55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0540 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0540  NnrU family protein  100 
 
 		 258 aa  501  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1234  NnrU  49.79 
 
 		 238 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137304  hitchhiker  0.000000439866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4038  NnrU  48.72 
 
 		 242 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0912478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1672  NnrUfamily protein  48.25 
 
 		 230 aa  178  7e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3792  NnrU  48.68 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.252316 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0318  hypothetical protein  44.54 
 
 		 231 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0976  NnrU family protein  44.21 
 
 		 231 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.448388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1963  NnrU family protein  43.72 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.867281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6222  denitrification regulatory protein  36.84 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760958  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6294  NnrU family protein  38.6 
 
 		 228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2109  NnrUfamily protein  42.01 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.262467  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3443  NnrU family protein  45.6 
 
 		 229 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.276248  decreased coverage  0.000167017 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0498  hypothetical protein  34.68 
 
 		 226 aa  99.4  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3577  NnrU family protein  33.63 
 
 		 234 aa  95.5  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0744833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2728  NnrU  33.8 
 
 		 226 aa  93.6  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.17336  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2577  NnrU family protein  42.54 
 
 		 230 aa  89  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0822572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2334  NnrU family protein  41.1 
 
 		 169 aa  68.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0549037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3009  NnrU  26.7 
 
 		 194 aa  65.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779568  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2444  NnrU  26.79 
 
 		 194 aa  65.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3792  NnrUfamily protein  30.28 
 
 		 190 aa  64.7  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3117  NnrUfamily protein  28.96 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.914249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3509  NnrUfamily protein  26.67 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2848  NnrU family protein  29.61 
 
 		 194 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0380559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2275  NnrU  26.34 
 
 		 194 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00915221  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4411  NnrUfamily protein  31.29 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4041  NnrU family protein  31.29 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  0.491224 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4523  NnrUfamily protein  31.29 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.594059  normal  0.562518 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0162  NnrU  27.64 
 
 		 226 aa  58.5  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2079  NnrUfamily protein  32.2 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.520546 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0957  NnrU  26.58 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3305  hypothetical protein  29.36 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.129795  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4739  putative MFS superfamily permease  28.8 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0110398  normal  0.189563 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3888  NnrU family protein  32.68 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0506193 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1196  NnrU family protein  27.14 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.532223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3770  hypothetical protein  26.38 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2873  putative NnrU protein  38.83 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1389  hypothetical protein  26.79 
 
 		 185 aa  53.1  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2606  NnrU family protein  35.58 
 
 		 197 aa  52.8  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0702  NnrU  30.73 
 
 		 189 aa  52.8  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.970605  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0531  NnrU-like protein  27.6 
 
 		 189 aa  51.6  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4623  NnrUfamily protein  34.82 
 
 		 197 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125024  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0006  NnrU  46.3 
 
 		 192 aa  51.6  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.23902  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0055  hypothetical protein  31.33 
 
 		 192 aa  50.8  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.402029  normal  0.104076 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1382  NnrU family protein  24.24 
 
 		 193 aa  51.2  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0010108  normal  0.781737 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1682  NnrU  23.21 
 
 		 194 aa  49.3  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262721  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3521  NnrU  31.9 
 
 		 182 aa  48.9  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.401542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2487  NnrU family protein  25.37 
 
 		 186 aa  48.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000240954  hitchhiker  0.0000884748 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1443  NnrU family protein  38 
 
 		 188 aa  48.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.855742 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4512  NnrU family protein  38.1 
 
 		 195 aa  47  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0981714 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0564  NnrU family protein  31.88 
 
 		 183 aa  47.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0844021 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5584  NnrU family protein  27.46 
 
 		 192 aa  46.6  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.14562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0338  NnrU family protein  27.56 
 
 		 192 aa  45.4  0.0009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0008  NnrU  41.82 
 
 		 192 aa  44.7  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0083  NnrU family protein  46.67 
 
 		 184 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2025  NnrU  48.65 
 
 		 189 aa  43.5  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.813073 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>