More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0706 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0706  prephenate dehydratase  100 
 
 		 300 aa  614  1e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146743  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2361  prephenate dehydratase  99.64 
 
 		 277 aa  566  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.814265  normal  0.327119 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0524  prephenate dehydratase  92.78 
 
 		 277 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0734392  normal  0.460167 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0653  prephenate dehydratase  76.09 
 
 		 280 aa  438  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2554  prephenate dehydratase  70.29 
 
 		 276 aa  403  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183494 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3865  prephenate dehydratase  69.2 
 
 		 276 aa  391  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0369345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1809  prephenate dehydratase  73.19 
 
 		 295 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115737 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4217  prephenate dehydratase  59.71 
 
 		 280 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.239434  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3538  prephenate dehydratase  59.27 
 
 		 284 aa  345  6e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1767  prephenate dehydratase  59.64 
 
 		 284 aa  345  7e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7058  prephenate dehydratase  58.39 
 
 		 286 aa  343  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3732  prephenate dehydratase  58.7 
 
 		 286 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0285  prephenate dehydratase  58.7 
 
 		 286 aa  340  2e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0365  prephenate dehydratase  57.71 
 
 		 286 aa  337  9.999999999999999e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2629  prephenate dehydratase  57.4 
 
 		 286 aa  334  1e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.216997 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3606  Prephenate dehydratase  59.12 
 
 		 285 aa  331  1e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4087  prephenate dehydratase  57.04 
 
 		 290 aa  327  1.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0252  prephenate dehydratase  59.56 
 
 		 293 aa  323  2e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.396443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0018  prephenate dehydratase  56.46 
 
 		 287 aa  322  3e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3356  prephenate dehydratase  56.78 
 
 		 288 aa  320  9.999999999999999e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.539085  normal  0.173573 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3518  prephenate dehydratase  58.76 
 
 		 310 aa  319  3e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0037  prephenate dehydratase  55.76 
 
 		 287 aa  318  9e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.51728  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0037  prephenate dehydratase  55.76 
 
 		 287 aa  318  9e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.771092  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4403  prephenate dehydratase  54.8 
 
 		 284 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0642  prephenate dehydratase  58.33 
 
 		 287 aa  317  2e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0930161  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4083  prephenate dehydratase  54.45 
 
 		 284 aa  316  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3428  prephenate dehydratase  55.76 
 
 		 284 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1620  prephenate dehydratase  55.43 
 
 		 284 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159121  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0511  prephenate dehydratase  55.8 
 
 		 284 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0170  prephenate dehydratase  55.87 
 
 		 287 aa  310  1e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3912  Prephenate dehydratase  55.47 
 
 		 288 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0339  prephenate dehydratase  55.96 
 
 		 285 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0384  Prephenate dehydratase  55.96 
 
 		 285 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.020412  normal  0.492047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0418  Prephenate dehydratase  55.96 
 
 		 287 aa  299  4e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3162  prephenate dehydratase  57.35 
 
 		 288 aa  298  5e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.309807  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0105  prephenate dehydratase  56.11 
 
 		 265 aa  298  9e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3650  prephenate dehydratase  55.6 
 
 		 285 aa  296  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.243627  normal  0.169343 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4580  prephenate dehydratase  56.47 
 
 		 282 aa  294  1e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2951  prephenate dehydratase  55.39 
 
 		 286 aa  283  3.0000000000000004e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.217306 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0467  prephenate dehydratase  52.38 
 
 		 296 aa  281  7.000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1988  prephenate dehydratase  55.11 
 
 		 287 aa  276  4e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.630591  normal  0.549246 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0102  prephenate dehydratase  51.81 
 
 		 287 aa  272  6e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29138  normal  0.214423 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4688  prephenate dehydratase  53.87 
 
 		 299 aa  266  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0153843  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3003  prephenate dehydratase  47.81 
 
 		 288 aa  258  7e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0555723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0622  prephenate dehydratase  51.19 
 
