81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6222 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6222  denitrification regulatory protein  100 
 
 		 237 aa  466  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760958  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6294  NnrU family protein  48 
 
 		 228 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2109  NnrUfamily protein  47.85 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.262467  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3443  NnrU family protein  47.27 
 
 		 229 aa  175  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.276248  decreased coverage  0.000167017 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2577  NnrU family protein  49.53 
 
 		 230 aa  159  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0822572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4038  NnrU  39.29 
 
 		 242 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0912478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1672  NnrUfamily protein  38.78 
 
 		 230 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3577  NnrU family protein  34.36 
 
 		 234 aa  123  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0744833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1234  NnrU  35.56 
 
 		 238 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137304  hitchhiker  0.000000439866 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0498  hypothetical protein  35.53 
 
 		 226 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3792  NnrU  35.96 
 
 		 230 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.252316 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0976  NnrU family protein  34.88 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.448388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0540  NnrU family protein  36.84 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1963  NnrU family protein  33.49 
 
 		 231 aa  96.7  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.867281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0318  hypothetical protein  33.49 
 
 		 231 aa  92.8  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3305  hypothetical protein  30 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.129795  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2444  NnrU  27.68 
 
 		 194 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2728  NnrU  36.69 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.17336  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3770  hypothetical protein  29.94 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4739  putative MFS superfamily permease  30.98 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0110398  normal  0.189563 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2079  NnrUfamily protein  32 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.520546 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3509  NnrUfamily protein  25.78 
 
 		 194 aa  71.6  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0162  NnrU  29.61 
 
 		 226 aa  69.3  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1196  NnrU family protein  31.29 
 
 		 185 aa  68.6  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.532223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2275  NnrU  26.79 
 
 		 194 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00915221  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2848  NnrU family protein  25.55 
 
 		 194 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0380559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3009  NnrU  26.34 
 
 		 194 aa  65.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779568  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1389  hypothetical protein  25.35 
 
 		 185 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3792  NnrUfamily protein  27.59 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3117  NnrUfamily protein  24.11 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.914249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4512  NnrU family protein  24.27 
 
 		 195 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0981714 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1382  NnrU family protein  26.46 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0010108  normal  0.781737 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0957  NnrU  28.95 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3888  NnrU family protein  25.84 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0506193 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4041  NnrU family protein  22.54 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  0.491224 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0531  NnrU-like protein  28.05 
 
 		 189 aa  58.2  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4411  NnrUfamily protein  21.97 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1240  NnrU family protein  28.06 
 
 		 199 aa  57  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0988023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3706  NnrU family protein  26.86 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0997157  normal  0.891439 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3165  NnrUfamily protein  29.09 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4856  NnrU family protein  25.31 
 
 		 192 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486506  normal  0.0137655 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2487  NnrU family protein  26.21 
 
 		 186 aa  54.7  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000240954  hitchhiker  0.0000884748 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4339  NnrU family protein  25.93 
 
 		 192 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299615  hitchhiker  0.000380877 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5378  NnrU family protein  26.86 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138682  normal  0.104917 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0564  NnrU family protein  43.33 
 
 		 183 aa  54.3  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0844021 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4908  NnrU family protein  26.86 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.927318 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3458  NnrU  26.86 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.171473  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0083  NnrU family protein  32.86 
 
 		 184 aa  53.5  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5584  NnrU family protein  30.65 
 
 		 192 aa  53.1  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.14562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0785  membrane protein, NnrU-like  25.93 
 
 		 192 aa  53.1  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518378  normal  0.183308 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0055  hypothetical protein  24 
 
 		 192 aa  52.8  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.402029  normal  0.104076 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4623  NnrUfamily protein  30.2 
 
 		 197 aa  52.4  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125024  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4523  NnrUfamily protein  21.39 
 
 		 201 aa  52  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.594059  normal  0.562518 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2025  NnrU  27.49 
 
 		 189 aa  51.6  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.813073 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2010  NnrU  26.98 
 
 		 237 aa  52  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.491604 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1443  NnrU family protein  22.04 
 
 		 188 aa  51.2  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.855742 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1682  NnrU  26.27 
 
 		 194 aa  51.6  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262721  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01631  hypothetical protein  26.83 
 
 		 245 aa  50.1  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.763625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2631  NnrU family protein  30 
 
 		 184 aa  50.1  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0061  hypothetical protein  26.38 
 
 		 289 aa  50.1  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.71603  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0971  hypothetical protein  30 
 
 		 184 aa  50.1  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0702  NnrU  25.59 
 
 		 189 aa  49.7  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.970605  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1757  hypothetical protein  26.38 
 
 		 300 aa  49.7  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63393  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2220  hypothetical protein  26.38 
 
 		 284 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.049267  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1433  NnrUfamily protein  26.22 
 
 		 193 aa  48.9  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0008  NnrU  25.49 
 
 		 192 aa  49.3  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2334  NnrU family protein  30.13 
 
 		 169 aa  48.5  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0549037  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0839  hypothetical protein  26.22 
 
 		 194 aa  48.5  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0006  NnrU  28.75 
 
 		 192 aa  48.5  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.23902  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0147  NnrUfamily protein  27.75 
 
 		 238 aa  47.4  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1748  NnrU  32.43 
 
 		 238 aa  47  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.493483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3521  NnrU  35.38 
 
 		 182 aa  44.7  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.401542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2399  hypothetical protein  34.12 
 
 		 243 aa  45.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26691  hypothetical protein  37.04 
 
 		 278 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0338  NnrU family protein  25.95 
 
 		 192 aa  43.1  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02201  hypothetical protein  30.59 
 
 		 248 aa  43.5  0.003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.348814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1979  membrane protein-like  27.49 
 
 		 240 aa  42.7  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.460955  normal  0.262447 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0460  NnrUfamily protein  25.62 
 
 		 238 aa  42.7  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0970  NnrU protein  26.43 
 
 		 298 aa  42  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1514  hypothetical protein  29.41 
 
 		 248 aa  42  0.008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2606  NnrU family protein  25.5 
 
 		 197 aa  42  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>