51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2334 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2334  NnrU family protein  100 
 
 		 169 aa  313  8e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0549037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1234  NnrU  40.35 
 
 		 238 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137304  hitchhiker  0.000000439866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4038  NnrU  39.65 
 
 		 242 aa  107  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0912478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1672  NnrUfamily protein  42.86 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3792  NnrU  39.21 
 
 		 230 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.252316 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0976  NnrU family protein  37.18 
 
 		 231 aa  91.7  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.448388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1963  NnrU family protein  45 
 
 		 231 aa  91.3  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.867281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0318  hypothetical protein  45 
 
 		 231 aa  90.9  8e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0540  NnrU family protein  41.1 
 
 		 258 aa  85.9  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2728  NnrU  36.62 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.17336  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3443  NnrU family protein  46.71 
 
 		 229 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.276248  decreased coverage  0.000167017 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6294  NnrU family protein  32.65 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2109  NnrUfamily protein  40 
 
 		 230 aa  67.8  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.262467  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6222  denitrification regulatory protein  31.11 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760958  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2444  NnrU  33.55 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3009  NnrU  35.25 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779568  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2848  NnrU family protein  32.79 
 
 		 194 aa  54.7  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0380559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1389  hypothetical protein  29.07 
 
 		 185 aa  53.9  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1682  NnrU  34.11 
 
 		 194 aa  53.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262721  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2275  NnrU  33.33 
 
 		 194 aa  53.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00915221  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2606  NnrU family protein  38.58 
 
 		 197 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4623  NnrUfamily protein  38.46 
 
 		 197 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125024  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0498  hypothetical protein  29.6 
 
 		 226 aa  52.8  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3509  NnrUfamily protein  32.87 
 
 		 194 aa  51.6  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3117  NnrUfamily protein  33.33 
 
 		 194 aa  51.6  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.914249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0006  NnrU  33.16 
 
 		 192 aa  50.8  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.23902  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1240  NnrU family protein  31.61 
 
 		 199 aa  50.8  0.000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0988023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3770  hypothetical protein  33.57 
 
 		 191 aa  50.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3305  hypothetical protein  34.12 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.129795  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2025  NnrU  32.8 
 
 		 189 aa  50.4  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.813073 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4411  NnrUfamily protein  31.3 
 
 		 201 aa  48.5  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1443  NnrU family protein  32.6 
 
 		 188 aa  48.9  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.855742 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4041  NnrU family protein  31.3 
 
 		 201 aa  48.1  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  0.491224 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3458  NnrU  29.57 
 
 		 192 aa  47.8  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.171473  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4908  NnrU family protein  29.57 
 
 		 192 aa  47.8  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.927318 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5378  NnrU family protein  29.57 
 
 		 192 aa  47.8  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.138682  normal  0.104917 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3792  NnrUfamily protein  27.07 
 
 		 190 aa  45.8  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4856  NnrU family protein  30.65 
 
 		 192 aa  45.1  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486506  normal  0.0137655 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4523  NnrUfamily protein  30.53 
 
 		 201 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.594059  normal  0.562518 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3577  NnrU family protein  26.91 
 
 		 234 aa  44.3  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0744833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3888  NnrU family protein  30.4 
 
 		 203 aa  43.9  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0506193 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4339  NnrU family protein  30.11 
 
 		 192 aa  43.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299615  hitchhiker  0.000380877 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1382  NnrU family protein  31.03 
 
 		 193 aa  43.1  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0010108  normal  0.781737 
 
 
-
 
NC_002936  DET0102  molybdopterin oxidoreductase, membrane subunit, putative  30.77 
 
 		 393 aa  42.4  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.757619  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2577  NnrU family protein  39.22 
 
 		 230 aa  42.4  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0822572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0785  membrane protein, NnrU-like  30.65 
 
 		 192 aa  42  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518378  normal  0.183308 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3521  NnrU  33.78 
 
 		 182 aa  41.6  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.401542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0055  hypothetical protein  37.78 
 
 		 192 aa  40.8  0.008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.402029  normal  0.104076 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1196  NnrU family protein  29.77 
 
 		 185 aa  40.8  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.532223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0083  NnrU family protein  34.19 
 
 		 184 aa  40.8  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1880  NnrU family protein  29.93 
 
 		 196 aa  40.4  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316868  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>