 		 297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.284363  normal  0.610727 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1881  prephenate dehydratase  44.94 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858484 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0877  Prephenate dehydratase  40.22 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0474  Prephenate dehydratase  39.42 
 
 		 279 aa  179  4.999999999999999e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1293  Prephenate dehydratase  42.28 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.821795  normal  0.378721 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0633  Prephenate dehydratase  40.43 
 
 		 285 aa  169  4e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0537  prephenate dehydratase  35.48 
 
 		 279 aa  168  8e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2091  Chorismate mutase  38.97 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.746584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  38.08 
 
 		 358 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1567  prephenate dehydratase  33.33 
 
 		 271 aa  162  6e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1779  prephenate dehydratase  39.71 
 
 		 277 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.490374  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1644  prephenate dehydratase  36 
 
 		 280 aa  159  5e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0495  Prephenate dehydratase  35.84 
 
 		 279 aa  159  6e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2153  Prephenate dehydratase  39.93 
 
 		 277 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2061  Prephenate dehydratase  39.93 
 
 		 277 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0541  Prephenate dehydratase  36.2 
 
 		 279 aa  157  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0461  chorismate mutase/prephenate dehydratase  37.41 
 
 		 358 aa  155  6e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.123975  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_3267  predicted protein  36.51 
 
 		 304 aa  155  6e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0180  prephenate dehydratase  35.51 
 
 		 283 aa  153  4e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2043  prephenate dehydratase  36.4 
 
 		 283 aa  152  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.64689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  37.01 
 
 		 358 aa  152  5e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0656  Prephenate dehydratase  34.07 
 
 		 276 aa  150  2e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.416459  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1133  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.09 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0881  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.61 
 
 		 385 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.304992  normal  0.0807055 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01713  chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.74 
 
 		 393 aa  149  7e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.342812  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1590  chorismate mutase  33.21 
 
 		 399 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0999  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.61 
 
 		 393 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3146  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.09 
 
 		 386 aa  145  6e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.831222  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2853  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  35 
 
 		 393 aa  145  6e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3077  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.62 
 
 		 396 aa  145  7.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0866115  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0661  P-protein (includes: chorismate mutase and prephenate dehydratase)  31.77 
 
 		 391 aa  145  9e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.026643  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3039  chorismate mutase  36.63 
 
 		 355 aa  145  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1547  prephenate dehydratase  32.34 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0121  prephenate dehydratase  35.42 
 
 		 356 aa  143  3e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1303  prephenate dehydratase  31.97 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1437  prephenate dehydratase  31.97 
 
 		 276 aa  142  5e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1341  prephenate dehydratase  32.36 
 
 		 384 aa  140  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.409344  normal  0.126516 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2861  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.75 
 
 		 386 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0154655 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2880  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.75 
 
 		 386 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.151676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2882  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.75 
 
 		 386 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.34961 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2811  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.75 
 
 		 386 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3355  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  33.68 
 
 		 385 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1887  chorismate mutase-P and prephenate dehydratase  35.79 
 
 		 360 aa  138  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000192693  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3218  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  33.68 
 
 		 385 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.631051  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3482  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  33.68 
 
 		 385 aa  138  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.335091 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1345  chorismate mutase  38.01 
 
 		 359 aa  138  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01001  chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.13 
 
 		 392 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5270  Prephenate dehydratase  34.66 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.271199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2994  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.4 
 
 		 386 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004398  chorismate mutase I/prephenate dehydratase  32.13 
 
 		 392 aa  136  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0845  chorismate mutase  34.43 
 
 		 371 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0602148 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1904  prephenate dehydratase  36.1 
 
 		 372 aa  135  6.0000000000000005e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0916421  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2883  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.17 
 
 		 386 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0920297  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2986  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  34.17 
 
 		 386 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000154451  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1263  chorismate mutase  29.68 
 
 		 662 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015659 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0774  chorismate mutase  33.82 
 
 		 371 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.561025  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>