More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3538 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3538  prephenate dehydratase  100 
 
 		 284 aa  584  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1767  prephenate dehydratase  97.54 
 
 		 284 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4217  prephenate dehydratase  93.57 
 
 		 280 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.239434  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3732  prephenate dehydratase  87.99 
 
 		 286 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7058  prephenate dehydratase  84.51 
 
 		 286 aa  509  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0365  prephenate dehydratase  85.21 
 
 		 286 aa  505  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0285  prephenate dehydratase  82.39 
 
 		 286 aa  496  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3356  prephenate dehydratase  71.01 
 
 		 288 aa  415  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.539085  normal  0.173573 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1620  prephenate dehydratase  68.31 
 
 		 284 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159121  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2629  prephenate dehydratase  69.2 
 
 		 286 aa  403  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.216997 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0511  prephenate dehydratase  71.94 
 
 		 284 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4087  prephenate dehydratase  64.31 
 
 		 290 aa  385  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3650  prephenate dehydratase  68.75 
 
 		 285 aa  382  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.243627  normal  0.169343 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4403  prephenate dehydratase  62.23 
 
 		 284 aa  377  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0339  prephenate dehydratase  66.06 
 
 		 285 aa  378  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4083  prephenate dehydratase  62.59 
 
 		 284 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0384  Prephenate dehydratase  66.06 
 
 		 285 aa  378  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.020412  normal  0.492047 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3428  prephenate dehydratase  62.63 
 
 		 284 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0418  Prephenate dehydratase  66.06 
 
 		 287 aa  373  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0037  prephenate dehydratase  61.07 
 
 		 287 aa  367  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.51728  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0037  prephenate dehydratase  61.07 
 
 		 287 aa  367  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.771092  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3912  Prephenate dehydratase  66.42 
 
 		 288 aa  369  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0018  prephenate dehydratase  61.43 
 
 		 287 aa  367  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0252  prephenate dehydratase  62.32 
 
 		 293 aa  360  1e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.396443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0653  prephenate dehydratase  60.36 
 
 		 280 aa  347  1e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3606  Prephenate dehydratase  61.29 
 
 		 285 aa  347  1e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0105  prephenate dehydratase  63.3 
 
 		 265 aa  347  1e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0170  prephenate dehydratase  62.99 
 
 		 287 aa  342  2.9999999999999997e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1988  prephenate dehydratase  59.79 
 
 		 287 aa  341  9e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.630591  normal  0.549246 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2951  prephenate dehydratase  58.99 
 
 		 286 aa  336  2.9999999999999997e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.217306 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3518  prephenate dehydratase  58.78 
 
 		 310 aa  335  2.9999999999999997e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0706  prephenate dehydratase  59.06 
 
 		 300 aa  333  2e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146743  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0524  prephenate dehydratase  60 
 
 		 277 aa  332  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0734392  normal  0.460167 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2361  prephenate dehydratase  58.7 
 
 		 277 aa  331  8e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.814265  normal  0.327119 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0642  prephenate dehydratase  58.91 
 
 		 287 aa  328  4e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0930161  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3162  prephenate dehydratase  61.03 
 
 		 288 aa  323  2e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.309807  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1809  prephenate dehydratase  58.33 
 
 		 295 aa  322  5e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115737 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2554  prephenate dehydratase  55.93 
 
 		 276 aa  315  5e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183494 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4580  prephenate dehydratase  62.72 
 
 		 282 aa  313  1.9999999999999998e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3865  prephenate dehydratase  54.55 
 
 		 276 aa  306  3e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0369345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0102  prephenate dehydratase  53.48 
 
 		 287 aa  286  4e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29138  normal  0.214423 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0467  prephenate dehydratase  53.18 
 
 		 296 aa  274  1.0000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4688  prephenate dehydratase  53.96 
 
 		 299 aa  267  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0153843  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3003  prephenate dehydratase  47.08 
 
 		 288 aa  263  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0555723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0622  prephenate dehydratase  51.87 
 
