More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2958 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1644  lytic murein transglycosylase  76.72 
 
 		 407 aa  642    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2958  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 408 aa  830    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.141235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2811  lytic murein transglycosylase  83.7 
 
 		 405 aa  645    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.119364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2502  lytic murein transglycosylase  93.87 
 
 		 408 aa  767    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0535188  normal  0.354927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4006  putative membrane-bound lytic transglycosylase precursor protein, putative signal peptide  79.05 
 
 		 406 aa  650    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.883363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2790  lytic murein transglycosylase  83.58 
 
 		 409 aa  686    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0861684  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2304  lytic murein transglycosylase  75.74 
 
 		 407 aa  621  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0222996  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3846  lytic murein transglycosylase  58.99 
 
 		 416 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.977376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  44.01 
 
 		 417 aa  270  4e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  44.01 
 
 		 419 aa  269  5e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  41.58 
 
 		 429 aa  262  8.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  42.86 
 
 		 421 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  42.19 
 
 		 415 aa  258  9e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  41.03 
 
 		 427 aa  258  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4047  lytic murein transglycosylase  41.27 
 
 		 423 aa  254  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  38.17 
 
 		 443 aa  250  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  39.63 
 
 		 413 aa  250  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  40.9 
 
 		 438 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  39.21 
 
 		 418 aa  247  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  39.37 
 
 		 413 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  40.63 
 
 		 438 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  40.63 
 
 		 438 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  40.31 
 
 		 438 aa  243  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  38.19 
 
 		 451 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  40.37 
 
 		 438 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  38.02 
 
 		 404 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  38.5 
 
 		 445 aa  242  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  35.4 
 
 		 409 aa  241  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  37.83 
 
 		 412 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  38.85 
 
 		 455 aa  241  1e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  38.32 
 
 		 464 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  39.31 
 
 		 445 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  39.53 
 
 		 462 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0064  putative transglycosylase  36.1 
 
 		 412 aa  238  2e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  39.28 
 
 		 413 aa  237  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  37.5 
 
 		 424 aa  236  4e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  37.19 
 
 		 398 aa  237  4e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0286  lytic murein transglycosylase  36.07 
 
 		 474 aa  236  5.0000000000000005e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  36.97 
 
 		 398 aa  236  6e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  37.18 
 
 		 461 aa  236  6e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  38.01 
 
 		 464 aa  236  8e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  36.82 
 
 		 405 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  38.96 
 
 		 411 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2246  lytic murein transglycosylase  35.95 
 
 		 490 aa  233  3e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.27518 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  36.32 
 
 		 398 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  39.15 
 
 		 440 aa  233  6e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  37.07 
 
 		 407 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3727  lytic murein transglycosylase  37.47 
 
 		 405 aa  231  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1952  transglycolase  35.61 
 
 		 491 aa  231  3e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3314  lytic murein transglycosylase  36.53 
 
 		 407 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3356  lytic murein transglycosylase  38.05 
 
 		 430 aa  229  8e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  36.83 
 
 		 470 aa  229  9e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0333  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.86 
 
 		 418 aa  229  9e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  36.96 
 
 		 481 aa  229  9e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  37.24 
 
 		 469 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0070  transglycosylase, putative  35.61 
 
 		 408 aa  227  3e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.18416  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  38.22 
 
 		 454 aa  226  4e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  39.06 
 
 		 400 aa  225  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  36.43 
 
 		 417 aa  224  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0357  lytic murein transglycosylase  39.58 
 
 		 514 aa  224  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2740  lytic murein transglycosylase  37.24 
 
 		 407 aa  224  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.788715  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1972  lytic murein transglycosylase  38.04 
 
 		 486 aa  223  4e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000382948  normal  0.768189 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  38.48 
 
 		 417 aa  222  7e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2708  lytic murein transglycosylase  35.09 
 
 		 405 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.384305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  36.95 
 
 		 398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  36.63 
 
 		 398 aa  220  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  39.95 
 
 		 429 aa  220  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  36.77 
 
 		 448 aa  220  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  38.02 
 
 		 400 aa  220  3.9999999999999997e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  37.19 
 
 		 398 aa  219  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  36.51 
 
 		 448 aa  217  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  37.31 
 
 		 398 aa  217  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  39.36 
 
 		 418 aa  217  4e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  35.29 
 
 		 422 aa  216  5.9999999999999996e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  35.68 
 
 		 419 aa  215  9.999999999999999e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  36.87 
 
 		 438 aa  213  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  38.3 
 
 		 474 aa  211  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  36.6 
 
 		 425 aa  211  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  34.56 
 
 		 412 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  35.31 
 
 		 720 aa  210  3e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  34.31 
 
 		 439 aa  209  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  38.24 
 
 		 400 aa  208  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  38.3 
 
 		 393 aa  209  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  37.37 
 
 		 406 aa  208  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  36.81 
 
 		 430 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  37.76 
 
 		 470 aa  206  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_003296  RS03184  putative transglycosylase protein  37.5 
 
 		 390 aa  206  6e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0378496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  37.77 
 
 		 466 aa  206  6e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0167  lytic murein transglycosylase  36.49 
 
 		 445 aa  206  7e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000010193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  34.13 
 
 		 412 aa  206  9e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  38.03 
 
 		 393 aa  205  9e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  36.36 
 
 		 401 aa  205  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1902  lytic murein transglycosylase  35.19 
 
 		 435 aa  205  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  34.54 
 
 		 396 aa  204  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  35.86 
 
 		 434 aa  204  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  33.07 
 
 		 438 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0691  membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.42 
 
 		 434 aa  203  5e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000567211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0662  lytic murein transglycosylase  33.77 
 
 		 433 aa  202  7e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00608172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  33.07 
 
 		 411 aa  202  9e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  36.9 
 
 		 409 aa  201  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>