More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0446 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0446  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
225 aa  448  1e-125  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.95928  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0092  amino acid ABC transporter permease  57.01 
 
 
224 aa  261  8e-69  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1541  ABC-type amino acid transport system, permease component  54.88 
 
 
225 aa  216  2e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00154011  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2671  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.78 
 
 
225 aa  210  1e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000364543  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4584  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.71 
 
 
225 aa  207  8e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000898191  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0288  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  47.93 
 
 
222 aa  203  2e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0691  conserved hypothetical protein, ABC transporter, His/Glu/Gln/Arg/opine family (permease protein)  42.86 
 
 
219 aa  180  1e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.446042  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1541  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.71 
 
 
218 aa  180  1e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00385329  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0662  SugE protein  47.95 
 
 
222 aa  180  2e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0518  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  45.87 
 
 
218 aa  177  1e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.776955  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1471  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  44.95 
 
 
218 aa  176  2e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000381865  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0493  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  45.16 
 
 
218 aa  176  2e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000976702  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5220  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.35 
 
 
219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0226  amino acid ABC transporter permease  41.35 
 
 
209 aa  161  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.466164  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2943  amino acid ABC transporter permease  40 
 
 
219 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627929  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3084  glutamine/glutamate ABC transporter, permease protein  39.05 
 
 
219 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.14393  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0463  amino acid ABC transporter, permease  40 
 
 
217 aa  148  5e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0611  amino acid ABC transporter, permease protein  39.07 
 
 
217 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000123395  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0120  ABC-type amino acid transport system, permease component  41.23 
 
 
226 aa  141  7e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2219  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.97 
 
 
596 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.118848  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.27 
 
 
222 aa  119  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2765  amino acid ABC transporter permease  34.13 
 
 
596 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1031  amino acid ABC transporter permease  34.17 
 
 
214 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000917559  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3977  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.82 
 
 
213 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734464  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3974  amino acid ABC transporter permease  30.81 
 
 
219 aa  116  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0732034  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.1 
 
 
216 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.1 
 
 
216 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2786  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.58 
 
 
596 aa  112  5e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0576  ABC-type amino acid transport system, permease component  38.92 
 
 
213 aa  112  5e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.307016  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0886  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.85 
 
 
210 aa  112  6e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000283425  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0442  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.41 
 
 
320 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.73 
 
 
598 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0310843  hitchhiker  0.00101821 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1707  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.62 
 
 
219 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5543  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.14 
 
 
219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.468657 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  30.29 
 
 
714 aa  110  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5023  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  35.92 
 
 
320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0963279  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5172  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  33.64 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4897  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.92 
 
 
320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.92 
 
 
320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.35 
 
 
215 aa  109  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2155  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.85 
 
 
234 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.164337 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1833  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.49 
 
 
224 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355125  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0688  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.3 
 
 
232 aa  106  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.452276  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5267  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.66 
 
 
219 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316086  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0296  amino acid ABC transporter permease  33.33 
 
 
442 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  34.15 
 
 
216 aa  107  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4925  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.84 
 
 
214 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.68 
 
 
218 aa  106  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0376  amino acid ABC transporter permease  35.41 
 
 
319 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0967  amino acid ABC transporter permease  33.17 
 
 
222 aa  106  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.027607  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0861  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.4 
 
 
263 aa  106  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.820023 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  28.04 
 
 
727 aa  105  4e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0919  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.88 
 
 
230 aa  105  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.737973 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4548  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.65 
 
 
219 aa  105  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0761  amino acid ABC transporter, permease  29.68 
 
 
226 aa  105  5e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0754  amino acid ABC transporter, permease  29.68 
 
 
232 aa  105  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.200013  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0358  ABC-type amino acid transport system, permease component  37.06 
 
 
217 aa  105  5e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0968449  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0946  amino acid ABC transporter, permease protein  29.22 
 
 
234 aa  105  6e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5538  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 
219 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.172396 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0214  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  32.56 
 
 
516 aa  105  6e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.002492  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.92 
 
 
216 aa  105  7e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.99 
 
 
503 aa  105  7e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2808  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.98 
 
 
216 aa  105  8e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0710  amino acid ABC transporter, permease protein  33.17 
 
 
214 aa  104  9e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0813  amino acid ABC transporter permease  29.22 
 
 
235 aa  104  9e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.803947  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0856  amino acid ABC transporter permease  29.22 
 
 
235 aa  104  9e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.926936  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2440  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.79 
 
 
219 aa  104  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221978  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1106  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.24 
 
 
384 aa  104  9e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.820565 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0553  glutamine ABC transporter permease  32.68 
 
 
214 aa  104  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000165212  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.24 
 
 
384 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.809326 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4076  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.83 
 
 
218 aa  104  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0760  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.88 
 
 
232 aa  104  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.522965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.37 
 
 
214 aa  104  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4395  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.09 
 
 
366 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4429  amino acid ABC transporter, permease protein  30.88 
 
 
209 aa  104  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.21779  normal  0.228122 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0795  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.02 
 
 
484 aa  104  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.217011  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1825  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.78 
 
 
262 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0120265  normal  0.903781 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0948  amino acid ABC transporter, permease protein  30.39 
 
 
209 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1136  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.52 
 
 
220 aa  103  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438499  normal  0.203188 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0136  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein/permease protein  31.46 
 
 
516 aa  103  2e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000337877  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0909  amino acid ABC transporter, permease protein  30.39 
 
 
209 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0166995  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1036  amino acid ABC transporter, permease protein  30.39 
 
 
209 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000692373  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1532  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  36.88 
 
 
213 aa  103  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000958136  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1918  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.7 
 
 
215 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2430  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  32.45 
 
 
216 aa  103  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.891065  normal  0.0353371 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06890  amino acid ABC transporter membrane protein  32.11 
 
 
220 aa  103  3e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.161215  normal  0.254709 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.64 
 
 
369 aa  102  4e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.794421  normal  0.698429 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0699  amino acid ABC transporter, permease protein  32.68 
 
 
214 aa  102  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4660  amino acid ABC transporter, permease protein  32.2 
 
 
214 aa  102  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.084926  hitchhiker  1.97521e-21 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1325  glutamine ABC transporter permease  35.62 
 
 
213 aa  102  4e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000607084  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0609  amino acid ABC transporter permease  32.68 
 
 
214 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00355475  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0554  glutamine ABC transporter permease  32.68 
 
 
214 aa  102  5e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.282364  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6713  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  32.83 
 
 
218 aa  102  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0642  amino acid ABC transporter permease  32.68 
 
 
214 aa  102  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00728334  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.5 
 
 
503 aa  102  6e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1688  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.82 
 
 
218 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.022194  normal  0.493441 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0304  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.12 
 
 
215 aa  101  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0905  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.65 
 
 
218 aa  102  7e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3462  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.71 
 
 
216 aa  101  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2629  amino acid ABC transporter, permease protein  29.69 
 
 
262 aa  101  9e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0506299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>