More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3164 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
226 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2629  amino acid ABC transporter, permease protein  78.7 
 
 
262 aa  352  4e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0506299  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21460  polar amino acid ABC transporter, inner membrane permease component  77.58 
 
 
264 aa  325  3e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1887  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  70.37 
 
 
273 aa  306  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1136  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  67.12 
 
 
281 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.781699 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5771  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  68.06 
 
 
273 aa  304  7e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000135375 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5172  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  60.19 
 
 
260 aa  259  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0115  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.09 
 
 
285 aa  206  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3308  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.88 
 
 
283 aa  197  7e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1049  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.55 
 
 
237 aa  196  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8010  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.8 
 
 
278 aa  180  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0358711  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5522  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.69 
 
 
278 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0444426  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2432  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.75 
 
 
279 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.727332 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.11 
 
 
222 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2599  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.18 
 
 
216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.635143  normal  0.180313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0226  amino acid ABC transporter permease  32.7 
 
 
209 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.466164  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0304  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.57 
 
 
215 aa  109  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.59 
 
 
216 aa  108  6e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0019  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.38 
 
 
217 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  33.63 
 
 
222 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.63 
 
 
222 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.213346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1918  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.09 
 
 
215 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  27.27 
 
 
727 aa  107  2e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.06 
 
 
215 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  32.24 
 
 
714 aa  107  2e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  31.84 
 
 
237 aa  106  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.18 
 
 
222 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.86981 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  30 
 
 
221 aa  105  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0014  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.21 
 
 
217 aa  105  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.792397  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5220  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.18 
 
 
219 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0611  amino acid ABC transporter, permease protein  30.52 
 
 
217 aa  104  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000123395  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2935  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.01 
 
 
220 aa  104  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.82 
 
 
224 aa  104  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0463  amino acid ABC transporter, permease  30.52 
 
 
217 aa  103  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6998  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.26 
 
 
216 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0176333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5461  amino acid ABC transporter permease  33.64 
 
 
216 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.21 
 
 
217 aa  103  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1496  amino acid ABC transporter permease  35.26 
 
 
216 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  28.72 
 
 
736 aa  103  2e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6333  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.26 
 
 
216 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200705  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4925  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.17 
 
 
214 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1031  amino acid ABC transporter permease  33.65 
 
 
214 aa  103  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000917559  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1136  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32 
 
 
220 aa  102  4e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438499  normal  0.203188 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  31.22 
 
 
216 aa  102  4e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3974  amino acid ABC transporter permease  32.81 
 
 
219 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0732034  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1136  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32 
 
 
235 aa  102  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.199048  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.46 
 
 
221 aa  102  6e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2696  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30 
 
 
225 aa  101  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  35.23 
 
 
501 aa  101  8e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0777  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.89 
 
 
218 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554294  normal  0.559459 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3632  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.63 
 
 
220 aa  100  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0905  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.94 
 
 
218 aa  101  1e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0228  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.08 
 
 
217 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0442  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.11 
 
 
320 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.92 
 
 
214 aa  99.8  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3297  amino acid ABC transporter permease  36.02 
 
 
223 aa  99.8  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5023  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  34.53 
 
 
320 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0963279  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2105  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  33.51 
 
 
217 aa  99.4  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4897  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.53 
 
 
320 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2943  amino acid ABC transporter permease  30.36 
 
 
219 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627929  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2155  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.82 
 
 
234 aa  99.4  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.164337 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3556  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  36.49 
 
 
290 aa  99.8  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.849356 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2505  amino acid ABC transporter permease  33.18 
 
 
220 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0032626  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3474  amino acid ABC transporter permease  33.52 
 
 
216 aa  99  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.65 
 
 
320 aa  99  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3974  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.15 
 
 
217 aa  98.6  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3084  glutamine/glutamate ABC transporter, permease protein  31.28 
 
 
219 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.14393  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1039  amino acid ABC transporter permease  29.86 
 
 
222 aa  98.6  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  0.0386437 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.52 
 
 
216 aa  98.6  8e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2440  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.62 
 
 
219 aa  98.6  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221978  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0678  amino acid ABC transporter, permease protein  32.04 
 
 
214 aa  98.6  8e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0250  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.08 
 
 
222 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30 
 
 
216 aa  98.2  9e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4660  amino acid ABC transporter, permease protein  32.52 
 
 
214 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.084926  hitchhiker  1.97521e-21 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3405  amino acid ABC transporter, permease protein  31.22 
 
 
263 aa  97.8  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.679621  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0446  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.18 
 
 
225 aa  97.8  1e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.95928  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2075  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.8 
 
 
219 aa  97.4  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.280824 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2777  amino acid ABC transporter, permease protein  33.64 
 
 
220 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5247  amino acid ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 
215 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3418  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.68 
 
 
217 aa  97.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4584  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.16 
 
 
225 aa  97.1  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000898191  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0693  amino acid ABC transporter permease  33.17 
 
 
229 aa  97.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7088  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.12 
 
 
213 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29480  amino acid ABC transporter membrane protein  33.8 
 
 
236 aa  97.4  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.443207  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1707  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.65 
 
 
219 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5948  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.71 
 
 
213 aa  96.3  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518149  normal  0.0212185 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3334  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.17 
 
 
217 aa  96.3  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0911  amino acid ABC transporter permease  29.52 
 
 
265 aa  96.7  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.312712  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4548  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.78 
 
 
219 aa  96.7  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3518  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.88 
 
 
218 aa  96.3  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.25 
 
 
216 aa  96.7  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.9 
 
 
216 aa  96.3  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1119  ABC-type amino acid transport system, permease component  29.6 
 
 
232 aa  95.9  4e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.632094  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.51 
 
 
214 aa  95.9  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.287398  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0771  amino acid ABC transporter, permease protein  31.55 
 
 
214 aa  95.9  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0609  amino acid ABC transporter permease  32.04 
 
 
214 aa  95.9  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00355475  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0554  glutamine ABC transporter permease  32.04 
 
 
214 aa  95.9  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.282364  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1431  amino acid ABC transporter permease  33.65 
 
 
230 aa  95.9  5e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.39353  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0642  amino acid ABC transporter permease  32.04 
 
 
214 aa  95.9  5e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00728334  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5267  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.7 
 
 
219 aa  95.9  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316086  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>