More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1767 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1767  prephenate dehydratase  100 
 
 		 284 aa  584  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3538  prephenate dehydratase  97.54 
 
 		 284 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4217  prephenate dehydratase  94.29 
 
 		 280 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.239434  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3732  prephenate dehydratase  89.05 
 
 		 286 aa  524  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7058  prephenate dehydratase  85.56 
 
 		 286 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0365  prephenate dehydratase  86.62 
 
 		 286 aa  510  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0285  prephenate dehydratase  84.51 
 
 		 286 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3356  prephenate dehydratase  69.93 
 
 		 288 aa  411  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.539085  normal  0.173573 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1620  prephenate dehydratase  67.96 
 
 		 284 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159121  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2629  prephenate dehydratase  69.57 
 
 		 286 aa  405  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.216997 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0511  prephenate dehydratase  70.71 
 
 		 284 aa  394  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3650  prephenate dehydratase  68.75 
 
 		 285 aa  381  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.243627  normal  0.169343 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4087  prephenate dehydratase  64.66 
 
 		 290 aa  382  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0418  Prephenate dehydratase  66.06 
 
 		 287 aa  374  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4403  prephenate dehydratase  61.87 
 
 		 284 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3428  prephenate dehydratase  61.92 
 
 		 284 aa  373  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0339  prephenate dehydratase  65.69 
 
 		 285 aa  373  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0384  Prephenate dehydratase  65.69 
 
 		 285 aa  373  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.020412  normal  0.492047 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4083  prephenate dehydratase  62.23 
 
 		 284 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3912  Prephenate dehydratase  66.79 
 
 		 288 aa  370  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0037  prephenate dehydratase  61.07 
 
 		 287 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.51728  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0037  prephenate dehydratase  61.07 
 
 		 287 aa  365  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.771092  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0018  prephenate dehydratase  61.43 
 
 		 287 aa  363  1e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0252  prephenate dehydratase  62.32 
 
 		 293 aa  362  3e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.396443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3606  Prephenate dehydratase  61.29 
 
 		 285 aa  349  3e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0653  prephenate dehydratase  60.73 
 
 		 280 aa  347  1e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1988  prephenate dehydratase  60.5 
 
 		 287 aa  344  1e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.630591  normal  0.549246 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0105  prephenate dehydratase  62.55 
 
 		 265 aa  342  2.9999999999999997e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0170  prephenate dehydratase  62.99 
 
 		 287 aa  342  5e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2951  prephenate dehydratase  58.99 
 
 		 286 aa  337  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.217306 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3518  prephenate dehydratase  58.42 
 
 		 310 aa  336  2.9999999999999997e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0706  prephenate dehydratase  59.42 
 
 		 300 aa  332  3e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146743  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2361  prephenate dehydratase  59.06 
 
 		 277 aa  330  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.814265  normal  0.327119 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0524  prephenate dehydratase  59.64 
 
 		 277 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0734392  normal  0.460167 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0642  prephenate dehydratase  58.55 
 
 		 287 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0930161  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1809  prephenate dehydratase  58.7 
 
 		 295 aa  320  9.999999999999999e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115737 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3162  prephenate dehydratase  60.36 
 
 		 288 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.309807  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2554  prephenate dehydratase  57.04 
 
 		 276 aa  317  1e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183494 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4580  prephenate dehydratase  62.72 
 
 		 282 aa  311  7.999999999999999e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3865  prephenate dehydratase  54.91 
 
 		 276 aa  306  3e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0369345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0102  prephenate dehydratase  52.75 
 
 		 287 aa  282  6.000000000000001e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29138  normal  0.214423 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0467  prephenate dehydratase  53.93 
 
 		 296 aa  277  1e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4688  prephenate dehydratase  54.72 
 
 		 299 aa  270  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0153843  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0622  prephenate dehydratase  52.61 
 
 		 297 aa  262  4.999999999999999e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.284363  normal  0.610727 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3003  prephenate dehydratase  46.72 
 
