More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3428 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3428  prephenate dehydratase  100 
 
 		 284 aa  587  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4083  prephenate dehydratase  84.15 
 
 		 284 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4403  prephenate dehydratase  83.8 
 
 		 284 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0105  prephenate dehydratase  80.61 
 
 		 265 aa  451  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0037  prephenate dehydratase  75.27 
 
 		 287 aa  449  1e-125  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.51728  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0037  prephenate dehydratase  75.27 
 
 		 287 aa  449  1e-125  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.771092  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0018  prephenate dehydratase  72.66 
 
 		 287 aa  437  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4087  prephenate dehydratase  73.38 
 
 		 290 aa  433  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3538  prephenate dehydratase  62.63 
 
 		 284 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1767  prephenate dehydratase  61.92 
 
 		 284 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4217  prephenate dehydratase  61.51 
 
 		 280 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.239434  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7058  prephenate dehydratase  60.99 
 
 		 286 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1620  prephenate dehydratase  62.09 
 
 		 284 aa  368  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159121  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0285  prephenate dehydratase  61.92 
 
 		 286 aa  367  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3732  prephenate dehydratase  61.21 
 
 		 286 aa  361  9e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0511  prephenate dehydratase  62.82 
 
 		 284 aa  360  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0365  prephenate dehydratase  61.92 
 
 		 286 aa  360  1e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2629  prephenate dehydratase  60 
 
 		 286 aa  354  7.999999999999999e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.216997 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3356  prephenate dehydratase  60 
 
 		 288 aa  349  3e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.539085  normal  0.173573 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3650  prephenate dehydratase  62.63 
 
 		 285 aa  348  6e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.243627  normal  0.169343 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3606  Prephenate dehydratase  59.93 
 
 		 285 aa  345  5e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0339  prephenate dehydratase  61.21 
 
 		 285 aa  344  8e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0384  Prephenate dehydratase  61.21 
 
 		 285 aa  343  1e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.020412  normal  0.492047 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3518  prephenate dehydratase  58.33 
 
 		 310 aa  342  2.9999999999999997e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0170  prephenate dehydratase  58.87 
 
 		 287 aa  342  2.9999999999999997e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0418  Prephenate dehydratase  60.5 
 
 		 287 aa  338  4e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3912  Prephenate dehydratase  55.43 
 
 		 288 aa  330  1e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0252  prephenate dehydratase  57.35 
 
 		 293 aa  325  5e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.396443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2951  prephenate dehydratase  57.3 
 
 		 286 aa  321  9.999999999999999e-87  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.217306 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0653  prephenate dehydratase  55.6 
 
 		 280 aa  318  9e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1988  prephenate dehydratase  57.04 
 
 		 287 aa  314  9.999999999999999e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.630591  normal  0.549246 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0642  prephenate dehydratase  54.15 
 
 		 287 aa  300  2e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0930161  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3162  prephenate dehydratase  53.74 
 
 		 288 aa  300  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.309807  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0706  prephenate dehydratase  55.76 
 
 		 300 aa  299  3e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146743  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2361  prephenate dehydratase  55.4 
 
 		 277 aa  298  9e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.814265  normal  0.327119 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0524  prephenate dehydratase  55.4 
 
 		 277 aa  297  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0734392  normal  0.460167 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2554  prephenate dehydratase  53.43 
 
 		 276 aa  295  6e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183494 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3865  prephenate dehydratase  53.07 
 
 		 276 aa  293  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0369345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1809  prephenate dehydratase  52.67 
 
 		 295 aa  289  4e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115737 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0467  prephenate dehydratase  55.27 
 
 		 296 aa  284  1.0000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4688  prephenate dehydratase  55.68 
 
 		 299 aa  279  5e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0153843  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0622  prephenate dehydratase  56.51 
 
 		 297 aa  275  8e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.284363  normal  0.610727 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4580  prephenate dehydratase  54.35 
 
 		 282 aa  272  4.0000000000000004e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0102  prephenate dehydratase  51.09 
 
 		 287 aa  269  4e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29138  normal  0.214423 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3003  prephenate dehydratase  47.46 
 
