More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0741 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3311  circadian clock protein KaiC  73.65 
 
 		 570 aa  791    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.140965 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3984  circadian clock protein KaiC  75.36 
 
 		 570 aa  816    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.612648  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2542  circadian clock protein KaiC  72.64 
 
 		 560 aa  827    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0741  circadian clock protein KaiC  100 
 
 		 562 aa  1139    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0009  circadian clock protein KaiC  84.5 
 
 		 563 aa  961    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.310441  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6554  circadian clock protein KaiC  58.03 
 
 		 584 aa  638    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.242881 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2967  circadian clock protein KaiC  57.32 
 
 		 562 aa  604  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4341  circadian clock protein KaiC  53.96 
 
 		 574 aa  595  1e-169  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.213757  hitchhiker  0.00291063 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1884  putative circadian clock protein, KaiC  51.9 
 
 		 569 aa  596  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.780487  normal  0.628661 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4591  circadian clock protein KaiC  60.71 
 
 		 567 aa  594  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.277881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4110  circadian clock protein KaiC  60.91 
 
 		 575 aa  593  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4478  circadian clock protein KaiC  60.91 
 
 		 575 aa  593  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.79331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1484  circadian clock protein KaiC  53.77 
 
 		 573 aa  578  1e-164  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0275855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1663  circadian clock protein KaiC  52.89 
 
 		 574 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.455072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4008  circadian clock protein KaiC  51.12 
 
 		 559 aa  569  1e-161  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.376445  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3120  putative circadian clock protein, KaiC  51.34 
 
 		 575 aa  565  1e-160  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.374294  normal  0.928661 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1361  circadian clock protein KaiC  49.81 
 
 		 565 aa  493  9.999999999999999e-139  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.438271  hitchhiker  0.000777387 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0348  circadian clock protein KaiC  36.9 
 
 		 528 aa  336  5.999999999999999e-91  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1216  circadian clock protein KaiC  38.38 
 
 		 519 aa  333  4e-90  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4293  circadian clock protein KaiC  37.06 
 
 		 521 aa  333  5e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.143998 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4231  circadian clock protein KaiC  37.06 
 
 		 521 aa  333  5e-90  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4356  circadian clock protein KaiC  38.66 
 
 		 509 aa  333  7.000000000000001e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.118548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0599  circadian clock protein KaiC  36.18 
 
 		 520 aa  332  2e-89  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2124  circadian clock protein KaiC  36.8 
 
 		 512 aa  331  2e-89  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0996897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1440  circadian clock protein KaiC  37.71 
 
 		 498 aa  332  2e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15431  circadian clock protein KaiC  37.92 
 
 		 509 aa  331  2e-89  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15281  circadian clock protein KaiC  37.92 
 
 		 509 aa  331  3e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.788871  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0549  circadian clock protein KaiC  36.6 
 
 		 512 aa  329  9e-89  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.131026  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05441  circadian clock protein KaiC  37.68 
 
 		 488 aa  328  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3805  circadian clock protein KaiC  35.59 
 
 		 519 aa  327  2.0000000000000001e-88  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.953262  normal  0.0822222 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4148  circadian clock protein KaiC  38.83 
 
 		 510 aa  328  2.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0860299 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2228  putative circadian clock protein, KaiC  40.13 
 
 		 484 aa  327  3e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1116  circadian clock protein KaiC  34.98 
 
 		 550 aa  326  7e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15031  circadian clock protein KaiC  36.67 
 
 		 509 aa  326  9e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.202998  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3359  circadian clock protein KaiC  38.41 
 
 		 510 aa  323  6e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1016  circadian clock protein KaiC  36.55 
 
 		 519 aa  323  6e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.026109 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5077  putative circadian clock protein KaiC  36.8 
 
 		 514 aa  322  1.9999999999999998e-86  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.952613  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13961  circadian clock protein KaiC  36.38 
 
 		 512 aa  319  1e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.360169  normal  0.613548 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0913  circadian clock protein KaiC  36.25 
 
 		 500 aa  318  2e-85  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17691  circadian clock protein KaiC  36.04 
 
 		 500 aa  313  4.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.157021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0618  circadian clock protein KaiC  36.69 
 
 		 514 aa  301  2e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3006  circadian clock protein KaiC  34.76 
 
 		 506 aa  293  4e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3295  circadian clock protein KaiC  36.33 
 
 		 504 aa  292  1e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.67536  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3934  circadian clock protein KaiC  34.89 
 
 		 507 aa  289  1e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3983  circadian clock protein KaiC  34.89 
 
 		 507 aa  289  1e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0301115  normal  0.0187293 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6728  putative circadian clock protein, KaiC  32.07 
 
 		 474 aa  199  9e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1702  putative circadian clock protein, KaiC  28.23 
 
 		 499 aa  165  2.0000000000000002e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.197448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1657  putative circadian clock protein, KaiC  30 
 
