More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3162 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3162  prephenate dehydratase  100 
 
 		 288 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.309807  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0252  prephenate dehydratase  61.87 
 
 		 293 aa  341  7e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.396443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3538  prephenate dehydratase  61.03 
 
 		 284 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2629  prephenate dehydratase  60.93 
 
 		 286 aa  335  5.999999999999999e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.216997 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4217  prephenate dehydratase  60.73 
 
 		 280 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.239434  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0285  prephenate dehydratase  59.21 
 
 		 286 aa  333  2e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1767  prephenate dehydratase  60.36 
 
 		 284 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7058  prephenate dehydratase  58.82 
 
 		 286 aa  331  8e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1620  prephenate dehydratase  56.99 
 
 		 284 aa  330  1e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159121  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3732  prephenate dehydratase  59.29 
 
 		 286 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0365  prephenate dehydratase  58.01 
 
 		 286 aa  326  3e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0384  Prephenate dehydratase  57.09 
 
 		 285 aa  323  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.020412  normal  0.492047 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0511  prephenate dehydratase  57.71 
 
 		 284 aa  323  3e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0339  prephenate dehydratase  57.09 
 
 		 285 aa  322  4e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0418  Prephenate dehydratase  56.49 
 
 		 287 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4087  prephenate dehydratase  56.2 
 
 		 290 aa  319  3.9999999999999996e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3356  prephenate dehydratase  57.35 
 
 		 288 aa  318  3.9999999999999996e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.539085  normal  0.173573 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3650  prephenate dehydratase  58.06 
 
 		 285 aa  318  6e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.243627  normal  0.169343 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3428  prephenate dehydratase  53.74 
 
 		 284 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0653  prephenate dehydratase  57.35 
 
 		 280 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3912  Prephenate dehydratase  55.91 
 
 		 288 aa  311  9e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4083  prephenate dehydratase  53.38 
 
 		 284 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4403  prephenate dehydratase  52.67 
 
 		 284 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3606  Prephenate dehydratase  54.68 
 
 		 285 aa  304  1.0000000000000001e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0018  prephenate dehydratase  55.11 
 
 		 287 aa  302  5.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1809  prephenate dehydratase  56.27 
 
 		 295 aa  302  5.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115737 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0037  prephenate dehydratase  53.28 
 
 		 287 aa  301  8.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.771092  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0037  prephenate dehydratase  53.28 
 
 		 287 aa  301  8.000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.51728  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0642  prephenate dehydratase  55.04 
 
 		 287 aa  297  1e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0930161  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0105  prephenate dehydratase  54.2 
 
 		 265 aa  296  3e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3865  prephenate dehydratase  53.87 
 
 		 276 aa  296  4e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0369345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0706  prephenate dehydratase  57.35 
 
 		 300 aa  295  8e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146743  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2951  prephenate dehydratase  55.11 
 
 		 286 aa  294  1e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.217306 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0524  prephenate dehydratase  56.99 
 
 		 277 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0734392  normal  0.460167 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2361  prephenate dehydratase  56.99 
 
 		 277 aa  292  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.814265  normal  0.327119 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0170  prephenate dehydratase  53.79 
 
 		 287 aa  291  7e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2554  prephenate dehydratase  54.38 
 
 		 276 aa  290  2e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183494 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3518  prephenate dehydratase  51.81 
 
 		 310 aa  288  1e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1988  prephenate dehydratase  53.09 
 
 		 287 aa  286  2.9999999999999996e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.630591  normal  0.549246 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4580  prephenate dehydratase  52.73 
 
 		 282 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0622  prephenate dehydratase  49.64 
 
 		 297 aa  258  9e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.284363  normal  0.610727 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3003  prephenate dehydratase  47.48 
 
 		 288 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0555723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0102  prephenate dehydratase  48.53 
 
 		 287 aa  253  2.0000000000000002e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29138  normal  0.214423 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0467  prephenate dehydratase  50.56 
 
 		 296 aa  252  6e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4688  prephenate dehydratase  52.26 
 