 		 288 aa  251  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0555723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1881  prephenate dehydratase  43.46 
 
 		 298 aa  241  7.999999999999999e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858484 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0877  Prephenate dehydratase  39.19 
 
 		 288 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0495  Prephenate dehydratase  38.99 
 
 		 279 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1293  Prephenate dehydratase  40 
 
 		 293 aa  182  7e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.821795  normal  0.378721 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0633  Prephenate dehydratase  40.5 
 
 		 285 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1567  prephenate dehydratase  31.73 
 
 		 271 aa  172  5e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2043  prephenate dehydratase  39.26 
 
 		 283 aa  171  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.64689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0474  Prephenate dehydratase  36.26 
 
 		 279 aa  168  7e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2091  Chorismate mutase  36.63 
 
 		 280 aa  169  7e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.746584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1644  prephenate dehydratase  36.63 
 
 		 280 aa  168  1e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0541  Prephenate dehydratase  36.46 
 
 		 279 aa  166  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_3267  predicted protein  34.32 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1779  prephenate dehydratase  39.58 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.490374  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  34.8 
 
 		 358 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0537  prephenate dehydratase  34.42 
 
 		 279 aa  162  8.000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2153  Prephenate dehydratase  39.08 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2061  Prephenate dehydratase  39.08 
 
 		 277 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0937  prephenate dehydratase  37.87 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0656  Prephenate dehydratase  34.56 
 
 		 276 aa  157  2e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.416459  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01713  chorismate mutase/prephenate dehydratase  33.1 
 
 		 393 aa  153  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.342812  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0881  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.62 
 
 		 385 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.304992  normal  0.0807055 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2535  prephenate dehydratase  34.98 
 
 		 282 aa  151  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0461  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.36 
 
 		 358 aa  150  2e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.123975  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  32.22 
 
 		 358 aa  149  4e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0180  prephenate dehydratase  33.45 
 
 		 283 aa  149  5e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1686  chorismate mutase / prephenate dehydratase  36.03 
 
 		 355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1133  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.67 
 
 		 386 aa  146  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01001  chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.07 
 
 		 392 aa  145  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1590  chorismate mutase  32.25 
 
 		 399 aa  145  9e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1303  prephenate dehydratase  31.39 
 
 		 276 aa  145  1e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1341  prephenate dehydratase  32.23 
 
 		 384 aa  144  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.409344  normal  0.126516 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1437  prephenate dehydratase  31.75 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0999  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.14 
 
 		 393 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004398  chorismate mutase I/prephenate dehydratase  30.71 
 
 		 392 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1904  prephenate dehydratase  34.66 
 
 		 372 aa  143  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0916421  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3146  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.67 
 
 		 386 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.831222  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2853  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.61 
 
 		 393 aa  142  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3355  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.52 
 
 		 385 aa  142  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3077  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.64 
 
 		 396 aa  142  7e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0866115  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3482  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.52 
 
 		 385 aa  142  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.335091 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0235  chorismate mutase/prephenate dehydratase  30.71 
 
 		 391 aa  142  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3218  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.52 
 
 		 385 aa  142  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.631051  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1547  prephenate dehydratase  30.69 
 
 		 276 aa  141  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2192  chorismate mutase  33.33 
 
 		 355 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0121  prephenate dehydratase  34.83 
 
 		 356 aa  138  1e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3260  chorismate mutase  33.46 
 
 		 359 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0365  chorismate mutase / prephenate dehydratase  29.68 
 
 		 385 aa  137  2e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0036667  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0495  chorismate mutase  31.48 
 
 		 359 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0778684  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0774  chorismate mutase  31.75 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.561025  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0990  chorismate mutase  33.46 
 
 		 359 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0845  chorismate mutase  31.75 
 
 		 371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0602148 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1594  prephenate dehydratase  28.93 
 
 		 311 aa  136  3.0000000000000003e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1334  prephenate dehydratase  35.74 
 
 		 303 aa  136  3.0000000000000003e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1641  prephenate dehydratase  32.11 
 
 		 356 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00696734  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0904  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.52 
 
 		 371 aa  135  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>