More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1546 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1546  NodS  100 
 
 		 283 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.377082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5595  Methyltransferase type 11  34.23 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3723  Methyltransferase type 12  30.82 
 
 		 238 aa  63.9  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0601738  normal  0.421349 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0180  Methyltransferase type 11  28.93 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2225  Methyltransferase type 11  30.97 
 
 		 281 aa  62.4  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.449222  normal  0.183181 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0668  Methyltransferase type 11  37.1 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3858  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  36.45 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2016  Methyltransferase type 11  29.03 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.544717 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1988  methyltransferase  26.53 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3138  Methyltransferase type 11  29.61 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.893116  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0549  hypothetical protein  32.2 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2886  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1 4-benzoquinol methylase-like  25.55 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412088 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1456  Methyltransferase type 11  33.33 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.131831  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3115  methyl transferase  36.54 
 
 		 283 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0294  methyltransferase type 11  31.08 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.293547 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3047  Methyltransferase type 11  32.69 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0374295  normal  0.16298 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2836  methyltransferase type 11  35.34 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.167679 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2384  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  32.08 
 
 		 258 aa  59.3  0.00000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.528666  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5293  Methyltransferase type 12  37.4 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0772  Methyltransferase type 11  31.4 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2164  hypothetical protein  36.54 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.883153  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2034  hypothetical protein  36.54 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0747  hypothetical protein  36.54 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2580  hypothetical protein  36.54 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3033  hypothetical protein  36.54 
 
 		 252 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.274712  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3087  hypothetical protein  36.54 
 
 		 252 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3875  Methyltransferase type 11  30.69 
 
 		 268 aa  58.9  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2797  Methyltransferase type 11  33.33 
 
 		 286 aa  58.5  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.614979 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3237  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  32.32 
 
 		 258 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.675115  normal  0.0534893 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2815  Methyltransferase type 12  29.27 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2332  methyltransferase type 11  33.33 
 
 		 279 aa  58.5  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.214932 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3207  Methyltransferase type 11  33.05 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.52078 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2493  methyltransferase type 11  30.6 
 
 		 238 aa  58.5  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0424755  normal  0.184077 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5499  Methyltransferase type 11  26.67 
 
 		 196 aa  58.5  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0981  methyltransferase type 11  34.62 
 
 		 229 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2996  methyltransferase type 11  36.97 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2177  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  32.43 
 
 		 345 aa  57.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.225032  hitchhiker  0.000137631 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3059  Trans-aconitate 2-methyltransferase  32.5 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000652441 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23110  methyltransferase family protein  32.26 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.195882  normal  0.375364 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0006  hypothetical protein  30.89 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.868865  normal  0.0557095 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0944  hypothetical protein  32.69 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162173  normal  0.410696 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2895  methyltransferase type 11  32.39 
 
 		 206 aa  57  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.1081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2252  methyltransferase type 11  29.73 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0265  Methyltransferase type 11  33.6 
 
 		 257 aa  57  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3903  methyltransferase type 11  28.57 
 
 		 198 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.808495 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4895  methyltransferase type 11  38.68 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00265389 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3895  methyltransferase type 11  28.57 
 
 		 198 aa  57  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006663  SEA0014  UbiE/COQ5 family methlytransferase  29.08 
 
 		 244 aa  57  0.0000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1428  Methyltransferase type 11  32.39 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.258196 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0484  putative methyltransferase  30.71 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6573  Methyltransferase type 11  33.94 
 
 		 610 aa  56.6  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1610  Methyltransferase type 11  31.67 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0535703  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4668  UbiE/COQ5 methyltransferase  27.2 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4185  hypothetical protein  30.16 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0341246  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2464  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  30.94 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3852  UbiE/COQ5 family methlytransferase  26.27 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2273  methyltransferase type 11  31.78 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.972016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1621  trans-aconitate methyltransferase  33.9 
 
 		 344 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.898496  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0996  Methyltransferase type 11  29.51 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1951  Methyltransferase type 11  26.54 
 
 		 357 aa  55.5  0.0000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.066154 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1038  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  29.81 
 
 		 244 aa  55.5  0.0000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2345  methyltransferase type 11  30.84 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01774  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  31.43 
 
 		 356 aa  55.5  0.0000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.441761  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1180  methyltransferase type 11  26.89 
 
 		 279 aa  55.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2490  Methyltransferase type 11  32.46 
 
 		 296 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2577  Methyltransferase type 11  31.67 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2173  Methyltransferase type 11  30.1 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4778  Methyltransferase type 11  30.77 
 
 		 242 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.683048  normal  0.945308 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2003  methyltransferase type 11  32.38 
 
 		 244 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.428029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2102  hypothetical protein  31.9 
 
 		 269 aa  55.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3351  methyltransferase type 11  35.24 
 
 		 257 aa  54.7  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4293  Methyltransferase type 11  26.29 
 
 		 305 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.943104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0356  methyltransferase type 11  31.37 
 
 		 293 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.859142  normal  0.560215 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4594  Methyltransferase type 11  33.83 
 
 		 271 aa  55.1  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3701  Methyltransferase type 11  30.77 
 
 		 242 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.260893 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1625  methyltransferase type 12  27.86 
 
 		 229 aa  54.7  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3266  hypothetical protein  30.84 
 
 		 400 aa  54.7  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5105  hypothetical protein  30.77 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5085  methyltransferase type 12  32.28 
 
 		 226 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3249  Methyltransferase type 11  31.45 
 
 		 382 aa  54.3  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0058  Methyltransferase type 11  32.39 
 
 		 354 aa  54.7  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1409  methyltransferase type 11  29.75 
 
 		 243 aa  54.7  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1460  methyltransferase type 11  36.36 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.60854  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5630  Methyltransferase type 11  26.88 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.502531  normal  0.666703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0388  Methyltransferase type 11  32.84 
 
 		 226 aa  54.3  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0410842 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8700  Methyltransferase type 12  33.88 
 
 		 217 aa  53.9  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0083  UbiE/COQ5 family methlytransferase  28.33 
 
 		 305 aa  53.9  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0490  Methyltransferase type 11  31.09 
 
 		 222 aa  54.3  0.000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5351  Methyltransferase type 11  31.25 
 
 		 293 aa  53.9  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.560641 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2402  Methyltransferase type 11  36.36 
 
 		 296 aa  53.9  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2320  methyltransferase type 11  28.16 
 
 		 205 aa  53.5  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107701  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0101  Methyltransferase type 11  26.83 
 
 		 272 aa  53.9  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3615  methyltransferase type 11  30.51 
 
 		 239 aa  53.9  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.106494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4657  Methyltransferase type 11  31.67 
 
 		 624 aa  53.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.109696 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2463  methyltransferase type 11  28.71 
 
 		 204 aa  53.5  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.899692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1227  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.7 
 
 		 232 aa  53.5  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000143556  normal  0.238391 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3533  Methyltransferase type 11  28.23 
 
 		 250 aa  53.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.066309 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4090  methyltransferase type 11  30.51 
 
 		 239 aa  53.5  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.860776  normal  0.999549 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0130  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  27.05 
 
 		 276 aa  53.1  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2354  methyltransferase type 11  32.28 
 
 		 231 aa  53.5  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.202193  normal  0.578326 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>