54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3792 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3792  NnrU  100 
 
 		 230 aa  447  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.252316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4038  NnrU  80.87 
 
 		 242 aa  347  8e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0912478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1672  NnrUfamily protein  79.13 
 
 		 230 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1234  NnrU  69.16 
 
 		 238 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137304  hitchhiker  0.000000439866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0540  NnrU family protein  48.68 
 
 		 258 aa  178  4.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0976  NnrU family protein  45.45 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.448388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1963  NnrU family protein  44.35 
 
 		 231 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.867281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0318  hypothetical protein  44.35 
 
 		 231 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2109  NnrUfamily protein  51.12 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.262467  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6294  NnrU family protein  44.44 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3443  NnrU family protein  48.69 
 
 		 229 aa  141  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.276248  decreased coverage  0.000167017 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6222  denitrification regulatory protein  35.4 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.760958  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2577  NnrU family protein  46.03 
 
 		 230 aa  122  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0822572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3577  NnrU family protein  35 
 
 		 234 aa  114  8.999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0744833  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0498  hypothetical protein  34.84 
 
 		 226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2728  NnrU  37.55 
 
 		 226 aa  98.6  7e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.17336  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2079  NnrUfamily protein  39.13 
 
 		 230 aa  94.7  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.520546 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2334  NnrU family protein  39.65 
 
 		 169 aa  87.8  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0549037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4739  putative MFS superfamily permease  34.24 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0110398  normal  0.189563 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0957  NnrU  33.16 
 
 		 233 aa  74.3  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3117  NnrUfamily protein  29.82 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.914249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2848  NnrU family protein  30.09 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0380559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0162  NnrU  32.43 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3509  NnrUfamily protein  29.71 
 
 		 194 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1389  hypothetical protein  29.57 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3009  NnrU  32 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779568  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4523  NnrUfamily protein  31.65 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.594059  normal  0.562518 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3792  NnrUfamily protein  27.19 
 
 		 190 aa  58.2  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.762329 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4041  NnrU family protein  29.78 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  0.491224 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4411  NnrUfamily protein  29.33 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2444  NnrU  26.74 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3770  hypothetical protein  29.14 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2606  NnrU family protein  27.98 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.198292 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3888  NnrU family protein  30.59 
 
 		 203 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0506193 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3305  hypothetical protein  27.01 
 
 		 201 aa  54.3  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.129795  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0006  NnrU  27.27 
 
 		 192 aa  51.6  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.23902  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4623  NnrUfamily protein  26.61 
 
 		 197 aa  48.5  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125024  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1682  NnrU  25 
 
 		 194 aa  48.5  0.00009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262721  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0564  NnrU family protein  55.32 
 
 		 183 aa  47.8  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0844021 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1382  NnrU family protein  30.36 
 
 		 193 aa  47.4  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0010108  normal  0.781737 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2275  NnrU  25.33 
 
 		 194 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00915221  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2487  NnrU family protein  22.75 
 
 		 186 aa  46.2  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000240954  hitchhiker  0.0000884748 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0971  hypothetical protein  42 
 
 		 184 aa  45.8  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2631  NnrU family protein  42 
 
 		 184 aa  45.8  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4512  NnrU family protein  27.05 
 
 		 195 aa  45.4  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0981714 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0083  NnrU family protein  43.75 
 
 		 184 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2025  NnrU  26.04 
 
 		 189 aa  43.9  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.813073 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1433  NnrUfamily protein  31.71 
 
 		 193 aa  43.1  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0338  NnrU family protein  28.57 
 
 		 192 aa  43.5  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0785  membrane protein, NnrU-like  29.52 
 
 		 192 aa  43.5  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518378  normal  0.183308 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0531  NnrU-like protein  28.69 
 
 		 189 aa  42.7  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1443  NnrU family protein  25.62 
 
 		 188 aa  42.4  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.855742 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2010  NnrU  26.42 
 
 		 237 aa  42  0.008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.491604 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0055  hypothetical protein  31.58 
 
 		 192 aa  42  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.402029  normal  0.104076 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>