 		 297 aa  258  6e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.284363  normal  0.610727 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1881  prephenate dehydratase  44.57 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858484 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0877  Prephenate dehydratase  39.49 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1293  Prephenate dehydratase  41.16 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.821795  normal  0.378721 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2091  Chorismate mutase  39.19 
 
 		 280 aa  179  7e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.746584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1567  prephenate dehydratase  33.95 
 
 		 271 aa  177  1e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0495  Prephenate dehydratase  38.35 
 
 		 279 aa  177  2e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2043  prephenate dehydratase  41.42 
 
 		 283 aa  171  9e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.64689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0474  Prephenate dehydratase  38.03 
 
 		 279 aa  171  1e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0633  Prephenate dehydratase  41.22 
 
 		 285 aa  171  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2153  Prephenate dehydratase  40.07 
 
 		 277 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1779  prephenate dehydratase  39.71 
 
 		 277 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.490374  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2061  Prephenate dehydratase  40.07 
 
 		 277 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1644  prephenate dehydratase  37.23 
 
 		 280 aa  169  5e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0537  prephenate dehydratase  36.56 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  35.42 
 
 		 358 aa  166  5e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0656  Prephenate dehydratase  37.36 
 
 		 276 aa  162  7e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.416459  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01001  chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.14 
 
 		 392 aa  159  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0180  prephenate dehydratase  35.64 
 
 		 283 aa  159  5e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0461  chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.53 
 
 		 358 aa  159  6e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.123975  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004398  chorismate mutase I/prephenate dehydratase  32.14 
 
 		 392 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1334  prephenate dehydratase  39.57 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  35.07 
 
 		 358 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0541  Prephenate dehydratase  35.48 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_3267  predicted protein  34.75 
 
 		 304 aa  156  3e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0235  chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.43 
 
 		 391 aa  155  6e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0937  prephenate dehydratase  34.69 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1437  prephenate dehydratase  33.7 
 
 		 276 aa  150  3e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1590  chorismate mutase  30.71 
 
 		 399 aa  149  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01713  chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.07 
 
 		 393 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.342812  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1341  prephenate dehydratase  32.23 
 
 		 384 aa  147  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.409344  normal  0.126516 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10160  monofunctional chorismate mutase, clade 2  33.83 
 
 		 403 aa  147  2.0000000000000003e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000617885  hitchhiker  0.000000765088 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1303  prephenate dehydratase  32.96 
 
 		 276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1244  prephenate dehydratase / chorismate mutase  36.59 
 
 		 371 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0482068  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1345  prephenate dehydratase  33.21 
 
 		 379 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1547  prephenate dehydratase  33.7 
 
 		 276 aa  146  3e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0999  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.65 
 
 		 393 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1133  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.29 
 
 		 386 aa  147  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3146  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.65 
 
 		 386 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.831222  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0078  prephenate dehydratase  35.77 
 
 		 280 aa  146  5e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0545378  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13638  predicted protein  34.28 
 
 		 348 aa  145  5e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1641  prephenate dehydratase  31.52 
 
 		 356 aa  144  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00696734  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0774  chorismate mutase  31.41 
 
 		 371 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.561025  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0495  chorismate mutase  32.79 
 
 		 359 aa  144  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0778684  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0661  P-protein (includes: chorismate mutase and prephenate dehydratase)  29.67 
 
 		 391 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.026643  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0845  chorismate mutase  31.77 
 
 		 371 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0602148 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1937  Chorismate mutase  33.82 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2853  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.12 
 
 		 393 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1594  prephenate dehydratase  32 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0881  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.02 
 
 		 385 aa  143  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.304992  normal  0.0807055 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0121  prephenate dehydratase  33.33 
 
 		 356 aa  142  7e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1964  prephenate dehydratase  34.55 
 
 		 279 aa  142  7e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.221167 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0977  prephenate dehydratase / chorismate mutase  35.51 
 
 		 360 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.23904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2150  chorismate mutase  35.29 
 
 		 358 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0904  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.39 
 
 		 371 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1313  chorismate mutase  33.2 
 
 		 359 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.21838e-16 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>