More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1590 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01713  chorismate mutase/prephenate dehydratase  79.39 
 
 		 393 aa  658    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.342812  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1590  chorismate mutase  100 
 
 		 399 aa  826    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1221  chorismate mutase/prephenate dehydratase  56.51 
 
 		 391 aa  464  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0661  P-protein (includes: chorismate mutase and prephenate dehydratase)  56.43 
 
 		 391 aa  452  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.026643  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0235  chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.47 
 
 		 391 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1059  chorismate mutase  55.38 
 
 		 657 aa  437  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.850871  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1133  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.17 
 
 		 386 aa  429  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1264  chorismate mutase  54.59 
 
 		 664 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.728983  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1177  chorismate mutase  54.33 
 
 		 659 aa  429  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1297  chorismate mutase  54.59 
 
 		 664 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2910  prephenate dehydratase / chorismate mutase  54.59 
 
 		 667 aa  428  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004398  chorismate mutase I/prephenate dehydratase  55.47 
 
 		 392 aa  428  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1220  chorismate mutase  54.59 
 
 		 664 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950276  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0898  prephenate dehydratase / chorismate mutase / phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  54.38 
 
 		 659 aa  429  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.983271 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3093  chorismate mutase  54.59 
 
 		 664 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1367  chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.59 
 
 		 671 aa  426  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1072  chorismate mutase  54.64 
 
 		 654 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2747  chorismate mutase  54.33 
 
 		 662 aa  427  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2828  prephenate dehydratase / chorismate mutase  54.59 
 
 		 667 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3077  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.44 
 
 		 396 aa  427  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0866115  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3007  chorismate mutase / prephenate dehydratase  54.59 
 
 		 667 aa  428  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2853  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.13 
 
 		 393 aa  423  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3146  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.74 
 
 		 386 aa  424  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.831222  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0999  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.38 
 
 		 393 aa  423  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2913  chorismate mutase  53.47 
 
 		 648 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01001  chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  55.68 
 
 		 392 aa  421  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02488  fused chorismate mutase P/prephenate dehydratase  54.21 
 
 		 386 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.610433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1075  chorismate mutase  54.21 
 
 		 386 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2883  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.21 
 
 		 386 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0920297  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2986  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.21 
 
 		 386 aa  417  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000154451  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1084  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.21 
 
 		 386 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.165593  hitchhiker  0.00000412255 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02452  hypothetical protein  54.21 
 
 		 386 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.699641  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2756  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.21 
 
 		 386 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  8.8068e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2751  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  53.95 
 
 		 386 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000608431  normal  0.0711319 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3838  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.21 
 
 		 386 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000574807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3218  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.62 
 
 		 385 aa  411  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.631051  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0881  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  55.88 
 
 		 385 aa  413  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.304992  normal  0.0807055 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3482  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.62 
 
 		 385 aa  411  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.335091 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3355  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  54.62 
 
 		 385 aa  411  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1263  chorismate mutase  54.86 
 
 		 662 aa  411  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0015659 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1168  chorismate mutase  54.07 
 
 		 662 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2861  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  52.86 
 
 		 386 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0154655 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2882  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  52.86 
 
 		 386 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.34961 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2880  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  52.86 
 
 		 386 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.151676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2811  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  52.86 
 
 		 386 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2994  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  52.6 
 
 		 386 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0365  chorismate mutase / prephenate dehydratase  48.7 
 
 		 385 aa  385  1e-105  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0036667  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1341  prephenate dehydratase  36.58 
 
 		 384 aa  265  8.999999999999999e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.409344  normal  0.126516 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  32.35 
 
 		 358 aa  194  2e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0121  prephenate dehydratase  30.05 
 
 		 356 aa  192  1e-47  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  32.35 
 
 		 358 aa  192  1e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1641  prephenate dehydratase  33.6 
 
 		 356 aa  190  5e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00696734  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0461  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.09 
 
 		 358 aa  189  5.999999999999999e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.123975  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2375  chorismate mutase  29.13 
 
 		 378 aa  187  4e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2858  chorismate mutase  30.33 
 
 		 373 aa  184  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.42066  hitchhiker  0.0000000270068 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0877  Prephenate dehydratase  36.9 
 
 		 288 aa  182  7e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1345  prephenate dehydratase  31.84 
 
 		 379 aa  182  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1250  chorismate mutase  30.45 
 
 		 382 aa  181  2e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00149804  normal  0.0219371 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0951  chorismate mutase / prephenate dehydratase  32.35 
 
 		 365 aa  179  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.356586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2575  prephenate dehydratase  30.26 
 
 		 382 aa  179  8e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0965398  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0774  chorismate mutase  30.19 
 
 		 371 aa  179  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.561025  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1747  chorismate mutase/prephenate dehydratase  29.43 
 
 		 364 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0966339  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1887  chorismate mutase-P and prephenate dehydratase  32.12 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000192693  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0990  chorismate mutase  31.64 
 
 		 359 aa  177  4e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3645  chorismate mutasea  29.17 
 
 		 364 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0734175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3260  chorismate mutase  31.64 
 
 		 359 aa  176  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3724  phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  34.34 
 
 		 632 aa  176  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0174  chorismate mutase  32.01 
 
 		 361 aa  176  8e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0716  prephenate dehydratase / chorismate mutase  30.53 
 
 		 387 aa  176  9e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0845  chorismate mutase  29.84 
 
 		 371 aa  176  9e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0602148 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2192  chorismate mutase  32.46 
 
 		 355 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1686  chorismate mutase / prephenate dehydratase  32.71 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1850  prephenate dehydratase  29.5 
 
 		 364 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0140857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23140  chorismate mutase, clade 2  30.24 
 
 		 706 aa  173  3.9999999999999995e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.839893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0741  chorismate mutase  31.03 
 
 		 360 aa  173  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1594  prephenate dehydratase  36.43 
 
 		 311 aa  173  5e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2091  Chorismate mutase  36.2 
 
 		 280 aa  173  5.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.746584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3006  chorismate mutase  30.61 
 
 		 360 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.224868  normal  0.0525817 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2166  chorismate mutase / prephenate dehydratase  29.74 
 
 		 373 aa  172  9e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178196  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0904  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  29.54 
 
 		 371 aa  172  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4076  prephenate dehydratase  29.24 
 
 		 364 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000787581  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1635  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.63 
 
 		 360 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1567  prephenate dehydratase  31.62 
 
 		 271 aa  171  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0950  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.89 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0198  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.89 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2575  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.89 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0432  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.89 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2997  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.89 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379619  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2948  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.89 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.457884  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2885  chorismate mutase/prephenate dehydratase  32.89 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.629426  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0961  chorismate mutase  30.55 
 
 		 374 aa  170  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1313  chorismate mutase  30.93 
 
 		 359 aa  169  8e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.21838e-16 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3039  chorismate mutase  30.67 
 
 		 355 aa  169  9e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0495  chorismate mutase  30.03 
 
 		 359 aa  168  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0778684  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1769  chorismate mutase  28.42 
 
 		 367 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653886  normal  0.431896 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15830  chorismate mutase  29.02 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.351764  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1617  chorismate mutase  31.66 
 
 		 373 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1360  chorismate mutase  29.12 
 
 		 364 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0302882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3945  chorismate mutase  28.65 
 
 		 364 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.0191313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1376  chorismate mutase  28.72 
 
 		 364 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>