hypothetical protein  34.38 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63393  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2025  NnrU  32 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.813073 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3792  NnrUfamily protein  30.81 
 
 		 190 aa  65.5  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2848  NnrU family protein  30.65 
 
 		 194 aa  64.7  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0380559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0055  hypothetical protein  33.84 
 
 		 192 aa  64.3  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.402029  normal  0.104076 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3009  NnrU  31.4 
 
 		 194 aa  64.3  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779568  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3117  NnrUfamily protein  28.28 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.914249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1433  NnrUfamily protein  36.3 
 
 		 193 aa  62.8  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3305  hypothetical protein  28.42 
 
 		 201 aa  62  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.129795  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1240  NnrU family protein  31.67 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0988023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3888  NnrU family protein  31.87 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0506193 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1382  NnrU family protein  30.82 
 
 		 193 aa  59.7  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0010108  normal  0.781737 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6222  denitrification regulatory protein  45.45 
 
 		 237 aa  54.7  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760958  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2606  NnrU family protein  48 
 
 		 197 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0878  NnrU protein  33.33 
 
 		 194 aa  52.8  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0006  NnrU  32.88 
 
 		 192 aa  52.8  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.23902  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4623  NnrUfamily protein  48 
 
 		 197 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125024  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3443  NnrU family protein  35.56 
 
 		 229 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.276248  decreased coverage  0.000167017 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5584  NnrU family protein  27.38 
 
 		 192 aa  51.2  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.14562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0970  NnrU protein  33.33 
 
 		 298 aa  50.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2109  NnrUfamily protein  53.49 
 
 		 230 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.262467  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6294  NnrU family protein  52.27 
 
 		 228 aa  48.5  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2577  NnrU family protein  50 
 
 		 230 aa  47.8  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0822572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1234  NnrU  47.46 
 
 		 238 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137304  hitchhiker  0.000000439866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0540  NnrU family protein  31.88 
 
 		 258 aa  47  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1196  NnrU family protein  28.03 
 
 		 185 aa  45.4  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.532223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0008  NnrU  48.89 
 
 		 192 aa  45.1  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1672  NnrUfamily protein  46.81 
 
 		 230 aa  44.7  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0498  hypothetical protein  32.14 
 
 		 226 aa  43.9  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4038  NnrU  42.11 
 
 		 242 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0912478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0005  NnrU family protein  31.21 
 
 		 191 aa  43.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.977134  normal  0.174949 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0318  hypothetical protein  35.63 
 
 		 231 aa  42  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0976  NnrU family protein  60 
 
 		 231 aa  41.6  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.448388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1963  NnrU family protein  35.63 
 
 		 231 aa  40.8  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.867281  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>