More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0653 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0653  prephenate dehydratase  100 
 
 		 280 aa  578  1e-164  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0706  prephenate dehydratase  76.09 
 
 		 300 aa  421  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.146743  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2361  prephenate dehydratase  76.45 
 
 		 277 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.814265  normal  0.327119 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0524  prephenate dehydratase  77.17 
 
 		 277 aa  421  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0734392  normal  0.460167 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2554  prephenate dehydratase  72.83 
 
 		 276 aa  412  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183494 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3865  prephenate dehydratase  71.12 
 
 		 276 aa  407  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0369345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1809  prephenate dehydratase  72.46 
 
 		 295 aa  386  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115737 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3538  prephenate dehydratase  60.36 
 
 		 284 aa  347  9e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1767  prephenate dehydratase  60.73 
 
 		 284 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0285  prephenate dehydratase  60 
 
 		 286 aa  344  1e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4217  prephenate dehydratase  59.49 
 
 		 280 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.239434  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1620  prephenate dehydratase  57.71 
 
 		 284 aa  340  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159121  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7058  prephenate dehydratase  59.12 
 
 		 286 aa  338  7e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2629  prephenate dehydratase  57.14 
 
 		 286 aa  334  7.999999999999999e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.216997 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0170  prephenate dehydratase  58.25 
 
 		 287 aa  332  5e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0511  prephenate dehydratase  57.35 
 
 		 284 aa  331  8e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0365  prephenate dehydratase  57.82 
 
 		 286 aa  330  1e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3732  prephenate dehydratase  57.82 
 
 		 286 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.755175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3356  prephenate dehydratase  56.16 
 
 		 288 aa  322  6e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.539085  normal  0.173573 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4403  prephenate dehydratase  54.87 
 
 		 284 aa  318  5e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3428  prephenate dehydratase  55.6 
 
 		 284 aa  318  7.999999999999999e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4083  prephenate dehydratase  54.51 
 
 		 284 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0252  prephenate dehydratase  56.99 
 
 		 293 aa  315  4e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.396443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3912  Prephenate dehydratase  56.12 
 
 		 288 aa  315  7e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3650  prephenate dehydratase  55.68 
 
 		 285 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.243627  normal  0.169343 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0339  prephenate dehydratase  55.64 
 
 		 285 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0384  Prephenate dehydratase  55.64 
 
 		 285 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.020412  normal  0.492047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0418  Prephenate dehydratase  55.64 
 
 		 287 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4087  prephenate dehydratase  52.52 
 
 		 290 aa  310  1e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3606  Prephenate dehydratase  53.96 
 
 		 285 aa  310  2e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0018  prephenate dehydratase  52.52 
 
 		 287 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0642  prephenate dehydratase  56.88 
 
 		 287 aa  306  3e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0930161  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0105  prephenate dehydratase  57.09 
 
 		 265 aa  305  5.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3518  prephenate dehydratase  53.28 
 
 		 310 aa  305  6e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1988  prephenate dehydratase  56.93 
 
 		 287 aa  303  2.0000000000000002e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.630591  normal  0.549246 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3162  prephenate dehydratase  57.35 
 
 		 288 aa  300  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.309807  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0037  prephenate dehydratase  52.4 
 
 		 287 aa  298  5e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.51728  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0037  prephenate dehydratase  52.4 
 
 		 287 aa  298  5e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.771092  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2951  prephenate dehydratase  54.74 
 
 		 286 aa  295  5e-79  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.217306 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4580  prephenate dehydratase  56.99 
 
 		 282 aa  294  9e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0102  prephenate dehydratase  52.14 
 
 		 287 aa  278  7e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29138  normal  0.214423 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0467  prephenate dehydratase  51.66 
 
 		 296 aa  271  8.000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4688  prephenate dehydratase  52.45 
 
 		 299 aa  262  4e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0153843  normal  0.166087 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0622  prephenate dehydratase  51.46 
 
 		 297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.284363  normal  0.610727 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3003  prephenate dehydratase  46.18 
 