 		 501 aa  162  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6530  putative circadian clock protein, KaiC  30.52 
 
 		 501 aa  162  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.283837  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5921  putative circadian clock protein, KaiC  29.38 
 
 		 502 aa  156  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.3624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2398  hypothetical protein  27.88 
 
 		 508 aa  155  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.381909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2353  putative circadian clock protein, KaiC  29.73 
 
 		 489 aa  154  5e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1808  circadian clock protein KaiC  26.84 
 
 		 454 aa  152  1e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5760  putative circadian clock protein, KaiC  28.22 
 
 		 496 aa  150  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2453  putative circadian clock protein, KaiC  27.65 
 
 		 478 aa  150  6e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1234  putative circadian clock protein, KaiC  27.47 
 
 		 518 aa  146  8.000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5577  non-specific serine/threonine protein kinase  28.13 
 
 		 500 aa  146  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15364  normal  0.116511 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3136  putative circadian clock protein, KaiC  27.92 
 
 		 498 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00540403  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5974  non-specific serine/threonine protein kinase  28.78 
 
 		 504 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.270987  normal  0.51709 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3435  putative circadian clock protein, KaiC  28.1 
 
 		 492 aa  143  8e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1030  Non-specific serine/threonine protein kinase  27.13 
 
 		 498 aa  140  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1297  putative circadian clock protein, KaiC  26.96 
 
 		 492 aa  140  7e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.551481  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2653  circadian clock protein KaiC  29.12 
 
 		 505 aa  139  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0671  putative circadian clock protein, KaiC  25.97 
 
 		 535 aa  138  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.492648 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6620  putative circadian clock protein, KaiC  29.8 
 
 		 497 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0689  putative circadian clock protein, KaiC  28.02 
 
 		 467 aa  137  4e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0019  non-specific serine/threonine protein kinase  30.37 
 
 		 520 aa  137  8e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0020  putative circadian clock protein, KaiC  30.17 
 
 		 520 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2944  putative circadian clock protein, KaiC  27.95 
 
 		 496 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00911179  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2451  KaiC  27.69 
 
 		 494 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.970563  hitchhiker  0.00417767 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1332  non-specific serine/threonine protein kinase  26.8 
 
 		 502 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723068 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3030  Non-specific serine/threonine protein kinase  28.18 
 
 		 497 aa  133  9e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.470915  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1691  KaiC  33.75 
 
 		 259 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.601669  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3032  putative circadian clock protein, KaiC  25.97 
 
 		 483 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0039  putative circadian clock protein, KaiC  30.72 
 
 		 505 aa  131  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0424208 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4712  non-specific serine/threonine protein kinase  28.92 
 
 		 507 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2718  hypothetical protein  27.48 
 
 		 494 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150479  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0067  putative circadian clock protein, KaiC  26.94 
 
 		 532 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.643949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2779  Non-specific serine/threonine protein kinase  27.38 
 
 		 504 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2609  hypothetical protein  28.78 
 
 		 505 aa  127  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1513  KaiC  26.57 
 
 		 459 aa  124  6e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00132783  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1138  putative circadian clock protein, KaiC  25.36 
 
 		 482 aa  123  9e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.860477  normal  0.0108343 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2044  Non-specific serine/threonine protein kinase  27.76 
 
 		 503 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.174274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0135  putative circadian clock protein, KaiC  29.08 
 
 		 506 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.034427 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2268  Non-specific serine/threonine protein kinase  26.36 
 
 		 503 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00960812  normal  0.0645307 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5757  putative circadian clock protein, KaiC  26.67 
 
 		 481 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.36007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1102  non-specific serine/threonine protein kinase  27.9 
 
 		 489 aa  115  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0466  Non-specific serine/threonine protein kinase  25.84 
 
 		 463 aa  114  5e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5730  Non-specific serine/threonine protein kinase  26.17 
 
 		 480 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4235  ATPase-like protein  51.22 
 
 		 171 aa  113  9e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147288 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0628  putative circadian clock protein, KaiC  25.81 
 
 		 492 aa  111  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60194  normal  0.0153191 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2238  putative circadian clock protein, KaiC  25.4 
 
 		 497 aa  109  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5592  hypothetical protein  26.64 
 
 		 480 aa  106  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0174  Non-specific serine/threonine protein kinase  25.16 
 
 		 461 aa  106  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0547  hypothetical protein  31.12 
 
 		 242 aa  105  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000268994  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0561  hypothetical protein  31.12 
 
 		 242 aa  105  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00523047  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1328  KaiC  25 
 
 		 482 aa  105  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3229  non-specific serine/threonine protein kinase  26.29 
 
 		 494 aa  105  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0483  putative circadian clock protein, KaiC  33.19 
 
 		 362 aa  104  4e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1389  putative circadian clock protein, KaiC  33.04 
 
 		 402 aa  101  4e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.201888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>