 		 288 aa  261  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0555723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1881  prephenate dehydratase  44.57 
 
 		 298 aa  219  3e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858484 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0877  Prephenate dehydratase  40.22 
 
 		 288 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1293  Prephenate dehydratase  41.52 
 
 		 293 aa  193  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.821795  normal  0.378721 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2091  Chorismate mutase  39.19 
 
 		 280 aa  179  4e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.746584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1567  prephenate dehydratase  33.21 
 
 		 271 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0495  Prephenate dehydratase  37.99 
 
 		 279 aa  174  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0474  Prephenate dehydratase  38.38 
 
 		 279 aa  172  5e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0633  Prephenate dehydratase  40.86 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1644  prephenate dehydratase  36.56 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2043  prephenate dehydratase  38.29 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.64689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0537  prephenate dehydratase  36.2 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1779  prephenate dehydratase  38.63 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.490374  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  36.53 
 
 		 358 aa  166  4e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2061  Prephenate dehydratase  38.99 
 
 		 277 aa  166  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2153  Prephenate dehydratase  38.99 
 
 		 277 aa  166  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01001  chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.79 
 
 		 392 aa  162  6e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_3267  predicted protein  35.74 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0461  chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.9 
 
 		 358 aa  160  2e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.123975  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0656  Prephenate dehydratase  37 
 
 		 276 aa  160  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.416459  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004398  chorismate mutase I/prephenate dehydratase  32.14 
 
 		 392 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0235  chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.79 
 
 		 391 aa  159  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0180  prephenate dehydratase  35.27 
 
 		 283 aa  159  5e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1334  prephenate dehydratase  39.21 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  35.45 
 
 		 358 aa  158  8e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0541  Prephenate dehydratase  35.13 
 
 		 279 aa  155  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1590  chorismate mutase  31.07 
 
 		 399 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0937  prephenate dehydratase  34.69 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13638  predicted protein  34.98 
 
 		 348 aa  150  3e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01713  chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.43 
 
 		 393 aa  150  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.342812  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1437  prephenate dehydratase  33.33 
 
 		 276 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1133  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.29 
 
 		 386 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0999  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.65 
 
 		 393 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3146  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.65 
 
 		 386 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.831222  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1303  prephenate dehydratase  33.09 
 
 		 276 aa  145  6e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1547  prephenate dehydratase  33.33 
 
 		 276 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10160  monofunctional chorismate mutase, clade 2  33.46 
 
 		 403 aa  145  7.0000000000000006e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000617885  hitchhiker  0.000000765088 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0078  prephenate dehydratase  35.77 
 
 		 280 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0545378  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1341  prephenate dehydratase  31.87 
 
 		 384 aa  145  8.000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.409344  normal  0.126516 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2853  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.48 
 
 		 393 aa  145  9e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1345  prephenate dehydratase  32.47 
 
 		 379 aa  144  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0661  P-protein (includes: chorismate mutase and prephenate dehydratase)  29.3 
 
 		 391 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.026643  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1244  prephenate dehydratase / chorismate mutase  35.87 
 
 		 371 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0482068  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0495  chorismate mutase  32.92 
 
 		 359 aa  144  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0778684  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1641  prephenate dehydratase  31.88 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00696734  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0881  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.02 
 
 		 385 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.304992  normal  0.0807055 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0774  chorismate mutase  32.13 
 
 		 371 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.561025  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0845  chorismate mutase  32.13 
 
 		 371 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0602148 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1594  prephenate dehydratase  32 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0121  prephenate dehydratase  33.94 
 
 		 356 aa  142  8e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1964  prephenate dehydratase  34.18 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.221167 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1313  chorismate mutase  33.33 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.21838e-16 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0990  chorismate mutase  32.61 
 
 		 359 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3260  chorismate mutase  32.61 
 
 		 359 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3077  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.02 
 
 		 396 aa  141  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0866115  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0977  prephenate dehydratase / chorismate mutase  34.78 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.23904  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>