 		 299 aa  251  9.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0153843  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1881  prephenate dehydratase  48.61 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858484 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1293  Prephenate dehydratase  42.38 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.821795  normal  0.378721 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2091  Chorismate mutase  42.01 
 
 		 280 aa  187  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.746584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0877  Prephenate dehydratase  39.07 
 
 		 288 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0537  prephenate dehydratase  38.99 
 
 		 279 aa  177  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  38.97 
 
 		 358 aa  171  1e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0881  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.66 
 
 		 385 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.304992  normal  0.0807055 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1133  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  37.13 
 
 		 386 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0495  Prephenate dehydratase  39.49 
 
 		 279 aa  169  3e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1341  prephenate dehydratase  35.42 
 
 		 384 aa  167  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.409344  normal  0.126516 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0656  Prephenate dehydratase  39.56 
 
 		 276 aa  167  2e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.416459  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1644  prephenate dehydratase  38.27 
 
 		 280 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0180  prephenate dehydratase  39.07 
 
 		 283 aa  166  4e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3146  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  36.03 
 
 		 386 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.831222  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0461  chorismate mutase/prephenate dehydratase  37.23 
 
 		 358 aa  165  9e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.123975  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0235  chorismate mutase/prephenate dehydratase  33.82 
 
 		 391 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01001  chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.46 
 
 		 392 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  37.31 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0474  Prephenate dehydratase  38.41 
 
 		 279 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_3267  predicted protein  36.88 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004398  chorismate mutase I/prephenate dehydratase  33.46 
 
 		 392 aa  163  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2853  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.87 
 
 		 393 aa  163  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1567  prephenate dehydratase  33.83 
 
 		 271 aa  163  3e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3355  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.29 
 
 		 385 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3482  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.16 
 
 		 385 aa  162  4.0000000000000004e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.335091 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0661  P-protein (includes: chorismate mutase and prephenate dehydratase)  33.21 
 
 		 391 aa  162  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.026643  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3218  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.16 
 
 		 385 aa  162  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.631051  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3077  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  33.95 
 
 		 396 aa  162  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0866115  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0541  Prephenate dehydratase  38.04 
 
 		 279 aa  160  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2043  prephenate dehydratase  37.97 
 
 		 283 aa  160  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.64689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0633  Prephenate dehydratase  41.24 
 
 		 285 aa  160  3e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0999  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.66 
 
 		 393 aa  160  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1177  chorismate mutase  32.4 
 
 		 659 aa  159  6e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1590  chorismate mutase  33.22 
 
 		 399 aa  158  8e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2910  prephenate dehydratase / chorismate mutase  31.41 
 
 		 667 aa  158  8e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2828  prephenate dehydratase / chorismate mutase  31.41 
 
 		 667 aa  158  9e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01713  chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.14 
 
 		 393 aa  158  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.342812  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3007  chorismate mutase / prephenate dehydratase  31.41 
 
 		 667 aa  158  9e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02488  fused chorismate mutase P/prephenate dehydratase  34.19 
 
 		 386 aa  157  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.610433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1075  chorismate mutase  34.19 
 
 		 386 aa  157  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2883  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.19 
 
 		 386 aa  158  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0920297  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3838  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.19 
 
 		 386 aa  157  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000574807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1084  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.19 
 
 		 386 aa  157  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.165593  hitchhiker  0.00000412255 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2756  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.19 
 
 		 386 aa  157  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  8.8068e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2751  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.19 
 
 		 386 aa  157  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000608431  normal  0.0711319 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02452  hypothetical protein  34.19 
 
 		 386 aa  157  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.699641  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2986  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.19 
 
 		 386 aa  158  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000154451  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1059  chorismate mutase  31.41 
 
 		 657 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.850871  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0365  chorismate mutase / prephenate dehydratase  31.29 
 
 		 385 aa  156  3e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0036667  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1263  chorismate mutase  31.93 
 
 		 662 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015659 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1297  chorismate mutase  31.71 
 
 		 664 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1220  chorismate mutase  31.82 
 
 		 664 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950276  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1264  chorismate mutase  31.71 
 
 		 664 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.728983  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2811  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  33.46 
 
 		 386 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2880  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  33.46 
 
 		 386 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.151676  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>