 		 288 aa  247  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0555723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1881  prephenate dehydratase  47.23 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858484 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1293  Prephenate dehydratase  42.7 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.821795  normal  0.378721 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0877  Prephenate dehydratase  42.28 
 
 		 288 aa  190  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2043  prephenate dehydratase  38.01 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.64689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0633  Prephenate dehydratase  39.78 
 
 		 285 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0495  Prephenate dehydratase  36.86 
 
 		 279 aa  170  2e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1644  prephenate dehydratase  37.18 
 
 		 280 aa  169  4e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  38.81 
 
 		 358 aa  169  5e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2091  Chorismate mutase  38.46 
 
 		 280 aa  167  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.746584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0541  Prephenate dehydratase  37 
 
 		 279 aa  166  5e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0474  Prephenate dehydratase  36.69 
 
 		 279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0537  prephenate dehydratase  35.16 
 
 		 279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1567  prephenate dehydratase  33.95 
 
 		 271 aa  161  1e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0656  Prephenate dehydratase  36.4 
 
 		 276 aa  160  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.416459  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_3267  predicted protein  37.5 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0461  chorismate mutase/prephenate dehydratase  37.36 
 
 		 358 aa  159  3e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.123975  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0180  prephenate dehydratase  37.05 
 
 		 283 aa  160  3e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  37.31 
 
 		 358 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1779  prephenate dehydratase  37.32 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.490374  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2061  Prephenate dehydratase  37.55 
 
 		 277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1341  prephenate dehydratase  32.85 
 
 		 384 aa  153  2.9999999999999998e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.409344  normal  0.126516 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2153  Prephenate dehydratase  37.55 
 
 		 277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0121  prephenate dehydratase  33.82 
 
 		 356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2375  chorismate mutase  29.82 
 
 		 378 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1547  prephenate dehydratase  32.22 
 
 		 276 aa  145  6e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1437  prephenate dehydratase  32.22 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1303  prephenate dehydratase  31.85 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2150  chorismate mutase  35.66 
 
 		 358 aa  143  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0881  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.52 
 
 		 385 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.304992  normal  0.0807055 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13638  predicted protein  36.17 
 
 		 348 aa  143  4e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10160  monofunctional chorismate mutase, clade 2  34.93 
 
 		 403 aa  142  8e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000617885  hitchhiker  0.000000765088 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1513  Prephenate dehydratase  31.05 
 
 		 277 aa  142  9e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.807541 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0774  chorismate mutase  33.7 
 
 		 371 aa  142  9e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.561025  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0845  chorismate mutase  33.7 
 
 		 371 aa  141  9e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0602148 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3077  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.16 
 
 		 396 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0866115  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3039  chorismate mutase  36.26 
 
 		 355 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0937  prephenate dehydratase  34.42 
 
 		 272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0783  prephenate dehydratase  32.96 
 
 		 380 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1345  prephenate dehydratase  34.57 
 
 		 379 aa  138  8.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1937  Chorismate mutase  32.72 
 
 		 274 aa  138  8.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0990  chorismate mutase  35.66 
 
 		 359 aa  138  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1133  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.52 
 
 		 386 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2858  chorismate mutase  35.64 
 
 		 373 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.42066  hitchhiker  0.0000000270068 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1334  prephenate dehydratase  38.41 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3146  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.16 
 
 		 386 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.831222  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0999  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.52 
 
 		 393 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3260  chorismate mutase  35.66 
 
 		 359 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0904  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.49 
 
 		 371 aa  136  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1244  prephenate dehydratase / chorismate mutase  35.02 
 
 		 371 aa  136  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0482068  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2883  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.88 
 
 		 386 aa  135  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0920297  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2986  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.88 
 
 		 386 aa  135  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000154451  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2853  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.52 
 
 		 393 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2751  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.88 
 
 		 386 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000608431  normal  0.0711319 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2723  chorismate mutase  35.14 
 
 		 381 aa  135  7.000000000000001e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3838  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  31.88 
 
 		 386 aa  135  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000574807  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>